More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2271 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_0225  PAS  53.83 
 
 		 673 aa  706    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 676 aa  1381    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3281  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  75.81 
 
 		 680 aa  1010    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3375  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.6 
 
 		 714 aa  592  1e-168  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3589  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.32 
 
 		 652 aa  545  1e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.25 
 
 		 634 aa  335  2e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.26 
 
 		 640 aa  319  1e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.04 
 
 		 626 aa  318  2e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.928233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.65 
 
 		 845 aa  317  6e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  40.9 
 
 		 678 aa  311  2e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.27 
 
 		 673 aa  308  3e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.47 
 
 		 660 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2280  PAS sensor hybrid histidine kinase  34.69 
 
 		 640 aa  301  2e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0955  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.54 
 
 		 640 aa  300  5e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.872977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.47 
 
 		 689 aa  298  2e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  37.41 
 
 		 695 aa  297  4e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  35.68 
 
 		 695 aa  295  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.15 
 
 		 936 aa  294  4e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.18 
 
 		 1381 aa  293  9e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  35.54 
 
 		 646 aa  291  4e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  35.11 
 
 		 646 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.37 
 
 		 979 aa  289  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.41 
 
 		 632 aa  288  2e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4013  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.7 
 
 		 636 aa  288  2e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.08 
 
 		 1165 aa  287  5e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  43.26 
 
 		 529 aa  286  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.41 
 
 		 966 aa  285  2.0000000000000002e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.28 
 
 		 789 aa  283  7.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.28 
 
 		 789 aa  283  7.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.83 
 
 		 807 aa  283  7.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36420  putative sensor/response regulator hybrid  38.06 
 
 		 699 aa  283  8.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3125  putative sensor/response regulator hybrid  38.51 
 
 		 650 aa  282  1e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.70953  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.6 
 
 		 766 aa  282  1e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.56 
 
 		 845 aa  282  2e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.46 
 
 		 1089 aa  282  2e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.34 
 
 		 774 aa  280  5e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  37.73 
 
 		 1065 aa  279  9e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.62 
 
 		 916 aa  279  1e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.65 
 
 		 741 aa  279  1e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.85 
 
 		 789 aa  278  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.56 
 
 		 651 aa  278  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.09 
 
 		 740 aa  278  3e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.33 
 
 		 926 aa  277  4e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2401  sensory box histidine kinase/response regulator  33.08 
 
 		 1015 aa  277  5e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.73 
 
 		 1065 aa  276  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  43 
 
 		 807 aa  276  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  43.86 
 
 		 416 aa  276  1.0000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.6 
 
 		 573 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  37.6 
 
 		 692 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4234  sensor histidine kinase  41.23 
 
 		 761 aa  274  4.0000000000000004e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.58 
 
 		 830 aa  274  5.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 		 1067 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.92 
 
 		 1050 aa  273  7e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.29 
 
 		 653 aa  273  8.000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0873112  normal  0.0648404 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3722  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.35 
 
 		 845 aa  273  9e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.78 
 
 		 827 aa  273  9e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.97 
 
 		 1215 aa  271  2e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  35.22 
 
 		 1092 aa  272  2e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.79 
 
 		 727 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.5 
 
 		 743 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.65 
 
 		 1651 aa  272  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.33 
 
 		 999 aa  272  2e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 		 957 aa  271  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.35 
 
 		 782 aa  271  4e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.22 
 
 		 1103 aa  271  4e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.79 
 
 		 1086 aa  270  5e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.61 
 
 		 781 aa  270  5e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0124  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.62 
 
 		 851 aa  270  5.9999999999999995e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.42 
 
 		 810 aa  270  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 		 889 aa  270  5.9999999999999995e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 		 1022 aa  270  7e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  35.21 
 
 		 691 aa  270  8.999999999999999e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.62 
 
 		 772 aa  270  8.999999999999999e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 		 812 aa  269  1e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4095  sensory box histidine kinase/response regulator  41.37 
 
 		 851 aa  268  2e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4031  sensory box histidine kinase/response regulator  41.37 
 
 		 851 aa  268  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.26 
 
 		 1631 aa  268  2e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  43.44 
 
 		 571 aa  268  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  34.22 
 
 		 691 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  33.6 
 
 		 847 aa  268  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3596  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.42 
 
 		 926 aa  267  4e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0038  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.68 
 
 		 681 aa  267  4e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0323591 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.03 
 
 		 1646 aa  268  4e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.32 
 
 		 1095 aa  267  4e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.93 
 
 		 890 aa  267  5.999999999999999e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3017  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.67 
 
 		 864 aa  267  5.999999999999999e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.18 
 
 		 695 aa  266  7e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  41.71 
 
 		 726 aa  266  8e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  43.83 
 
 		 676 aa  266  1e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1990  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.54 
 
 		 695 aa  266  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1672  PAS sensor protein  35.21 
 
 		 695 aa  266  1e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.487392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.06 
 
 		 1092 aa  266  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  36.55 
 
 		 812 aa  266  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6265  sensor histidine kinase  41.28 
 
 		 490 aa  266  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0824359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 492 aa  265  2e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3461  histidine kinase  37.18 
 
 		 533 aa  265  2e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.23 
 
 		 858 aa  265  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  35.06 
 
 		 1086 aa  265  2e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0290  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.09 
 
 		 758 aa  265  2e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.312795 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  43.77 
 
 		 537 aa  265  3e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>