209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2077 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2077  coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 
310 aa  643    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.727472  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1970  coproporphyrinogen III oxidase  76.33 
 
 
308 aa  481  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1730  coproporphyrinogen III oxidase  73.94 
 
 
307 aa  480  1e-134  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.918171 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1705  coproporphyrinogen III oxidase  70.28 
 
 
339 aa  458  9.999999999999999e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0573078  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1900  coproporphyrinogen III oxidase  71.07 
 
 
334 aa  457  9.999999999999999e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.646946  normal  0.321427 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2685  Coproporphyrinogen oxidase  71.81 
 
 
305 aa  457  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0507108  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3201  coproporphyrinogen III oxidase  71.62 
 
 
323 aa  449  1e-125  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.182007  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1339  coproporphyrinogen III oxidase  70.67 
 
 
306 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4240  coproporphyrinogen III oxidase  69.67 
 
 
323 aa  433  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.723108  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3523  coproporphyrinogen III oxidase  61.58 
 
 
354 aa  423  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.42792  normal  0.0263858 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2390  coproporphyrinogen III oxidase  68 
 
 
302 aa  422  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.967494  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1951  coproporphyrinogen III oxidase  66.89 
 
 
315 aa  422  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0783  coproporphyrinogen III oxidase  67.67 
 
 
303 aa  419  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00696662  normal  0.252663 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1990  coproporphyrinogen III oxidase  68 
 
 
302 aa  420  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0815567  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2192  coproporphyrinogen III oxidase  68 
 
 
302 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2524  coproporphyrinogen III oxidase  67.67 
 
 
303 aa  415  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1684  coproporphyrinogen III oxidase  68.01 
 
 
323 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.254442  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2296  coproporphyrinogen III oxidase  68.01 
 
 
323 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.643346  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2066  coproporphyrinogen III oxidase  64.5 
 
 
310 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.87254  normal  0.434562 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1886  coproporphyrinogen III oxidase  67 
 
 
307 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.668105  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1383  coproporphyrinogen III oxidase  67 
 
 
326 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.461453  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5623  coproporphyrinogen III oxidase  67 
 
 
307 aa  410  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1013  coproporphyrinogen III oxidase  67.34 
 
 
326 aa  409  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2319  coproporphyrinogen III oxidase  67 
 
 
307 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.936275 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2334  coproporphyrinogen III oxidase  67.68 
 
 
306 aa  408  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.193122  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1073  coproporphyrinogen III oxidase  67 
 
 
307 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.828058  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0794  coproporphyrinogen III oxidase  67 
 
 
307 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1229  coproporphyrinogen III oxidase  67 
 
 
307 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1238  coproporphyrinogen III oxidase  67 
 
 
307 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0356  coproporphyrinogen III oxidase  67 
 
 
307 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.791354  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0982  coproporphyrinogen III oxidase  67.34 
 
 
307 aa  410  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0313583  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2213  coproporphyrinogen III oxidase  67 
 
 
306 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3261  coproporphyrinogen III oxidase  63.04 
 
 
307 aa  401  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.77176  normal  0.974311 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1299  coproporphyrinogen III oxidase  63.7 
 
 
307 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0514179 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0346  coproporphyrinogen III oxidase  64.43 
 
 
302 aa  397  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2461  coproporphyrinogen III oxidase  61.89 
 
 
303 aa  388  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2092  Coproporphyrinogen oxidase  60.4 
 
 
313 aa  374  1e-103  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0593493  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0037  coproporphyrinogen III oxidase  60.4 
 
 
323 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.430398  hitchhiker  0.000152839 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0135  coproporphyrinogen III oxidase  59.87 
 
 
299 aa  377  1e-103  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0025  coproporphyrinogen III oxidase  58.88 
 
 
303 aa  376  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0038  coproporphyrinogen III oxidase  60.4 
 
 
302 aa  372  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3669  coproporphyrinogen III oxidase  58.86 
 
 
298 aa  371  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0033  coproporphyrinogen III oxidase  60.4 
 
 
302 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0757  coproporphyrinogen III oxidase  60.47 
 
 
310 aa  371  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0993  coproporphyrinogen III oxidase  60.47 
 
 
310 aa  373  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0035  coproporphyrinogen III oxidase  60.54 
 
 
302 aa  372  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.132201  hitchhiker  0.00964681 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0033  coproporphyrinogen III oxidase  60.54 
 
 
302 aa  372  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.011595 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0041  coproporphyrinogen III oxidase  60.54 
 
 
302 aa  372  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0219573  hitchhiker  0.00000553459 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0038  coproporphyrinogen III oxidase  60.4 
 
 
302 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.893663  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0037  coproporphyrinogen III oxidase  60.07 
 
 
302 aa  371  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000149114 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3729  coproporphyrinogen III oxidase  60.07 
 
 
303 aa  372  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.186137  hitchhiker  0.00821912 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2279  Coproporphyrinogen oxidase  61.41 
 
 
309 aa  372  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.591559  normal  0.0202052 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0030  coproporphyrinogen III oxidase  60.4 
 
 
302 aa  372  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.378098  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0116  coproporphyrinogen III oxidase  60.67 
 
 
304 aa  369  1e-101  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.998466  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0050  coproporphyrinogen III oxidase  58.17 
 
 
304 aa  369  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.646189  normal  0.257858 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3211  Coproporphyrinogen oxidase  59.42 
 
 
311 aa  366  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0047  coproporphyrinogen III oxidase  60 
 
 
308 aa  365  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0616  coproporphyrinogen III oxidase  58.9 
 
 
310 aa  366  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2696  coproporphyrinogen III oxidase  57.67 
 
 
333 aa  361  7.0000000000000005e-99  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0480626  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2722  coproporphyrinogen III oxidase  59.26 
 
 
299 aa  360  1e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2957  coproporphyrinogen III oxidase  58.14 
 
 
299 aa  360  1e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.929595 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02336  coproporphyrinogen III oxidase  59.26 
 
 
299 aa  360  2e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02298  hypothetical protein  59.26 
 
 
299 aa  360  2e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2596  coproporphyrinogen III oxidase  58.59 
 
 
299 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2645  coproporphyrinogen III oxidase  58.59 
 
 
299 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2817  coproporphyrinogen III oxidase  58.59 
 
 
299 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.56731  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2687  coproporphyrinogen III oxidase  59.26 
 
 
299 aa  359  3e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143173  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3290  Coproporphyrinogen oxidase  58.82 
 
 
312 aa  359  3e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2591  coproporphyrinogen III oxidase  58.92 
 
 
299 aa  359  4e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1225  Coproporphyrinogen oxidase  58.92 
 
 
299 aa  358  5e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1243  coproporphyrinogen III oxidase  58.92 
 
 
299 aa  358  5e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2573  coproporphyrinogen III oxidase  58.92 
 
 
299 aa  358  5e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2711  coproporphyrinogen III oxidase  58.59 
 
 
299 aa  358  7e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2808  coproporphyrinogen III oxidase  58.92 
 
 
299 aa  358  7e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0024  coproporphyrinogen III oxidase  57.89 
 
 
304 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0038  coproporphyrinogen III oxidase  57.72 
 
 
304 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.381478  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0060  coproporphyrinogen III oxidase  58.8 
 
 
304 aa  356  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0045  coproporphyrinogen III oxidase  57.53 
 
 
306 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.253632 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0030  coproporphyrinogen III oxidase  57.14 
 
 
305 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000103554  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00383  coproporphyrinogen III oxidase  57.72 
 
 
305 aa  355  3.9999999999999996e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0170  coproporphyrinogen III oxidase, aerobic  57.89 
 
 
304 aa  354  8.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1223  coproporphyrinogen III oxidase  56.33 
 
 
309 aa  353  1e-96  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2791  coproporphyrinogen III oxidase  59 
 
 
304 aa  353  2e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0022  coproporphyrinogen III oxidase  57.24 
 
 
304 aa  352  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0449808  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3464  coproporphyrinogen III oxidase  58.39 
 
 
306 aa  353  2.9999999999999997e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3666  coproporphyrinogen III oxidase  58.25 
 
 
299 aa  352  4e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.936359  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0030  coproporphyrinogen III oxidase  55.95 
 
 
310 aa  352  5e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.210418  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00028  coproporphyrinogen III oxidase  59.52 
 
 
310 aa  352  5.9999999999999994e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.14394  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0042  coproporphyrinogen III oxidase  56.81 
 
 
306 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0059194  normal  0.559288 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1223  coproporphyrinogen III oxidase  56.33 
 
 
311 aa  351  8e-96  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002066  coproporphyrinogen III oxidase aerobic  57.05 
 
 
305 aa  350  1e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.358636  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2465  coproporphyrinogen III oxidase  57.53 
 
 
305 aa  350  2e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00683566  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2863  coproporphyrinogen III oxidase  58.61 
 
 
307 aa  350  2e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2824  coproporphyrinogen III oxidase  56.86 
 
 
317 aa  349  4e-95  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000193561  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1441  coproporphyrinogen III oxidase  58.47 
 
 
302 aa  348  5e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.545118  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0073  coproporphyrinogen III oxidase  57.57 
 
 
303 aa  347  1e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.188544  hitchhiker  0.000371882 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0089  coproporphyrinogen III oxidase  57.24 
 
 
303 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00220  coproporphyrinogen III oxidase  57.67 
 
 
309 aa  346  2e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.333342  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0029  coproporphyrinogen III oxidase  57.33 
 
 
307 aa  347  2e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0089  coproporphyrinogen III oxidase  57.24 
 
 
303 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.554189  hitchhiker  0.0000000000135583 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>