More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3201 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3201  ABC transporter related  100 
 
 
303 aa  607  1e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.528814  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1392  ABC transporter ATPase  67.33 
 
 
318 aa  412  1e-114  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0660  ABC transporter related  67.89 
 
 
313 aa  402  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.946314  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1136  ABC transporter related  59.33 
 
 
310 aa  360  2e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0444125  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1057  ABC transporter related  59.33 
 
 
310 aa  360  2e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1480  ABC transporter-related protein  58.45 
 
 
338 aa  352  5e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132633 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2323  copper ABC transporter, ATP-binding protein  59.53 
 
 
304 aa  344  8.999999999999999e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.797197  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0993  copper ABC transporter, ATP-binding protein  61.26 
 
 
304 aa  343  2e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.193362  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2062  copper ABC transporter, ATP-binding protein  61.26 
 
 
309 aa  343  2e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.947517  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2117  copper ABC transporter, ATP-binding protein  61.26 
 
 
304 aa  343  2e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2257  putative copper-related ABC transport system, ATP-binding protein  61.26 
 
 
747 aa  342  4e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4174  ABC transporter related  60.34 
 
 
318 aa  335  7e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4062  ABC transporter related  60.34 
 
 
318 aa  335  7e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.603136  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4914  putative ABC transporter ATP-binding protein  56.95 
 
 
316 aa  331  1e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000429083 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1371  copper ATP-binding ABC transporter protein  56.77 
 
 
314 aa  325  8.000000000000001e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2566  ABC transporter related  45.48 
 
 
310 aa  243  1.9999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.2512  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3076  ABC transporter related  44.04 
 
 
310 aa  241  1e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1426  ABC transporter for copper ATP-binding protein  43.04 
 
 
303 aa  239  4e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4344  ABC transporter related  44.83 
 
 
310 aa  237  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0214  ABC transporter related  40.61 
 
 
303 aa  236  2e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000423562  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1076  ABC transporter related  44 
 
 
308 aa  237  2e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2217  ABC transporter related  42.56 
 
 
327 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0430  ABC transporter related  44.04 
 
 
301 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3144  ABC transporter related  45.67 
 
 
301 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3196  copper transport ATP-binding protein NosF  42 
 
 
298 aa  229  5e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.361058  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1736  nitrous oxide reductase maturation ATPase NosF  47.99 
 
 
304 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42445  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20180  NosF protein  47.99 
 
 
304 aa  228  8e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.423742  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0253  copper ABC transporter, ATP-binding protein  44.14 
 
 
331 aa  228  9e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0277  copper ABC transporter, ATP-binding protein  44.14 
 
 
316 aa  228  1e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.122603  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3402  ABC transporter-related protein  49.54 
 
 
322 aa  226  4e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00371017  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4734  copper ABC transporter, ATP-binding protein  41.2 
 
 
304 aa  225  7e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6010  copper ABC transporter, ATP-binding protein NosF  44.48 
 
 
306 aa  224  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00601626  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3358  ABC transporter related  41.18 
 
 
344 aa  223  4e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.348903  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3760  ABC transporter related protein  40.92 
 
 
310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2353  ABC transporter related  43.48 
 
 
301 aa  219  5e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2859  ABC transporter related  50.21 
 
 
301 aa  217  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1431  ABC transporter related  37.74 
 
 
316 aa  209  5e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3534  ABC transporter related  39.19 
 
 
348 aa  207  1e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0487  copper ABC transporter, ATP-binding protein  38.8 
 
 
332 aa  207  2e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0497  ABC transporter related  39.53 
 
 
348 aa  207  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4217  ABC transporter related  40.61 
 
 
299 aa  207  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.175008  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4469  ABC transporter related  38.26 
 
 
302 aa  204  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4448  ABC transporter related  39.27 
 
 
327 aa  203  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0496  ABC transporter related  38.85 
 
 
348 aa  203  3e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.630223  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2567  ABC transporter related protein  40.27 
 
 
305 aa  202  5e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0458  ABC transporter-like protein  37.38 
 
 
309 aa  201  9.999999999999999e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1577  ABC transporter related protein  37.34 
 
 
318 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0487  ABC transporter related  37.38 
 
 
325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0787  ABC transporter related  41.2 
 
 
316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0648  ABC transporter related  36.75 
 
 
308 aa  200  3e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3209  ABC transporter related  36.13 
 
 
337 aa  199  3.9999999999999996e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.101264  normal  0.112036 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1624  ABC transporter related protein  38.61 
 
 
309 aa  199  3.9999999999999996e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0610867  normal  0.950566 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0356  ABC transporter-related protein  37.25 
 
 
309 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1342  ABC transporter-related protein  39.35 
 
 
301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.240118  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0501  ABC transporter-related protein  40.2 
 
 
300 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0227  ABC transporter related protein  37.67 
 
 
304 aa  194  1e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2635  ABC transporter related  39.2 
 
 
303 aa  194  1e-48  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.304041  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0726  ABC transporter related  36.45 
 
 
316 aa  193  3e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3869  ABC transporter related  39.34 
 
 
345 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4073  ABC transporter related protein  37.17 
 
 
309 aa  192  7e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  decreased coverage  0.00347724  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1082  ABC transporter related  37.7 
 
 
309 aa  190  2e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.124615  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2644  ABC transporter related  37.7 
 
 
334 aa  190  2e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3994  ABC transporter related  39 
 
 
345 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3370  ABC transporter, ATP-binding protein  37.13 
 
 
356 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0614768  decreased coverage  0.00407786 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3642  ABC transporter related protein  37.46 
 
 
310 aa  187  1e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0405  ABC transporter related protein  37.21 
 
 
346 aa  187  2e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2875  ABC transporter related  35.67 
 
 
315 aa  187  2e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2549  ABC transporter related  34.82 
 
 
340 aa  186  4e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2969  ABC transporter related protein  37.25 
 
 
373 aa  186  4e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.297443  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0758  ABC transporter related  38.51 
 
 
305 aa  186  4e-46  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.334038 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2228  ABC transporter related protein  39.59 
 
 
310 aa  186  5e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.440209  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3189  ABC transporter related protein  39.27 
 
 
316 aa  186  5e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2706  ABC transporter related protein  34.97 
 
 
369 aa  186  6e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000123322  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2081  ABC transporter related protein  38.38 
 
 
310 aa  185  1.0000000000000001e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0139  ABC transporter related protein  38.87 
 
 
318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0670  ABC transporter related  44.93 
 
 
318 aa  183  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0670  ABC transporter-related protein  44.93 
 
 
318 aa  183  3e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.708326  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0490  ABC transporter-related protein  37.5 
 
 
302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0789  ABC transporter related protein  39.8 
 
 
302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02380  ABC transporter related  37.75 
 
 
316 aa  182  8.000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1811  ABC transporter related  40.2 
 
 
305 aa  181  9.000000000000001e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0460716  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0636  ABC transporter, ATPase subunit  38.08 
 
 
318 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1780  ABC transporter related protein  36.48 
 
 
312 aa  180  2e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.150839  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2470  ABC transporter related protein  46.98 
 
 
297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00132883  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2631  ABC transporter related  35.81 
 
 
301 aa  179  4e-44  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0960  ABC transporter related  40.39 
 
 
305 aa  179  4e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0253328  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1837  ABC transporter, ATPase subunit  35.99 
 
 
327 aa  179  4e-44  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000368839  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1761  ABC transporter related  39.07 
 
 
350 aa  179  4e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.298772 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18350  daunorubicin resistance ABC transporter ATP-binding subunit  34.73 
 
 
313 aa  179  4.999999999999999e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1365  ABC transporter related  36.04 
 
 
313 aa  179  5.999999999999999e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0295  ABC transporter related  36.36 
 
 
315 aa  178  9e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3123  ABC transporter related  36.71 
 
 
313 aa  178  9e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.546098  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0074  ABC transporter related protein  36.69 
 
 
309 aa  178  1e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.67132  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2165  ABC transporter related protein  36.45 
 
 
308 aa  178  1e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1717  ABC transporter related protein  35.45 
 
 
335 aa  177  2e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2796  ABC transporter related  37.85 
 
 
326 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.982119 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2771  ABC transporter related  39.13 
 
 
307 aa  177  3e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000160437 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0682  ABC transporter related  41.78 
 
 
231 aa  176  3e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3549  ABC transporter related protein  36.91 
 
 
308 aa  176  3e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.156149 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1501  ABC transporter  35.46 
 
 
313 aa  177  3e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>