More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3161 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2745  chorismate synthase  85.12 
 
 		 365 aa  640    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3161  chorismate synthase  100 
 
 		 364 aa  750    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2046  chorismate synthase  81.49 
 
 		 366 aa  625  1e-178  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.226148  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2995  chorismate synthase  79.67 
 
 		 365 aa  620  1e-177  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.212385 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1658  chorismate synthase  81.49 
 
 		 366 aa  624  1e-177  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4957  chorismate synthase  79.06 
 
 		 389 aa  613  9.999999999999999e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1842  chorismate synthase  83.33 
 
 		 365 aa  603  1.0000000000000001e-171  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.473892  normal  0.107896 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3358  chorismate synthase  81.59 
 
 		 370 aa  598  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2580  chorismate synthase  79.89 
 
 		 365 aa  596  1e-169  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.03113 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1425  chorismate synthase  76.99 
 
 		 368 aa  586  1e-166  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0865922 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1525  chorismate synthase  77.96 
 
 		 385 aa  579  1e-164  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0632175 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1657  chorismate synthase  74.38 
 
 		 366 aa  555  1e-157  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.112196  normal  0.0287757 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1987  chorismate synthase  74.38 
 
 		 366 aa  555  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1569  chorismate synthase  75.27 
 
 		 366 aa  551  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.453683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1360  chorismate synthase  74.18 
 
 		 366 aa  546  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.767963  normal  0.499065 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2767  chorismate synthase  74.45 
 
 		 366 aa  546  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1257  chorismate synthase  74.73 
 
 		 370 aa  543  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.234528  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2614  chorismate synthase  73.28 
 
 		 369 aa  541  1e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1138  chorismate synthase  74.93 
 
 		 369 aa  543  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.26701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0762  chorismate synthase  74.37 
 
 		 430 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0691461  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0401  chorismate synthase  74.37 
 
 		 369 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1689  chorismate synthase  74.37 
 
 		 369 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.537327  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1481  chorismate synthase  74.37 
 
 		 369 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.470447  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0946  chorismate synthase  74.37 
 
 		 369 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.718045  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1867  chorismate synthase  74.37 
 
 		 369 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0797858  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0977  chorismate synthase  73.9 
 
 		 371 aa  540  9.999999999999999e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1713  chorismate synthase  74.37 
 
 		 369 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.193941  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1566  chorismate synthase  74.1 
 
 		 366 aa  536  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0871  chorismate synthase  72.8 
 
 		 371 aa  531  1e-150  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.205918  normal  0.59922 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1789  chorismate synthase  72.53 
 
 		 366 aa  532  1e-150  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.681987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4605  chorismate synthase  72.53 
 
 		 366 aa  529  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0590951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1381  chorismate synthase  72.25 
 
 		 366 aa  528  1e-149  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.674702 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1438  chorismate synthase  71.98 
 
 		 366 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0978  chorismate synthase  72.25 
 
 		 366 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1341  chorismate synthase  72.53 
 
 		 366 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1460  chorismate synthase  72.25 
 
 		 366 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3074  chorismate synthase  70.52 
 
 		 376 aa  518  1e-146  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0666  chorismate synthase  68.49 
 
 		 366 aa  514  1e-144  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0639836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0858  chorismate synthase  70.06 
 
 		 366 aa  508  1e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  5.52804e-17  unclonable  0.0000000936669 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1241  chorismate synthase  66.76 
 
 		 366 aa  504  9.999999999999999e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1958  chorismate synthase  70.9 
 
 		 393 aa  503  1e-141  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1226  chorismate synthase  66.21 
 
 		 366 aa  494  9.999999999999999e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0161922 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2938  chorismate synthase  65.84 
 
 		 369 aa  486  1e-136  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2137  chorismate synthase  68.63 
 
 		 361 aa  487  1e-136  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.146002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2091  chorismate synthase  64.93 
 
 		 371 aa  479  1e-134  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2466  chorismate synthase  66.39 
 
 		 361 aa  480  1e-134  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.358807  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1568  chorismate synthase  66.01 
 
 		 364 aa  477  1e-133  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01260  chorismate synthase  64.79 
 
 		 367 aa  475  1e-133  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1740  chorismate synthase  64.12 
 
 		 368 aa  474  1e-132  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.544591 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03114  chorismate synthase  63.71 
 
 		 384 aa  468  1.0000000000000001e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3150  chorismate synthase  61.13 
 
 		 373 aa  470  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1541  chorismate synthase  64.97 
 
 		 366 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002863  chorismate synthase  62.88 
 
 		 361 aa  469  1.0000000000000001e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2856  chorismate synthase  64.97 
 
 		 367 aa  468  1.0000000000000001e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0702  chorismate synthase  63.46 
 
 		 366 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1538  chorismate synthase  64.69 
 
 		 366 aa  467  9.999999999999999e-131  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2168  chorismate synthase  64.86 
 
 		 361 aa  466  9.999999999999999e-131  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2244  chorismate synthase  64.69 
 
 		 365 aa  461  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1640  chorismate synthase  63.84 
 
 		 363 aa  463  1e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000503125 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02755  chorismate synthase  63.64 
 
 		 365 aa  464  1e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0341392  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1972  chorismate synthase  63.84 
 
 		 363 aa  463  1e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2846  chorismate synthase  64.97 
 
 		 364 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000803726 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1814  chorismate synthase  63.84 
 
 		 367 aa  460  9.999999999999999e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2752  chorismate synthase  64.97 
 
 		 364 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.200726  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2769  chorismate synthase  64.97 
 
 		 364 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.116753  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1607  chorismate synthase  65.45 
 
 		 364 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.360545 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1537  chorismate synthase  65.06 
 
 		 364 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2667  chorismate synthase  64.99 
 
 		 364 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2159  chorismate synthase  64.86 
 
 		 365 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2451  chorismate synthase  64.46 
 
 		 364 aa  456  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0638  chorismate synthase  64.69 
 
 		 372 aa  456  1e-127  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.704225  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2877  chorismate synthase  64.69 
 
 		 361 aa  455  1e-127  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0472598  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0722  chorismate synthase  64.41 
 
 		 372 aa  456  1e-127  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2222  chorismate synthase  63.25 
 
 		 352 aa  452  1.0000000000000001e-126  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42760  chorismate synthase  65.27 
 
 		 363 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1699  chorismate synthase  64.86 
 
 		 361 aa  452  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02254  chorismate synthase  63.41 
 
 		 361 aa  448  1e-125  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1323  chorismate synthase  63.41 
 
 		 361 aa  448  1e-125  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2626  chorismate synthase  63.41 
 
 		 361 aa  448  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000317199 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1453  chorismate synthase  62.82 
 
 		 361 aa  450  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.71846  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02214  hypothetical protein  63.41 
 
 		 361 aa  448  1e-125  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2251  chorismate synthase  63.25 
 
 		 352 aa  451  1e-125  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1018  chorismate synthase  59.12 
 
 		 362 aa  447  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2707  chorismate synthase  63.41 
 
 		 361 aa  450  1e-125  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3470  chorismate synthase  63.41 
 
 		 361 aa  448  1e-125  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3591  chorismate synthase  64.71 
 
 		 363 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2486  chorismate synthase  63.41 
 
 		 361 aa  448  1e-125  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.519758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2573  chorismate synthase  63.41 
 
 		 361 aa  448  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2811  chorismate synthase  62.82 
 
 		 361 aa  451  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.655428  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1327  Chorismate synthase  63.41 
 
 		 361 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.54496  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1830  chorismate synthase  64.43 
 
 		 363 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.265321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2524  chorismate synthase  63.13 
 
 		 361 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1408  chorismate synthase  64.15 
 
 		 363 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.231327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1882  chorismate synthase  65.45 
 
 		 363 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.501466  normal  0.394588 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3880  chorismate synthase  64.43 
 
 		 363 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00247284  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2613  chorismate synthase  63.13 
 
 		 361 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.730292  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2737  chorismate synthase  63.13 
 
 		 361 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3374  chorismate synthase  61.73 
 
 		 361 aa  445  1.0000000000000001e-124  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2624  chorismate synthase  63.41 
 
 		 361 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2481  chorismate synthase  63.41 
 
 		 361 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>