64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3016 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3016  putative transmembrane protein  100 
 
 
303 aa  584  1e-166  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1897  hypothetical protein  64.82 
 
 
310 aa  352  2.9999999999999997e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.325254 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2678  hypothetical protein  65.15 
 
 
321 aa  352  4e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1315  hypothetical protein  37.46 
 
 
324 aa  158  9e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.158959  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0510  hypothetical protein  37.22 
 
 
322 aa  158  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00686238 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5306  hypothetical protein  35.96 
 
 
327 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.146478 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1996  hypothetical protein  35.65 
 
 
321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.269533  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6081  hypothetical protein  35.65 
 
 
321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2016  hypothetical protein  35.33 
 
 
321 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.558153  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1857  transmembrane protein  36.96 
 
 
319 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1460  hypothetical protein  34.6 
 
 
319 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.424115 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1300  hypothetical protein  34.92 
 
 
322 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3283  hypothetical protein  34.92 
 
 
322 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.793801  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2556  integral membrane protein  34.6 
 
 
322 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1529  hypothetical protein  34.6 
 
 
322 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.326947  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1898  hypothetical protein  34.52 
 
 
324 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2029  hypothetical protein  34.6 
 
 
322 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.827093  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2463  integral membrane protein  34.6 
 
 
322 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.126131  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2409  integral membrane protein  34.29 
 
 
322 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.246175  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2029  hypothetical protein  34.38 
 
 
323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0982031  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2052  hypothetical protein  34.6 
 
 
322 aa  147  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0439765  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0090  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.39 
 
 
326 aa  146  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0082  protein of unknown function DUF6 transmembrane  36.45 
 
 
326 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1790  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.29 
 
 
325 aa  144  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1280  hypothetical protein  33.33 
 
 
327 aa  142  5e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162856  normal  0.301034 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1392  hypothetical protein  34.82 
 
 
323 aa  142  9e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1369  hypothetical protein  33.86 
 
 
314 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0233  putative integral membrane transmembrane protein  35.83 
 
 
326 aa  139  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2432  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.46 
 
 
325 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.532838  normal  0.11306 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2538  hypothetical protein  34.7 
 
 
321 aa  138  8.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.975656  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1305  putative transmembrane protein  33.65 
 
 
314 aa  136  5e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.508017  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1705  DMT family permease  34.69 
 
 
325 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3644  hypothetical protein  33.12 
 
 
347 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.379203  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0727  hypothetical protein  35.22 
 
 
325 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563319  normal  0.0319705 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4798  inner membrane protein YtfF  33.02 
 
 
321 aa  132  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1748  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.65 
 
 
316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0355136 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5727  hypothetical protein  31.43 
 
 
321 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.229908  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4763  inner membrane protein YtfF  32.7 
 
 
321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4678  inner membrane protein YtfF  32.7 
 
 
321 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.121802  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4668  inner membrane protein YtfF  32.7 
 
 
321 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4689  hypothetical protein  31.11 
 
 
321 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.16874  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1271  hypothetical protein  35.42 
 
 
327 aa  130  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4818  hypothetical protein  32.7 
 
 
321 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.451451  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3796  hypothetical protein  31.11 
 
 
321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0293258  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04082  predicted inner membrane protein  31.11 
 
 
324 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0217591  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04045  hypothetical protein  31.11 
 
 
324 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0254567  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4779  hypothetical protein  31.11 
 
 
321 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00613349  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4751  hypothetical protein  31.11 
 
 
321 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.289249  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4464  hypothetical protein  31.11 
 
 
321 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0577375  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3880  hypothetical protein  34.77 
 
 
313 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3783  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.79 
 
 
321 aa  127  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.242799  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2508  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.64 
 
 
320 aa  125  8.000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0381  hypothetical protein  32.06 
 
 
321 aa  125  9e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.822543  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1428  hypothetical protein  35 
 
 
313 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0113552  hitchhiker  0.00361312 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4210  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.37 
 
 
329 aa  116  5e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.633325  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0952  hypothetical protein  35.86 
 
 
328 aa  113  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.330098  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0911  hypothetical protein  30.13 
 
 
314 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1288  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.65 
 
 
327 aa  102  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1941  hypothetical protein  26.98 
 
 
315 aa  89.7  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.205515  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3565  hypothetical protein  28.39 
 
 
324 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.28529  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3714  putative transmembrane protein  29.29 
 
 
322 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.543491  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5570  putative transmembrane protein  26.58 
 
 
317 aa  71.6  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0431678 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04617  integral membrane protein  36.11 
 
 
400 aa  68.9  0.00000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.938571  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0303  hypothetical protein  25 
 
 
341 aa  65.5  0.000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.277394  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>