More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2198 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2198  hypothetical protein  100 
 
 
145 aa  290  3e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.76051  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3459  hypothetical protein  68.28 
 
 
145 aa  205  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.450632  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1272  UspA domain-containing protein  64.83 
 
 
145 aa  192  9e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4356  UspA domain-containing protein  60 
 
 
145 aa  181  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244024  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1732  UspA domain protein  68.49 
 
 
146 aa  175  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1929  UspA domain-containing protein  67.81 
 
 
146 aa  174  3e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3154  UspA domain-containing protein  63.08 
 
 
145 aa  158  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.759591  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0644  UspA domain-containing protein  62.76 
 
 
145 aa  150  8e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.577691 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3655  UspA domain protein  59.03 
 
 
147 aa  148  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.850888  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2088  UspA domain-containing protein  42.86 
 
 
153 aa  112  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0358891 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1650  universal stress protein  39.58 
 
 
144 aa  110  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.629264  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1997  universal stress protein  40.97 
 
 
144 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0827286  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1587  universal stress protein  40.28 
 
 
144 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.240234  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2471  universal stress family protein  40.28 
 
 
144 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1362  universal stress family protein  40.28 
 
 
144 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2614  universal stress protein family protein  40.28 
 
 
144 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.586253  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2089  universal stress protein  40.28 
 
 
144 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000150804  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2525  universal stress family protein  40.28 
 
 
144 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.245766  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3223  universal stress protein  40.28 
 
 
144 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2487  UspA domain protein  37.5 
 
 
144 aa  105  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0465125  hitchhiker  0.000264577 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1228  UspA domain-containing protein  38.89 
 
 
144 aa  105  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.156365 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5358  universal stress protein  38.89 
 
 
144 aa  105  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.974267  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1951  UspA domain-containing protein  39.58 
 
 
144 aa  104  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.348575 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3368  hypothetical protein  44 
 
 
146 aa  105  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2081  UspA domain-containing protein  39.58 
 
 
144 aa  104  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1112  hypothetical protein  38.62 
 
 
144 aa  102  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.619921  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1369  UspA domain-containing protein  38.19 
 
 
144 aa  101  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.981582 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2524  UspA domain-containing protein  37.5 
 
 
149 aa  101  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2637  hypothetical protein  39.58 
 
 
144 aa  100  5e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1954  hypothetical protein  36.11 
 
 
144 aa  99  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3338  UspA domain-containing protein  38.19 
 
 
144 aa  98.6  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2068  UspA domain-containing protein  40.28 
 
 
144 aa  98.6  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.960208  normal  0.914393 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1387  hypothetical protein  36.11 
 
 
144 aa  99  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00373989  normal  0.527764 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6028  hypothetical protein  40.28 
 
 
144 aa  98.6  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.999121  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2049  UspA domain-containing protein  40.28 
 
 
144 aa  98.6  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.765605  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0308  UspA domain-containing protein  37.06 
 
 
145 aa  98.2  3e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1299  UspA domain protein  35.42 
 
 
144 aa  97.4  6e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0196706  normal  0.273134 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1233  UspA domain protein  35.42 
 
 
144 aa  97.4  6e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.997743  normal  0.558302 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1606  UspA domain-containing protein  36.81 
 
 
145 aa  97.1  7e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.198066  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1224  UspA domain protein  39.86 
 
 
156 aa  97.1  7e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0463  UspA domain-containing protein  38.51 
 
 
146 aa  96.7  9e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1016  UspA domain-containing protein  40.27 
 
 
149 aa  96.3  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.597353  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1457  UspA domain-containing protein  38.19 
 
 
145 aa  96.7  1e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1022  UspA domain-containing protein  36.11 
 
 
145 aa  95.5  2e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.335236  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1676  hypothetical protein  38.89 
 
 
143 aa  95.9  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.631803 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1496  UspA domain protein  37.67 
 
 
144 aa  95.1  3e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.828394 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0267  universal stress protein  35.86 
 
 
145 aa  94  6e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.793437  normal  0.0161119 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1359  hypothetical protein  34.72 
 
 
168 aa  93.6  9e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2059  UspA domain protein  37.41 
 
 
156 aa  92.4  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.3944  hitchhiker  0.00218931 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0825  universal stress protein  34.97 
 
 
164 aa  90.9  5e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1081  UspA domain-containing protein  38.78 
 
 
147 aa  90.9  5e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952859  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0997  UspA domain protein  38.78 
 
 
147 aa  90.9  5e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1706  UspA domain protein  41.26 
 
 
290 aa  90.1  8e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.873691  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0991  hypothetical protein  33.33 
 
 
147 aa  90.1  9e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3529  universal stress protein  37.76 
 
 
149 aa  89.4  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0176065  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4308  hypothetical protein  37.58 
 
 
147 aa  89.7  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00896563  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2668  UspA domain protein  36.36 
 
 
159 aa  89  2e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4983  hypothetical protein  35.66 
 
 
145 aa  87.8  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1284  UspA domain protein  35.29 
 
 
147 aa  88.2  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1352  UspA domain protein  36.3 
 
 
146 aa  87.8  4e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.012903 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1926  hypothetical protein  37.84 
 
 
147 aa  87.8  5e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1117  UspA domain-containing protein  30.87 
 
 
156 aa  87.4  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.656052  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1173  UspA domain-containing protein  38.93 
 
 
147 aa  87  7e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.761945  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2815  UspA domain protein  37.09 
 
 
147 aa  87.4  7e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0183337  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1082  UspA domain protein  35.42 
 
 
158 aa  86.7  9e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.731229  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5582  UspA domain protein  38.1 
 
 
158 aa  86.3  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.285651  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2886  UspA domain-containing protein  35.17 
 
 
148 aa  86.3  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0844522  normal  0.787665 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1467  UspA domain protein  35.17 
 
 
180 aa  86.7  1e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0118  UspA domain-containing protein  36.49 
 
 
144 aa  86.7  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.385941 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7012  UspA domain-containing protein  30.87 
 
 
156 aa  86.3  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.305575  normal  0.800144 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1309  UspA domain protein  35.33 
 
 
153 aa  85.9  2e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.678787 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2851  universal stress protein  32.89 
 
 
157 aa  85.1  3e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.113376  hitchhiker  0.00572798 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0252  UspA domain-containing protein  36.55 
 
 
148 aa  85.1  3e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2339  UspA domain-containing protein  39.31 
 
 
128 aa  84.3  4e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0225784 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0788  UspA domain-containing protein  35.1 
 
 
147 aa  84.7  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.523142 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1206  hypothetical protein  35.62 
 
 
154 aa  84.3  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.670905  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0432  UspA domain protein  34.03 
 
 
144 aa  84  6e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4074  hypothetical protein  38.36 
 
 
145 aa  84  7e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3164  UspA domain protein  38.41 
 
 
156 aa  83.2  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0228  UspA domain protein  36.49 
 
 
144 aa  83.2  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.115538 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2586  universal stress protein  33.57 
 
 
141 aa  83.2  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0483395  normal  0.125899 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1519  UspA domain-containing protein  36.73 
 
 
148 aa  82.8  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0716802  normal  0.348047 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2230  UspA domain-containing protein  36.55 
 
 
171 aa  83.2  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0395018 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4451  universal stress protein UspA  34.67 
 
 
161 aa  83.2  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15852  normal  0.144884 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3089  UspA domain protein  37.5 
 
 
280 aa  82.8  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2829  UspA domain protein  35.57 
 
 
169 aa  82.4  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0510043  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4260  UspA domain protein  35.81 
 
 
148 aa  81.6  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4395  universal stress protein UspA  33.11 
 
 
164 aa  81.6  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.124166  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3813  UspA domain-containing protein  40.27 
 
 
156 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.175974  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1274  UspA domain-containing protein  35.66 
 
 
145 aa  81.3  0.000000000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.331528 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0015  UspA domain-containing protein  34.72 
 
 
143 aa  81.3  0.000000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.246066  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1966  universal stress protein  38.26 
 
 
149 aa  80.9  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1892  universal stress protein  38.26 
 
 
149 aa  80.9  0.000000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0327911  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0754  UspA domain protein  34.72 
 
 
152 aa  80.9  0.000000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0606368  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3943  UspA domain protein  32.43 
 
 
148 aa  81.3  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2014  UspA domain protein  36.49 
 
 
307 aa  80.5  0.000000000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.494901 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4745  hypothetical protein  36.91 
 
 
151 aa  80.5  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.829975  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0973  UspA domain protein  36 
 
 
155 aa  80.5  0.000000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4869  UspA domain protein  34.23 
 
 
151 aa  80.1  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0991837 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3792  UspA domain protein  34.23 
 
 
151 aa  80.1  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>