269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2428 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2428  large conductance mechanosensitive channel protein  100 
 
 
142 aa  279  7.000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3231  large-conductance mechanosensitive channel  68.79 
 
 
144 aa  190  5e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3207  large-conductance mechanosensitive channel  67.86 
 
 
142 aa  187  5e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2860  large-conductance mechanosensitive channel  66.43 
 
 
142 aa  183  8e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.219386 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0820  large-conductance mechanosensitive channel  66.9 
 
 
151 aa  182  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.577469  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0712  large-conductance mechanosensitive channel  66.2 
 
 
142 aa  181  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.23692 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2930  large-conductance mechanosensitive channel  67.14 
 
 
141 aa  181  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5504  large-conductance mechanosensitive channel  71.33 
 
 
142 aa  179  9.000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.215904 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1975  large-conductance mechanosensitive channel  64.54 
 
 
143 aa  176  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0443039 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1501  large-conductance mechanosensitive channel  61.7 
 
 
143 aa  175  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.917907  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3094  large-conductance mechanosensitive channel  68.79 
 
 
144 aa  175  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.350384  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2079  large-conductance mechanosensitive channel  61.7 
 
 
143 aa  175  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.449669  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6128  large-conductance mechanosensitive channel  63.83 
 
 
143 aa  175  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.316261  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1938  large-conductance mechanosensitive channel  64.54 
 
 
143 aa  175  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1865  large-conductance mechanosensitive channel  64.54 
 
 
143 aa  175  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.568071  hitchhiker  0.00372648 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1951  large-conductance mechanosensitive channel  63.83 
 
 
143 aa  175  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2000  large-conductance mechanosensitive channel  61.7 
 
 
143 aa  175  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3310  large-conductance mechanosensitive channel  61.7 
 
 
143 aa  175  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00104042  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2373  large-conductance mechanosensitive channel  61.7 
 
 
143 aa  175  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.140991  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2415  large-conductance mechanosensitive channel  61.7 
 
 
143 aa  175  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.258205  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1272  large-conductance mechanosensitive channel  61.7 
 
 
143 aa  175  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.404097  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2521  large-conductance mechanosensitive channel  61.7 
 
 
199 aa  174  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.334793  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5262  large-conductance mechanosensitive channel  63.83 
 
 
143 aa  173  6e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0455479  normal  0.24364 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0751  large-conductance mechanosensitive channel  68.31 
 
 
142 aa  170  5.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0788  large-conductance mechanosensitive channel  68.31 
 
 
142 aa  170  5.999999999999999e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.112062 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2963  large conductance mechanosensitive channel protein  63.19 
 
 
142 aa  169  1e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.232112  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0848  large-conductance mechanosensitive channel  69.72 
 
 
137 aa  168  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.231503  normal  0.69291 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3672  large conductance mechanosensitive channel protein  64.34 
 
 
140 aa  168  2e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3697  large-conductance mechanosensitive channel  65.75 
 
 
143 aa  167  5e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.93238  normal  0.982216 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3746  large conductance mechanosensitive channel protein  63.64 
 
 
140 aa  167  6e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1187  large conductance mechanosensitive channel protein  66.2 
 
 
143 aa  164  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1318  large-conductance mechanosensitive channel  63.83 
 
 
143 aa  163  8e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.212571  hitchhiker  0.00243459 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3333  large-conductance mechanosensitive channel  63.19 
 
 
141 aa  161  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.662595  hitchhiker  0.000286923 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2455  large-conductance mechanosensitive channel  63.57 
 
 
141 aa  161  3e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0124  large conductance mechanosensitive channel protein  58.74 
 
 
140 aa  154  3e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.533935  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3606  large conductance mechanosensitive channel protein  63.36 
 
 
148 aa  154  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2316  large-conductance mechanosensitive channel  62.24 
 
 
148 aa  153  8e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0475958  normal  0.500244 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0993  large-conductance mechanosensitive channel  60.84 
 
 
149 aa  152  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.125438  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1871  large-conductance mechanosensitive channel  61.54 
 
 
148 aa  151  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0110608  normal  0.0250819 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0134  large conductance mechanosensitive channel protein  55.94 
 
 
140 aa  150  4e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.172297 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0929  large-conductance mechanosensitive channel  60.42 
 
 
140 aa  148  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0880  large-conductance mechanosensitive channel  54.17 
 
 
155 aa  148  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0911634  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0410  large-conductance mechanosensitive channel  51.45 
 
 
137 aa  146  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0340  large-conductance mechanosensitive channel  52.82 
 
 
145 aa  145  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.137149  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3455  large conductance mechanosensitive channel protein  55.4 
 
 
142 aa  145  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0277457  normal  0.0882552 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6045  large conductance mechanosensitive channel protein  58.99 
 
 
163 aa  143  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0318  large-conductance mechanosensitive channel  50 
 
 
138 aa  142  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.384644  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0334  large-conductance mechanosensitive channel  50 
 
 
138 aa  142  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0803754  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3208  large conductance mechanosensitive channel protein  52.9 
 
 
141 aa  140  5e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0654251  normal  0.948556 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0381  large-conductance mechanosensitive channel  51.72 
 
 
143 aa  139  9.999999999999999e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000132352  hitchhiker  0.000000656046 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2607  large conductance mechanosensitive channel protein  52.17 
 
 
142 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  0.681771 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1928  large-conductance mechanosensitive channel  53.28 
 
 
139 aa  137  3.9999999999999997e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.425698 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2630  large conductance mechanosensitive channel protein  52.94 
 
 
138 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.425108  normal  0.108359 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2579  large conductance mechanosensitive channel protein  52.9 
 
 
141 aa  137  6e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2802  large conductance mechanosensitive channel protein  52.9 
 
 
141 aa  137  6e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.21352  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4693  large-conductance mechanosensitive channel  53.57 
 
 
138 aa  136  8.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0941617 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2962  large-conductance mechanosensitive channel  51.8 
 
 
159 aa  134  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0089  large conductance mechanosensitive channel protein  50 
 
 
142 aa  134  6.0000000000000005e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2794  large-conductance mechanosensitive channel  55.65 
 
 
143 aa  132  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1538  large conductance mechanosensitive channel protein  50.7 
 
 
143 aa  132  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.580363  normal  0.302083 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0647  large conductance mechanosensitive channel protein  55.07 
 
 
139 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0374  large-conductance mechanosensitive channel  56.41 
 
 
149 aa  132  9.999999999999999e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.606039  normal  0.0231483 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2641  large-conductance mechanosensitive channel  54.01 
 
 
143 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00276841 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0992  large-conductance mechanosensitive channel  46.38 
 
 
140 aa  130  5e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.158656  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0166  large-conductance mechanosensitive channel  53.9 
 
 
142 aa  129  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.3696  normal  0.313526 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0055  large conductance mechanosensitive channel protein  47.22 
 
 
140 aa  129  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.153997 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3652  large-conductance mechanosensitive channel  47.14 
 
 
134 aa  127  3e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.326365 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0437  large-conductance mechanosensitive channel  50 
 
 
133 aa  127  4.0000000000000003e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000628379  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1961  mechanosensitive channel  51.33 
 
 
141 aa  127  6e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.171648 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2379  large-conductance mechanosensitive channel  47.33 
 
 
146 aa  127  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.567154 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1030  large conductance mechanosensitive channel protein  49.64 
 
 
139 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.184236  normal  0.070135 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0712  large-conductance mechanosensitive channel  48.92 
 
 
142 aa  126  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.268263  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0253  large-conductance mechanosensitive channel  50 
 
 
145 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.410741  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3722  large-conductance mechanosensitive channel  51.39 
 
 
137 aa  126  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.459106  hitchhiker  0.00604869 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0724  large-conductance mechanosensitive channel  46.67 
 
 
146 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2522  large-conductance mechanosensitive channel  52.34 
 
 
145 aa  125  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000515588  normal  0.121482 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0622  large conductance mechanosensitive channel protein  55.04 
 
 
144 aa  125  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2603  large-conductance mechanosensitive channel  52.55 
 
 
143 aa  125  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.240683  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0457  large-conductance mechanosensitive channel  46.81 
 
 
163 aa  125  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2261  large-conductance mechanosensitive channel  51.45 
 
 
139 aa  124  3e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0292  large-conductance mechanosensitive channel  46.38 
 
 
138 aa  122  1e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2443  large-conductance mechanosensitive channel  46.62 
 
 
146 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.954561  normal  0.582665 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4641  large conductance mechanosensitive channel protein  47.89 
 
 
148 aa  121  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03141  large-conductance mechanosensitive channel  50 
 
 
136 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0423  large conductance mechanosensitive channel protein  50 
 
 
136 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0423  large-conductance mechanosensitive channel  50 
 
 
136 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.465174  hitchhiker  0.0000168159 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4276  large-conductance mechanosensitive channel  47.18 
 
 
148 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.348387  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3484  large-conductance mechanosensitive channel  50 
 
 
136 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.175922  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03092  hypothetical protein  50 
 
 
136 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3774  large-conductance mechanosensitive channel  50 
 
 
136 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0382022  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4613  large-conductance mechanosensitive channel  50 
 
 
136 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000924287  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3677  large-conductance mechanosensitive channel  50 
 
 
136 aa  119  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3586  large-conductance mechanosensitive channel  50 
 
 
136 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.515412  normal  0.131611 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0225  large-conductance mechanosensitive channel  49.3 
 
 
145 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01831  large-conductance mechanosensitive channel  47.55 
 
 
140 aa  119  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.514761  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0163  large-conductance mechanosensitive channel  49.22 
 
 
155 aa  118  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0352  large conductance mechanosensitive channel protein  46.85 
 
 
141 aa  118  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.559193  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1381  large conductance mechanosensitive channel protein  45.83 
 
 
132 aa  118  3e-26  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3793  large-conductance mechanosensitive channel  47.59 
 
 
137 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.832034  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3972  large-conductance mechanosensitive channel  47.59 
 
 
137 aa  117  7e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0532201  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>