More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2162 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A4118  glycogen branching enzyme  54.32 
 
 
727 aa  668    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.595644 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03284  glycogen branching enzyme  53.35 
 
 
728 aa  665    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0237204  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0282  1,4-alpha-glucan branching enzyme  53.35 
 
 
728 aa  665    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.890555  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3960  1,4-alpha-glucan branching protein  51.08 
 
 
763 aa  676    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.169565  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1104  1,4-alpha-glucan branching enzyme  55.52 
 
 
729 aa  690    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4058  glycogen branching enzyme  55.5 
 
 
736 aa  705    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06101  glycogen branching enzyme  48.14 
 
 
754 aa  647    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1475  glycogen branching enzyme  54.63 
 
 
740 aa  675    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0239  glycogen branching enzyme  54.82 
 
 
775 aa  662    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0137851  normal  0.599627 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4006  glycogen branching enzyme  54.16 
 
 
727 aa  665    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3840  glycogen branching enzyme  53.67 
 
 
728 aa  662    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.933712 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1494  glycogen branching enzyme  51.05 
 
 
746 aa  645    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2762  1,4-alpha-glucan branching enzyme  54.97 
 
 
741 aa  686    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.184347  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2740  glycogen branching enzyme  54.18 
 
 
736 aa  649    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.296268  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6323  glycogen branching enzyme  53.25 
 
 
712 aa  657    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0125562  normal  0.86015 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1785  glycogen branching enzyme  55.5 
 
 
736 aa  706    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.146996  normal  0.282857 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1133  glycogen branching enzyme  56.11 
 
 
725 aa  685    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2491  glycogen branching enzyme  54.49 
 
 
741 aa  683    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00781855  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0280  glycogen branching enzyme  53.35 
 
 
728 aa  665    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.388281  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0582  glycogen branching enzyme  53.67 
 
 
749 aa  673    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0020  glycogen branching enzyme  49.69 
 
 
755 aa  662    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.663134  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4229  glycogen branching enzyme  54.97 
 
 
750 aa  668    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18371  glycogen branching enzyme  48.92 
 
 
756 aa  645    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.801014 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2058  glycogen branching enzyme  51.44 
 
 
740 aa  643    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0222807  normal  0.370562 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1434  1,4-alpha-glucan branching enzyme  53.76 
 
 
631 aa  680    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.944975  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1207  glycogen branching enzyme  54.05 
 
 
716 aa  694    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3911  glycogen branching enzyme  53.35 
 
 
728 aa  665    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4616  glycogen branching enzyme  51.24 
 
 
764 aa  682    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.490681 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4647  glycogen branching enzyme  53.37 
 
 
728 aa  663    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.616835 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0904  glycogen branching enzyme  53.93 
 
 
749 aa  690    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.294253  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2536  glycogen branching enzyme  54.44 
 
 
743 aa  690    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.507075 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1248  glycogen branching enzyme  50.56 
 
 
745 aa  640    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2448  glycogen branching enzyme  58.25 
 
 
728 aa  731    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0147  glycogen branching enzyme  54.32 
 
 
727 aa  668    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0919  glycogen branching enzyme  50.77 
 
 
764 aa  659    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.144042  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1018  glycogen branching enzyme  49.85 
 
 
765 aa  648    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.650452  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1105  glycogen branching enzyme  54.97 
 
 
748 aa  680    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.545328  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10681  glycogen branching enzyme  48.84 
 
 
759 aa  643    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.134433  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0511  glycogen branching enzyme  51.05 
 
 
726 aa  657    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.971764  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11358  glycogen branching enzyme  53.38 
 
 
731 aa  664    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000136152  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0584  glycogen branching enzyme  47.98 
 
 
754 aa  644    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1085  glycogen branching enzyme  52.31 
 
 
774 aa  696    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000217496 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0717  glycogen branching enzyme  53.92 
 
 
746 aa  675    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0999  glycogen branching enzyme  54.4 
 
 
640 aa  653    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.970102  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2024  glycogen branching enzyme  72.96 
 
 
677 aa  952    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136929  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1331  glycogen branching enzyme  51.59 
 
 
743 aa  651    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2576  glycogen branching enzyme  57.26 
 
 
740 aa  722    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.894399  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1111  glycogen branching enzyme  58.58 
 
 
728 aa  733    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.827586  normal  0.454122 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1321  glycogen branching enzyme  51.59 
 
 
743 aa  651    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.975501  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06401  glycogen branching enzyme  48.29 
 
 
754 aa  647    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.556362  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3681  glycogen branching enzyme  54.25 
 
 
812 aa  674    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.024212  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2293  glycogen branching enzyme  53.56 
 
 
712 aa  660    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.467117  hitchhiker  0.000028583 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1882  glycogen branching enzyme  54.78 
 
 
716 aa  683    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.655867  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1658  glycogen branching enzyme  54.97 
 
 
721 aa  662    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0104457  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3113  glycogen branching enzyme  53.21 
 
 
638 aa  657    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2162  glycogen branching enzyme  100 
 
 
625 aa  1291    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.750455  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0987  glycogen branching enzyme  56.27 
 
 
729 aa  734    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0160232 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06401  glycogen branching enzyme  49.69 
 
 
755 aa  662    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.636304  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3680  glycogen branching enzyme  54.86 
 
 
716 aa  676    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1367  glycogen branching enzyme  53.61 
 
 
725 aa  670    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2863  glycogen branching enzyme  55.52 
 
 
736 aa  659    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3484  glycogen branching enzyme  55.38 
 
 
716 aa  693    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1265  glycogen branching enzyme  58.97 
 
 
642 aa  738    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.24267  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1464  glycogen branching enzyme  54.55 
 
 
716 aa  679    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3070  1,4-alpha-glucan branching enzyme  64.74 
 
 
1217 aa  803    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.34783  normal  0.34128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3657  glycogen branching enzyme  55.02 
 
 
736 aa  701    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0888692  normal  0.0129978 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3861  glycogen branching enzyme  51.04 
 
 
759 aa  646    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0316  glycogen branching enzyme  59.58 
 
 
722 aa  754    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1636  glycogen branching enzyme  51.06 
 
 
729 aa  645    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3847  glycogen branching enzyme  51.36 
 
 
759 aa  650    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0235209 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1453  1,4-alpha-glucan branching enzyme  51.53 
 
 
626 aa  642    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2677  glycogen branching enzyme  56.84 
 
 
738 aa  721    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.810703  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1783  glycogen branching enzyme  58.41 
 
 
728 aa  733    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0117  glycogen branching enzyme  51.43 
 
 
729 aa  642    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3153  glycogen branching enzyme  56.54 
 
 
732 aa  697    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.252202  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2745  glycogen branching enzyme  57.65 
 
 
634 aa  746    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.225912  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1049  glycogen branching enzyme  54.11 
 
 
755 aa  661    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.145385  normal  0.795016 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1837  glycogen branching enzyme  48.3 
 
 
776 aa  644    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1357  glycogen branching enzyme  51.59 
 
 
743 aa  651    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.513069 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1316  1,4-alpha-glucan branching enzyme  53.53 
 
 
728 aa  701    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0958  glycogen branching enzyme  54.24 
 
 
695 aa  670    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.32011 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2165  glycogen branching enzyme  50.32 
 
 
744 aa  636    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0542  1,4-alpha-glucan branching enzyme  54.56 
 
 
732 aa  701    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.217591  normal  0.258391 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06491  glycogen branching enzyme  47.36 
 
 
754 aa  643    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.930927  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36710  glycogen branching enzyme  57.03 
 
 
732 aa  698    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.633943 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2343  glycogen branching enzyme  51.28 
 
 
741 aa  651    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.146745 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0739  glycogen branching enzyme  53.77 
 
 
1224 aa  685    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.345275  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3714  glycogen branching enzyme  53.51 
 
 
728 aa  666    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.470927  normal  0.781278 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3632  glycogen branching enzyme  53.35 
 
 
728 aa  665    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3451  glycogen branching enzyme  62.14 
 
 
642 aa  788    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000151331 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1392  glycogen branching enzyme  53.28 
 
 
723 aa  658    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1518  glycogen branching enzyme  55.2 
 
 
728 aa  676    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.39818 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1817  glycogen branching enzyme  54.7 
 
 
736 aa  701    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.297047 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0676  glycogen branching enzyme  52.57 
 
 
727 aa  675    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.214818  normal  0.407177 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2191  1,4-alpha-glucan branching enzyme  52.64 
 
 
737 aa  703    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4428  glycogen branching enzyme  54.12 
 
 
731 aa  690    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1806  glycogen branching enzyme  54.11 
 
 
749 aa  664    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2714  1,4-alpha-glucan branching enzyme  58.95 
 
 
784 aa  733    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3935  glycogen branching enzyme  51.04 
 
 
759 aa  646    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.277318 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1294  1,4-alpha-glucan branching enzyme  53.65 
 
 
732 aa  664    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>