More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2388 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2388  ABC transporter related  100 
 
 		 259 aa  527  1e-149  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0199374  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2575  ABC transporter related  91.34 
 
 		 258 aa  481  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.114621  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1840  ABC transporter related  84.25 
 
 		 266 aa  443  1e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.260615 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2022  ABC transporter related  82.75 
 
 		 260 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0830509  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1682  ABC transporter related  82.75 
 
 		 260 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2927  ABC transporter related  81.5 
 
 		 258 aa  432  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0722568  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2931  ABC transporter-related protein  80.63 
 
 		 264 aa  424  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.409418  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1794  ABC transporter related  79.05 
 
 		 269 aa  410  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3311  ABC transporter related  82.54 
 
 		 275 aa  404  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00410965  normal  0.0296755 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1773  putative amino-acid ATP-binding ABC transporter protein  71.26 
 
 		 257 aa  375  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.547469  normal  0.0486237 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1859  ABC transporter-related protein  66.14 
 
 		 259 aa  351  5.9999999999999994e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.200968 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1402  ABC transporter related  67.34 
 
 		 257 aa  351  8e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1852  ABC transporter-related protein  67.49 
 
 		 253 aa  349  3e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1753  amino-acid ATP-binding ABC transporter protein  67.35 
 
 		 266 aa  348  4e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.50264  normal  0.705877 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1492  ABC transporter related  66.27 
 
 		 262 aa  347  8e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.221725  normal  0.375358 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1451  ABC transporter related  67.21 
 
 		 266 aa  347  1e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0342777  hitchhiker  0.000812004 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4567  ABC transporter related  59.84 
 
 		 249 aa  316  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.129201  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1571  ABC transporter related  59.44 
 
 		 249 aa  314  8e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.98621  normal  0.656005 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1577  ABC transporter related  59.44 
 
 		 249 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4170  ABC transporter related  59.35 
 
 		 253 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3166  ABC transporter related  59.92 
 
 		 249 aa  291  8e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.219899  normal  0.262442 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0223  ABC transporter related  59.35 
 
 		 250 aa  291  8e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1576  ABC transporter related  55.24 
 
 		 250 aa  272  4.0000000000000004e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0027  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  51.87 
 
 		 250 aa  257  1e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0024  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  51.87 
 
 		 250 aa  256  2e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1605  ABC transporter related  47.62 
 
 		 256 aa  242  6e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2815  ABC transporter related  48.98 
 
 		 250 aa  240  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal  0.076686 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1320  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  48.98 
 
 		 250 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1899  ABC transporter related  47.11 
 
 		 250 aa  235  7e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.200717 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1826  ABC-transporter  47.95 
 
 		 758 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.256194  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1672  ABC-transporter  47.95 
 
 		 746 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.504815  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1650  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  47.95 
 
 		 752 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0908  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein, putative  47.54 
 
 		 761 aa  232  6e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2652  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein, putative  46.72 
 
 		 741 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0721  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  47.54 
 
 		 746 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0441  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein  47.54 
 
 		 749 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.721247  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1439  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  47.54 
 
 		 755 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1394  ABC transporter related  45.12 
 
 		 250 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.665987 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0934  ABC transporter related  45.12 
 
 		 250 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00957205  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1416  ABC transporter related  45.12 
 
 		 250 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.908871  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4560  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  44.63 
 
 		 250 aa  226  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0886359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1296  ABC transporter related  45.45 
 
 		 249 aa  225  6e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1335  ABC transporter related  45.04 
 
 		 249 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0569483  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3487  ABC transporter related  44.05 
 
 		 256 aa  209  4e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.170607  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3371  ABC transporter related  44.05 
 
 		 258 aa  207  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6266  ABC transporter related  44.05 
 
 		 258 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3520  ABC transporter-related protein  44.05 
 
 		 257 aa  206  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.341337 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2028  ABC transporter related  45.87 
 
 		 252 aa  204  9e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.480224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2468  ABC transporter related  42.06 
 
 		 256 aa  202  6e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3915  ABC transporter related  42.56 
 
 		 259 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1049  ABC transporter related  41.83 
 
 		 254 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4075  ABC transporter related  42.75 
 
 		 268 aa  200  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.231771 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3213  ABC transporter related  43.25 
 
 		 256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3539  ABC transporter related  43.25 
 
 		 256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.610144  normal  0.120136 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3457  ABC transporter related  41.83 
 
 		 254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.257726  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5956  ABC transporter related  41.67 
 
 		 256 aa  199  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00448247  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1075  ABC transporter related  42.35 
 
 		 278 aa  199  3e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00032373  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5860  ABC transporter related  42.92 
 
 		 272 aa  199  3e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0731407 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0017  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  42.15 
 
 		 263 aa  199  5e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2032  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  42.51 
 
 		 257 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0564166  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1280  ABC transporter-related protein  42.46 
 
 		 277 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.78204  normal  0.312074 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1932  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  42.11 
 
 		 257 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3410  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  42.11 
 
 		 257 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000400579 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3049  ABC transporter related  41.74 
 
 		 263 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5164  ABC transporter related  40.87 
 
 		 256 aa  196  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1793  branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  42.11 
 
 		 257 aa  196  3e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1767  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  42.11 
 
 		 257 aa  196  3e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.790665  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1750  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  42.11 
 
 		 257 aa  196  3e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.844188  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1933  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  42.11 
 
 		 257 aa  196  3e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2011  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  42.11 
 
 		 257 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3331  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  42.98 
 
 		 259 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3122  ABC transporter related  41.67 
 
 		 256 aa  195  5.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.30892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4073  ABC transporter related  42.46 
 
 		 256 aa  196  5.000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.572778 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1968  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  41.7 
 
 		 257 aa  194  1e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000325906 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2314  ABC transporter related  40.74 
 
 		 249 aa  194  1e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3377  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  42.98 
 
 		 259 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3344  ABC transporter ATP-binding protein  42.46 
 
 		 256 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2934  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  42.98 
 
 		 259 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0200  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  42.98 
 
 		 259 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.519343  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2992  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  42.98 
 
 		 259 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3993  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  42.98 
 
 		 259 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1609  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  42.98 
 
 		 259 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0006  ABC transporter related  43.09 
 
 		 253 aa  193  2e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.362312  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4067  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  42.98 
 
 		 259 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6436  ABC transporter related  42.97 
 
 		 261 aa  192  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1447  ABC transporter related  40.33 
 
 		 256 aa  193  3e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0752148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1285  ABC transporter related  40.33 
 
 		 256 aa  193  3e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.270535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3527  ABC transporter related  41.57 
 
 		 257 aa  192  3e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0085  ABC transporter related  41.74 
 
 		 259 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0074  ABC transporter related  41.74 
 
 		 259 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1176  ABC transporter related  42.8 
 
 		 252 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1802  ABC transporter related  41.7 
 
 		 257 aa  191  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.201927  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3909  ABC transporter related  41.76 
 
 		 265 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.804783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3054  ABC transporter related protein  41.87 
 
 		 259 aa  190  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3796  ABC transporter related  41.76 
 
 		 265 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.477228  normal  0.17284 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0083  ABC transporter related  40.91 
 
 		 259 aa  190  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.265408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0101  ABC transporter related  40.91 
 
 		 259 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.611585  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0418  ABC transporter-like protein  42 
 
 		 250 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.912938 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2972  ABC transporter related  40.91 
 
 		 259 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0083  ABC transporter related  40.91 
 
 		 259 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>