237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3212 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_2745  protein of unknown function DUF112 transmembrane  85.06 
 
 
503 aa  830    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0793  hypothetical protein  72.11 
 
 
500 aa  730    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0844  hypothetical protein  76.49 
 
 
500 aa  744    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.828853  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3644  hypothetical protein  77.09 
 
 
500 aa  751    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0805741  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5730  hypothetical protein  76.29 
 
 
500 aa  729    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.673797  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0740  protein of unknown function DUF112 transmembrane  75.3 
 
 
500 aa  742    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2034  hypothetical protein  66.53 
 
 
505 aa  677    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.32397  normal  0.23521 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6378  protein of unknown function DUF112 transmembrane  82.5 
 
 
506 aa  800    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0718351  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1721  hypothetical protein  71.91 
 
 
500 aa  739    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1439  protein of unknown function DUF112 transmembrane  72.31 
 
 
500 aa  706    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3212  hypothetical protein  100 
 
 
504 aa  984    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3268  hypothetical protein  68.12 
 
 
505 aa  680    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625282  normal  0.449683 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3880  hypothetical protein  86.25 
 
 
504 aa  805    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.516145  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3357  hypothetical protein  66.53 
 
 
504 aa  676    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0972974  hitchhiker  0.00431658 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6101  hypothetical protein  66.87 
 
 
503 aa  650    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0825  hypothetical protein  76.69 
 
 
500 aa  746    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0559407 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3964  hypothetical protein  76.29 
 
 
500 aa  754    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.454339  normal  0.0362473 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5393  hypothetical protein  84.86 
 
 
503 aa  843    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4009  protein of unknown function DUF112 transmembrane  66.67 
 
 
504 aa  671    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0810  protein of unknown function DUF112 transmembrane  74.9 
 
 
500 aa  738    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1070  hypothetical protein  84.06 
 
 
503 aa  812    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0317  protein of unknown function DUF112 transmembrane  84.66 
 
 
503 aa  769    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3237  hypothetical protein  86.25 
 
 
503 aa  811    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0768479  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3411  hypothetical protein  85.46 
 
 
503 aa  833    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4018  hypothetical protein  84.46 
 
 
503 aa  790    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.391366  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2304  hypothetical protein  77.69 
 
 
504 aa  742    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3056  putative transmembrane protein  75.35 
 
 
502 aa  711    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.325513  normal  0.65412 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1251  protein of unknown function DUF112 transmembrane  84.26 
 
 
503 aa  790    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1515  protein of unknown function DUF112 transmembrane  64.09 
 
 
501 aa  625  1e-178  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.921221  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1319  hypothetical protein  64.09 
 
 
501 aa  625  1e-178  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0755943  normal  0.48738 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3457  protein of unknown function DUF112 transmembrane  64.94 
 
 
501 aa  621  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142963  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1332  hypothetical protein  66.73 
 
 
499 aa  622  1e-177  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3166  protein of unknown function DUF112 transmembrane  64.54 
 
 
501 aa  618  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3290  hypothetical protein  64.4 
 
 
502 aa  615  1e-175  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4102  hypothetical protein  64.54 
 
 
501 aa  611  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.574512  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3299  hypothetical protein  62.35 
 
 
500 aa  613  9.999999999999999e-175  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164821  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4402  hypothetical protein  62.23 
 
 
502 aa  610  1e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00944962  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2563  protein of unknown function DUF112 transmembrane  67.53 
 
 
500 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3421  hypothetical protein  64.41 
 
 
502 aa  595  1e-169  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255924  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7083  hypothetical protein  61.6 
 
 
502 aa  593  1e-168  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21270  hypothetical protein  64.54 
 
 
500 aa  571  1e-161  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.253926  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0553  hypothetical protein  61.63 
 
 
500 aa  556  1e-157  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1625  protein of unknown function DUF112 transmembrane  60.83 
 
 
500 aa  542  1e-153  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2248  hypothetical protein  60.64 
 
 
500 aa  540  9.999999999999999e-153  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1698  protein of unknown function DUF112 transmembrane  60.64 
 
 
500 aa  541  9.999999999999999e-153  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0701763  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4452  hypothetical protein  55.18 
 
 
507 aa  536  1e-151  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0697965 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0415  hypothetical protein  55.89 
 
 
505 aa  531  1e-149  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6020  protein of unknown function DUF112 transmembrane  51.81 
 
 
506 aa  501  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3272  hypothetical protein  50.8 
 
 
505 aa  496  1e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.47915  normal  0.325054 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2145  tripartite tricarboxylate transporter(TTT) family protein TctA  49.21 
 
 
519 aa  478  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5653  hypothetical protein  49.29 
 
 
513 aa  468  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0296187 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3089  protein of unknown function DUF112 transmembrane  49.6 
 
 
536 aa  468  9.999999999999999e-131  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1016  tripartite tricarboxylate transporter(TTT) family protein TctA  49.19 
 
 
515 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0238153  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2918  hypothetical protein  49.4 
 
 
512 aa  466  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.191157  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2387  hypothetical protein  49.19 
 
 
496 aa  459  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0474916  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1908  hypothetical protein  49.19 
 
 
529 aa  449  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.839704  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0355  protein of unknown function DUF112 transmembrane  49.9 
 
 
519 aa  448  1.0000000000000001e-124  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2388  protein of unknown function DUF112 transmembrane  51.07 
 
 
504 aa  434  1e-120  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2503  protein of unknown function DUF112 transmembrane  48.95 
 
 
536 aa  430  1e-119  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.835777 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4417  hypothetical protein  47.81 
 
 
503 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2514  tripartite tricarboxylate transporter(TTT) family protein TctA  46.32 
 
 
531 aa  427  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.22099 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2790  protein of unknown function DUF112 transmembrane  47.74 
 
 
508 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0732  protein of unknown function DUF112 transmembrane  47.8 
 
 
503 aa  412  1e-114  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0015815 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3222  hypothetical protein  47.37 
 
 
504 aa  407  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3551  hypothetical protein  45.04 
 
 
504 aa  403  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0306  hypothetical protein  46.68 
 
 
505 aa  402  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2190  integral membrane protein  43.5 
 
 
508 aa  400  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3431  hypothetical protein  44.84 
 
 
504 aa  397  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.714006  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5907  hypothetical protein  44.8 
 
 
500 aa  392  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.586249  normal  0.273775 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2967  tricarboxylic transport  41.7 
 
 
504 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0170848 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2932  integral membrane protein  41.7 
 
 
504 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.171926  normal  0.136163 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3087  integral membrane protein  41.72 
 
 
504 aa  393  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2900  integral membrane protein  41.7 
 
 
504 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2984  integral membrane protein  41.72 
 
 
504 aa  393  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.533441 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0156  protein of unknown function DUF112 transmembrane  44.49 
 
 
500 aa  394  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3433  hypothetical protein  43.17 
 
 
506 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.15879  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0903  hypothetical protein  43.17 
 
 
506 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0927  protein of unknown function DUF112 transmembrane  43.17 
 
 
506 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0937  hypothetical protein  43.17 
 
 
506 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.180826 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3315  hypothetical protein  45.88 
 
 
505 aa  390  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.331598  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3097  hypothetical protein  43.17 
 
 
506 aa  389  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0875  hypothetical protein  43.76 
 
 
506 aa  392  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.85337  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0662  hypothetical protein  47.89 
 
 
502 aa  387  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.343176  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2511  hypothetical protein  46.97 
 
 
495 aa  387  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0347112  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3073  hypothetical protein  44.89 
 
 
499 aa  388  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36789 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4234  membrane protein TctA, putative  42.6 
 
 
504 aa  385  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3968  hypothetical protein  42.8 
 
 
504 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.675721  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4305  hypothetical protein  42.55 
 
 
504 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1827  hypothetical protein  43.49 
 
 
500 aa  385  1e-105  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4395  hypothetical protein  42.8 
 
 
504 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0622  protein of unknown function DUF112 transmembrane  42.86 
 
 
502 aa  383  1e-105  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3634  protein of unknown function DUF112 transmembrane  45.8 
 
 
505 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1871  hypothetical protein  44.31 
 
 
509 aa  385  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.140236 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49480  tripartite tricarboxylate transporter large hypothetical protein  44.35 
 
 
506 aa  385  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000126948  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3009  hypothetical protein  44.56 
 
 
504 aa  383  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.790814  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3334  protein of unknown function DUF112 transmembrane  45.6 
 
 
505 aa  383  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.229003 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1416  tricarboxylate transport protein TctA, putative  42.35 
 
 
504 aa  382  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3344  hypothetical protein  43.87 
 
 
505 aa  380  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.756602  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4255  hypothetical protein  45.47 
 
 
505 aa  381  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.921544  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3488  hypothetical protein  46.61 
 
 
505 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>