More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2175 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00746  excinuclease ABC subunit B  65.07 
 
 
673 aa  857    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000144798  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2863  excinuclease ABC, B subunit  65.07 
 
 
673 aa  857    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000294362  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0441  excinuclease ABC subunit B  55.54 
 
 
668 aa  755    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3262  excinuclease ABC subunit B  58.25 
 
 
664 aa  791    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0369313  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1974  excinuclease ABC subunit B  66.47 
 
 
671 aa  895    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.238105  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0426  excinuclease ABC subunit B  56.02 
 
 
661 aa  768    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2201  excinuclease ABC subunit B  66.31 
 
 
664 aa  893    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0839  excinuclease ABC subunit B  54.12 
 
 
635 aa  736    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1011  excinuclease ABC subunit B  76.23 
 
 
696 aa  1088    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.771852  normal  0.613992 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5272  excinuclease ABC subunit B  56.65 
 
 
658 aa  748    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2887  excinuclease ABC subunit B  62.33 
 
 
673 aa  852    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.149884  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1464  excinuclease ABC subunit B  55.08 
 
 
663 aa  764    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1512  excinuclease ABC subunit B  58.38 
 
 
940 aa  798    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2506  excinuclease ABC subunit B  65.18 
 
 
673 aa  886    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2164  excinuclease ABC, B subunit  66.32 
 
 
671 aa  907    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.155475  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5016  excinuclease ABC subunit B  57.25 
 
 
658 aa  756    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4845  excinuclease ABC subunit B  57.1 
 
 
658 aa  754    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4860  excinuclease ABC subunit B  57.1 
 
 
658 aa  754    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0880  excinuclease ABC subunit B  76.44 
 
 
696 aa  1079    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0086  excinuclease ABC subunit B  62.03 
 
 
663 aa  859    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0074  excinuclease ABC subunit B  61.88 
 
 
663 aa  859    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1974  excinuclease ABC subunit B  66.62 
 
 
671 aa  909    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.292507 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0744  excinuclease ABC subunit B  59.55 
 
 
703 aa  818    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2003  excinuclease ABC subunit B  72.49 
 
 
690 aa  1004    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.138887  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1196  excinuclease ABC subunit B  53.02 
 
 
701 aa  726    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1247  excinuclease ABC subunit B  55.44 
 
 
678 aa  756    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.118971  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1051  excinuclease ABC subunit B  78.88 
 
 
695 aa  1109    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1568  excinuclease ABC subunit B  71.79 
 
 
675 aa  1011    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2495  excinuclease ABC subunit B  58.17 
 
 
1032 aa  794    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.75553 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4680  excinuclease ABC subunit B  55.77 
 
 
665 aa  761    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1920  excinuclease ABC subunit B  76.44 
 
 
707 aa  1079    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1139  excinuclease ABC subunit B  65.02 
 
 
687 aa  882    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0652505  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1875  excinuclease ABC subunit B  66.32 
 
 
671 aa  905    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2083  excinuclease ABC subunit B  57.62 
 
 
727 aa  772    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0099  excinuclease ABC subunit B  59.13 
 
 
667 aa  798    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5538  excinuclease ABC subunit B  77.47 
 
 
707 aa  1093    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0077  excinuclease ABC subunit B  54.77 
 
 
679 aa  764    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.5939  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0080  excinuclease ABC subunit B  55.51 
 
 
702 aa  771    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.935466  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3219  excinuclease ABC subunit B  59.37 
 
 
665 aa  799    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0533109  hitchhiker  0.000839421 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2096  excinuclease ABC subunit B  57.19 
 
 
682 aa  772    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.587064  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1754  excinuclease ABC subunit B  65.72 
 
 
678 aa  916    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5396  excinuclease ABC subunit B  57.25 
 
 
658 aa  756    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1741  excinuclease ABC subunit B  55.36 
 
 
679 aa  775    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0563  excinuclease ABC subunit B  58.32 
 
 
666 aa  786    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.733421  normal  0.043063 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1361  excinuclease ABC subunit B  70.15 
 
 
695 aa  968    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1133  excinuclease ABC subunit B  57.14 
 
 
733 aa  790    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0668171  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0251  excinuclease ABC subunit B  60.78 
 
 
663 aa  800    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2036  excinuclease ABC subunit B  76.44 
 
 
696 aa  1078    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1275  excinuclease ABC subunit B  56.68 
 
 
699 aa  761    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.668  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1626  excinuclease ABC subunit B  52.09 
 
 
714 aa  727    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4146  excinuclease ABC subunit B  56.91 
 
 
1017 aa  772    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.919849  normal  0.885523 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2780  excinuclease ABC subunit B  55.11 
 
 
747 aa  761    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.768947  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3602  excinuclease ABC subunit B  57.93 
 
 
731 aa  775    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.510357  normal  0.935221 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2175  excinuclease ABC subunit B  100 
 
 
710 aa  1446    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00395254  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1753  excinuclease ABC subunit B  64.04 
 
 
666 aa  889    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4137  excinuclease ABC subunit B  56.8 
 
 
1053 aa  773    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1320  excinuclease ABC subunit B  68.73 
 
 
679 aa  966    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.350926  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2176  excinuclease ABC subunit B  83.84 
 
 
706 aa  1197    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00882926  normal  0.14877 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3153  excinuclease ABC subunit B  77.61 
 
 
701 aa  1090    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.414181 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1797  excinuclease ABC subunit B  64.86 
 
 
676 aa  890    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000373442  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2303  excinuclease ABC subunit B  53.98 
 
 
660 aa  730    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3987  excinuclease ABC subunit B  56.91 
 
 
1047 aa  771    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.584236  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1833  excinuclease ABC subunit B  65.02 
 
 
676 aa  883    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2923  excinuclease ABC subunit B  57.93 
 
 
1011 aa  785    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.50321  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0737  excinuclease ABC subunit B  59.94 
 
 
662 aa  814    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1019  excinuclease ABC subunit B  77.33 
 
 
697 aa  1093    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.231406  normal  0.390908 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1782  excinuclease ABC subunit B  57.97 
 
 
662 aa  784    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.753339  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0144  excinuclease ABC subunit B  58.18 
 
 
730 aa  770    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00842263  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0275  excinuclease ABC subunit B  57.1 
 
 
728 aa  761    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.249968 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5867  excinuclease ABC subunit B  77.17 
 
 
707 aa  1087    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3001  excinuclease ABC subunit B  53.11 
 
 
719 aa  748    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2963  excinuclease ABC subunit B  61.78 
 
 
669 aa  845    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000919416  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2132  excinuclease ABC subunit B  58.46 
 
 
928 aa  792    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0300  excinuclease ABC subunit B  55.89 
 
 
659 aa  766    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0295  excinuclease ABC subunit B  56.02 
 
 
659 aa  766    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.837943  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1617  excinuclease ABC subunit B  63.72 
 
 
677 aa  868    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2678  excinuclease ABC subunit B  55.92 
 
 
677 aa  765    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.292307 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2061  excinuclease ABC subunit B  65.07 
 
 
673 aa  884    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000836148  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1914  excinuclease ABC subunit B  65.22 
 
 
673 aa  885    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00112158  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1088  excinuclease ABC subunit B  65.51 
 
 
675 aa  895    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2170  excinuclease ABC subunit B  63.27 
 
 
673 aa  868    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00276805  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0251  excinuclease ABC subunit B  58.33 
 
 
665 aa  785    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00546906  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2160  excinuclease ABC subunit B  54.51 
 
 
721 aa  766    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2248  excinuclease ABC subunit B  78.2 
 
 
696 aa  1097    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23510  excinuclease ABC subunit B  66.37 
 
 
670 aa  898    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00672603 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0583  excinuclease ABC subunit B  52.46 
 
 
692 aa  751    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0372  excinuclease ABC subunit B  55.05 
 
 
673 aa  751    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1318  excinuclease ABC subunit B  54.42 
 
 
671 aa  759    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000791691  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0392  excinuclease ABC subunit B  53.61 
 
 
669 aa  725    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1457  excinuclease ABC subunit B  55.64 
 
 
668 aa  764    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.174778  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2070  excinuclease ABC subunit B  53.83 
 
 
693 aa  734    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.12882  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2210  excinuclease ABC subunit B  77.17 
 
 
707 aa  1087    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0801  excinuclease ABC subunit B  59.21 
 
 
691 aa  797    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.177675 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0699  excinuclease ABC subunit B  59.56 
 
 
675 aa  800    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301254  normal  0.648791 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2166  excinuclease ABC subunit B  65.07 
 
 
673 aa  884    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000274119  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3485  excinuclease ABC subunit B  55.87 
 
 
701 aa  778    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1308  excinuclease ABC subunit B  57.69 
 
 
741 aa  767    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.948841  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1588  excinuclease ABC subunit B  57.53 
 
 
741 aa  764    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.359907  normal  0.0204454 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1828  excinuclease ABC subunit B  64.13 
 
 
672 aa  872    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00277406  normal  0.439002 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3047  excinuclease ABC subunit B  53.11 
 
 
719 aa  748    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>