More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2195 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2195  30S ribosomal protein S18  100 
 
 		 94 aa  192  1e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00559271  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3035  30S ribosomal protein S18  89.25 
 
 		 94 aa  171  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000854539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2393  30S ribosomal protein S18  88.17 
 
 		 94 aa  171  3.9999999999999995e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0983  30S ribosomal protein S18  89.36 
 
 		 93 aa  169  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.878884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2567  30S ribosomal protein S18  88.3 
 
 		 93 aa  167  5e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3214  30S ribosomal protein S18  88.3 
 
 		 93 aa  167  5e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1230  30S ribosomal protein S18  87.23 
 
 		 93 aa  166  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.024514 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1820  30S ribosomal protein S18  86.17 
 
 		 93 aa  165  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.179313  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5227  30S ribosomal protein S18  85.11 
 
 		 93 aa  164  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1528  30S ribosomal protein S18  83.52 
 
 		 96 aa  152  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0286405  normal  0.130689 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2828  30S ribosomal protein S18  75.53 
 
 		 94 aa  147  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0422  30S ribosomal protein S18  73.56 
 
 		 90 aa  137  6e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000044811  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1184  30S ribosomal protein S18  82.67 
 
 		 95 aa  136  8.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0394823  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1245  30S ribosomal protein S18  82.67 
 
 		 95 aa  136  8.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0202382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0430  30S ribosomal protein S18  77.22 
 
 		 84 aa  134  4e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.69422 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1309  30S ribosomal protein S18  80 
 
 		 92 aa  133  9e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0913  30S ribosomal protein S18  77.11 
 
 		 91 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.317596 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1977  30S ribosomal protein S18  70.97 
 
 		 92 aa  131  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.402888  normal  0.0959108 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1402  30S ribosomal protein S18  75.9 
 
 		 91 aa  130  5e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27665  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2004  30S ribosomal protein S18  70.97 
 
 		 92 aa  130  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2414  30S ribosomal protein S18  75.9 
 
 		 91 aa  130  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.398519  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2289  30S ribosomal protein S18  75.9 
 
 		 91 aa  130  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.189033  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2181  30S ribosomal protein S18  75.9 
 
 		 91 aa  130  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1893  30S ribosomal protein S18  75.9 
 
 		 91 aa  130  5e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.910904  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0004  30S ribosomal protein S18  75.9 
 
 		 91 aa  130  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0418254  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6207  30S ribosomal protein S18  75.9 
 
 		 91 aa  130  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1402  30S ribosomal protein S18  75.9 
 
 		 91 aa  130  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.494221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2250  30S ribosomal protein S18  75.9 
 
 		 91 aa  130  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.231321  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1166  30S ribosomal protein S18  75.9 
 
 		 91 aa  130  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.329961  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1872  30S ribosomal protein S18  75.9 
 
 		 91 aa  130  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.582114  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1895  30S ribosomal protein S18  75.9 
 
 		 91 aa  130  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00156223  hitchhiker  0.0000000574659 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5172  30S ribosomal protein S18  75.9 
 
 		 91 aa  130  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1781  30S ribosomal protein S18  74.7 
 
 		 91 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.708911  normal  0.881884 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5729  30S ribosomal protein S18  77.33 
 
 		 92 aa  128  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.237828  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1809  30S ribosomal protein S18  74.7 
 
 		 91 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.356271  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2454  30S ribosomal protein S18  72.29 
 
 		 91 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0427357  normal  0.323715 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1788  30S ribosomal protein S18  71.08 
 
 		 91 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685938  normal  0.111131 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1363  ribosomal protein S18  71.83 
 
 		 75 aa  118  3e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.143055  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1328  30S ribosomal protein S18  67.61 
 
 		 75 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.52927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2103  30S ribosomal protein S18  70.42 
 
 		 95 aa  114  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.499514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1218  SSU ribosomal protein S18P  69.44 
 
 		 91 aa  113  6.9999999999999995e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.386116 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3667  30S ribosomal protein S18  65.28 
 
 		 91 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0312817  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1949  30S ribosomal protein S18  67.61 
 
 		 94 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.879875  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2588  30S ribosomal protein S18  61.64 
 
 		 76 aa  110  6e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.752864 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2037  ribosomal protein S18  66.2 
 
 		 76 aa  110  9e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.166902  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04069  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 		 75 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3791  ribosomal protein S18  64.79 
 
 		 75 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00509801  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3811  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 		 75 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0521651 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4811  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 		 75 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0274683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4735  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 		 75 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.260572  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4661  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 		 75 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.13301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4753  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 		 75 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0729519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0373  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 		 75 aa  109  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0319671  normal  0.0301658 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5717  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 		 75 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.375297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4789  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 		 75 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0963003  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0796  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 		 75 aa  109  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000510602  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4763  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 		 75 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4672  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 		 75 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.998059 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4446  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 		 75 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4671  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 		 75 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00669693  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0776  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 		 75 aa  109  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000892175  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04031  hypothetical protein  64.79 
 
 		 75 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00745  30S ribosomal protein S18  58.9 
 
 		 76 aa  109  1.0000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.613411  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3590  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 		 75 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.307968  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3433  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 		 75 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00939921  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0584  30S ribosomal protein S18  61.97 
 
 		 74 aa  106  8.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.501506  hitchhiker  6.40936e-16 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3782  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  106  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2051  30S ribosomal protein S18  57.53 
 
 		 76 aa  106  1e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.255921  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0448  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  106  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435788 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2132  30S ribosomal protein S18  57.53 
 
 		 76 aa  106  1e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.157171  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0682  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  106  1e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1436  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 		 75 aa  106  1e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00709518  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3637  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  106  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0924  ribosomal protein S18  61.97 
 
 		 74 aa  105  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.373301  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3282  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  105  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0561913  hitchhiker  0.000203056 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3421  ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  105  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3062  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  105  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.382795  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0713  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  105  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.348938  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0743  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  105  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000702658  hitchhiker  0.000126667 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0759  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  104  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.190988  hitchhiker  0.000000223269 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3928  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  105  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3584  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  104  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.173791  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4210  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  104  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.882361  hitchhiker  0.000251035 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0734  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  105  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0213573  hitchhiker  0.0000000101296 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3258  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  105  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000185776  hitchhiker  0.00000962833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0689  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  105  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00223713  hitchhiker  0.000284829 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3641  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  105  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000922351  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0755  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  105  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000506389  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0703  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  105  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000172761  hitchhiker  0.00040257 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0517  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  104  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.370813  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3349  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  103  6e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000024458  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0656  30S ribosomal protein S18  59.15 
 
 		 74 aa  102  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0572  ribosomal protein S18  63.38 
 
 		 75 aa  103  1e-21  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.504032  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1338  30S ribosomal protein S18  54.17 
 
 		 76 aa  101  4e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0621321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1031  30S ribosomal protein S18  54.17 
 
 		 76 aa  101  4e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1641  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 75 aa  101  4e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0283547  normal  0.0346788 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1934  ribosomal protein S18  57.97 
 
 		 74 aa  99.8  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.250727  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2823  ribosomal protein S18  58.11 
 
 		 92 aa  97.8  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.408333  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2445  ribosomal protein S18  58.11 
 
 		 92 aa  97.8  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0042166 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03777  30S ribosomal protein S18  67.74 
 
 		 75 aa  97.4  6e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>