More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2779 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2779  sigma-70 region 2  100 
 
 
350 aa  700    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.068719  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1800  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  71.58 
 
 
331 aa  401  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.157774  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1255  RNA polymerase sigma S (sigma-38) factor transcription regulator protein  63.89 
 
 
343 aa  355  3.9999999999999996e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.286023 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1207  RNA polymerase sigma factor RpoS  54.23 
 
 
377 aa  288  1e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1143  RNA polymerase sigma factor RpoS  53.87 
 
 
378 aa  286  4e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.420164 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1051  RNA polymerase sigma factor RpoS  53.87 
 
 
378 aa  286  4e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230848  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2115  RNA polymerase sigma factor RpoS  52.82 
 
 
386 aa  280  4e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.213085  normal  0.555888 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2226  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.62 
 
 
363 aa  278  8e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2095  RNA polymerase sigma factor RpoS  52.82 
 
 
391 aa  278  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1116  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.75 
 
 
359 aa  276  6e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1354  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.75 
 
 
359 aa  276  6e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.19929  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2365  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.75 
 
 
359 aa  276  6e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.335018  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0053  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.75 
 
 
359 aa  276  6e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0962717  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2198  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.75 
 
 
359 aa  276  6e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.524707  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2236  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.75 
 
 
359 aa  276  6e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1844  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.75 
 
 
359 aa  276  6e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.809  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1731  RNA polymerase sigma factor RpoS  50.86 
 
 
361 aa  275  8e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.194795  normal  0.148712 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1844  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.06 
 
 
362 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.104174 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5121  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.06 
 
 
362 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0496977  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6259  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.06 
 
 
362 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.295107  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1758  RNA polymerase sigma factor RpoS  50.86 
 
 
361 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1820  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.06 
 
 
362 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.735784  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1453  RNA polymerase sigma factor RpoS  50.86 
 
 
361 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.122572  normal  0.421204 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1837  RNA polymerase sigma factor RpoS  50.98 
 
 
360 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0947163  normal  0.421634 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2350  RNA polymerase sigma factor RpoS  50.65 
 
 
360 aa  269  4e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.549969  normal  0.0858388 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0962  RNA polymerase sigma factor RpoS  50.33 
 
 
364 aa  268  8e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.237735  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0498  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.14 
 
 
317 aa  257  2e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.509946  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2521  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.57 
 
 
309 aa  256  4e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00206126  normal  0.016684 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1284  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.64 
 
 
359 aa  242  6e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.920769  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0838  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.14 
 
 
316 aa  240  2e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  0.419056 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1436  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.5 
 
 
344 aa  239  6.999999999999999e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.121871  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3014  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.6 
 
 
312 aa  238  1e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175723  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3020  RNA polymerase sigma factor RpoS  42.63 
 
 
335 aa  238  2e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000209414 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1825  RNA polymerase, sigma 28 subunit  44.68 
 
 
342 aa  234  1.0000000000000001e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0331  RNA polymerase sigma factor  44.04 
 
 
352 aa  234  1.0000000000000001e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1861  RNA polymerase sigma factor RpoS  44.04 
 
 
352 aa  234  1.0000000000000001e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1517  RNA polymerase sigma factor RpoS  45.36 
 
 
344 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17480  RNA polymerase sigma factor RpoS  45.36 
 
 
334 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38680  RNA polymerase sigma factor RpoS  45.71 
 
 
334 aa  232  9e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1427  RpoD family RNA polymerase sigma factor  43.21 
 
 
336 aa  231  2e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.818946  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1623  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.93 
 
 
335 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.406084  normal  0.159546 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4154  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.93 
 
 
335 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.07893 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2631  sigma 28 (flagella/sporulation)  45.61 
 
 
325 aa  230  3e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1177  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.93 
 
 
335 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.440638 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4052  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.93 
 
 
335 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.320425  hitchhiker  0.00000000847368 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1565  RNA polymerase sigma-38 factor  43.93 
 
 
335 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.651604  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1374  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.93 
 
 
335 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247864  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002516  RNA polymerase sigma factor RpoS  41.87 
 
 
328 aa  228  1e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1132  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.57 
 
 
335 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0930  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.73 
 
 
332 aa  227  2e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0062  RNA polymerase sigma factor RpoS  45.86 
 
 
335 aa  226  3e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03517  hypothetical protein  42.95 
 
 
328 aa  227  3e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0183  RpoS  40.31 
 
 
321 aa  224  1e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.122564  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1253  RNA polymerase sigma factor RpoS  44.6 
 
 
333 aa  224  2e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0395454  normal  0.0329408 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1247  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.57 
 
 
341 aa  221  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1247  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.57 
 
 
341 aa  221  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1430  DNA-directed RNA polymerase, sigma 70/sigma 32 subunit  42.81 
 
 
347 aa  218  8.999999999999998e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000837712  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1525  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  42.44 
 
 
328 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00220664  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3432  RNA polymerase sigma-38 factor  39.82 
 
 
326 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1123  RNA polymerase, sigma 28 subunit  39.82 
 
 
326 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1194  RNA polymerase, sigma 28 subunit  39.82 
 
 
326 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1124  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  39.82 
 
 
326 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1308  RpoD family RNA polymerase sigma factor  43.57 
 
 
338 aa  216  4e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1079  RNA polymerase sigma factor RpoS  42.32 
 
 
296 aa  215  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1421  sigma 28 (flagella/sporulation)  41.54 
 
 
326 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000137657  normal  0.258497 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1944  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.96 
 
 
343 aa  213  2.9999999999999995e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000945772  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1044  RNA polymerase sigma-38 factor  43.93 
 
 
327 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.908196 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2506  RNA polymerase sigma subunit RpoS (sigma-38)  43.42 
 
 
321 aa  213  3.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1204  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.57 
 
 
327 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000153411  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3864  RNA polymerase, sigma 28 subunit  42.86 
 
 
327 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.404406  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03727  sigma S (sigma 38) factor of RNA polymerase, major sigma factor during stationary phase  44.13 
 
 
330 aa  213  4.9999999999999996e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0470  RNA polymerase sigma-38 factor  43.62 
 
 
317 aa  212  7e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0630  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  43.62 
 
 
317 aa  212  7e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2617  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.7 
 
 
336 aa  212  7.999999999999999e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000623193  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3233  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.93 
 
 
330 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2749  RpoD family RNA polymerase sigma factor  38.91 
 
 
326 aa  211  2e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3271  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.45 
 
 
326 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.589431  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3129  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.93 
 
 
330 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.109042 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3113  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.93 
 
 
330 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.321984  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3212  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.93 
 
 
330 aa  211  2e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.487557  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3074  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.93 
 
 
330 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.232347  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1245  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.45 
 
 
326 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.411027  unclonable  0.00000000000310525 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1298  RpoD family RNA polymerase sigma factor  39.81 
 
 
323 aa  211  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.915931  hitchhiker  0.00000000172563 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3128  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.45 
 
 
326 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02591  RNA polymerase sigma factor  43.93 
 
 
330 aa  210  3e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0947  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.93 
 
 
330 aa  210  3e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.10987  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2866  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.93 
 
 
330 aa  210  3e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2879  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.93 
 
 
330 aa  210  3e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3992  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.93 
 
 
330 aa  210  3e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3042  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.93 
 
 
330 aa  210  3e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.93 
 
 
330 aa  210  3e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.841481  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3342  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.12 
 
 
322 aa  210  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.101192  unclonable  0.0000000171583 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02556  hypothetical protein  43.93 
 
 
330 aa  210  3e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3119  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.45 
 
 
326 aa  210  4e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0958  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.57 
 
 
332 aa  209  5e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0832  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.57 
 
 
332 aa  209  7e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0423608 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  43.28 
 
 
320 aa  208  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0522379  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1060  RNA polymerase, sigma 28 subunit  42.5 
 
 
323 aa  208  1e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0872  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.42 
 
 
330 aa  208  1e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2683  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  42.38 
 
 
333 aa  208  1e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>