More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1754 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1754  Beta-N-acetylhexosaminidase  100 
 
 
364 aa  738    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3630  glycoside hydrolase family protein  77.2 
 
 
352 aa  566  1e-160  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3056  glycoside hydrolase family 3 protein  75.82 
 
 
352 aa  560  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2614  Beta-N-acetylhexosaminidase  74.05 
 
 
369 aa  548  1e-155  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3261  Beta-N-acetylhexosaminidase  74.05 
 
 
369 aa  548  1e-155  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0432032 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5256  Beta-N-acetylhexosaminidase  69.75 
 
 
363 aa  512  1e-144  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.973302  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0593  Beta-N-acetylhexosaminidase  67.4 
 
 
367 aa  493  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0144455 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2346  Beta-N-acetylhexosaminidase  68.8 
 
 
361 aa  490  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1200  holo-acyl-carrier-protein synthase  66.58 
 
 
543 aa  481  1e-135  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.174413  decreased coverage  0.00601757 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0655  glycosy hydrolase family protein  68.51 
 
 
347 aa  471  1e-132  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.448002  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1407  glycoside hydrolase family 3 domain protein  66.29 
 
 
368 aa  449  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1019  beta-hexosaminidase  56.91 
 
 
342 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1090  beta-hexosaminidase  54.19 
 
 
342 aa  385  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2774  beta-hexosaminidase  55.87 
 
 
342 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0548  beta-hexosaminidase  55.87 
 
 
342 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2889  beta-hexosaminidase  55.87 
 
 
342 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4251  beta-hexosaminidase  56.63 
 
 
342 aa  384  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2820  beta-hexosaminidase  55.87 
 
 
342 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.24602  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1784  beta-hexosaminidase  55.87 
 
 
342 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.131771  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0418  Beta-N-acetylhexosaminidase  56.94 
 
 
357 aa  382  1e-105  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2413  beta-hexosaminidase  56.15 
 
 
349 aa  381  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.096401 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0659  beta-hexosaminidase  56.63 
 
 
342 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2835  beta-hexosaminidase  55.87 
 
 
342 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261076  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1015  beta-hexosaminidase  56.91 
 
 
342 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.791894  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1139  beta-hexosaminidase  56.63 
 
 
342 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2461  beta-hexosaminidase  55.87 
 
 
342 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2247  beta-hexosaminidase  56.7 
 
 
349 aa  379  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0411  glycoside hydrolase family 3 protein  55.71 
 
 
357 aa  379  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2165  beta-hexosaminidase  58.01 
 
 
342 aa  380  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.424583 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1097  beta-hexosaminidase  56.35 
 
 
342 aa  381  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2894  beta-hexosaminidase  54.19 
 
 
342 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.0758601 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0933  beta-hexosaminidase  63.23 
 
 
349 aa  373  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0408142  normal  0.050021 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0998  beta-hexosaminidase  63.23 
 
 
349 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1068  beta-hexosaminidase  55.49 
 
 
350 aa  365  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0051556  normal  0.100642 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1735  beta-hexosaminidase  55.87 
 
 
342 aa  367  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0532306  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0846  beta-hexosaminidase  54.75 
 
 
343 aa  362  4e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0495446  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1761  beta-hexosaminidase  56.19 
 
 
349 aa  320  3e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1845  beta-hexosaminidase  53.67 
 
 
349 aa  315  6e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0159028  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0727  beta-hexosaminidase  55.67 
 
 
359 aa  315  9.999999999999999e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2034  beta-hexosaminidase  49.3 
 
 
339 aa  300  2e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.362016  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2307  beta-hexosaminidase  49.43 
 
 
381 aa  300  2e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0826435  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1243  Beta-N-acetylhexosaminidase  52.2 
 
 
347 aa  288  8e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1398  glycoside hydrolase family 3 domain protein  50.17 
 
 
362 aa  284  1.0000000000000001e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3870  beta-hexosaminidase  49.66 
 
 
336 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2145  beta-hexosaminidase  51.03 
 
 
336 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0879148 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3507  beta-hexosaminidase  51.72 
 
 
336 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2183  glycoside hydrolase family protein  52.56 
 
 
341 aa  281  1e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3281  beta-hexosaminidase  51.38 
 
 
336 aa  281  2e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1790  glycosyl hydrolase  47.67 
 
 
344 aa  280  4e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0298414  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1662  beta-hexosaminidase  50 
 
 
336 aa  278  8e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.370939  normal  0.723702 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3597  beta-hexosaminidase  50.69 
 
 
336 aa  278  8e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.656661  normal  0.548595 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1590  beta-hexosaminidase  52.19 
 
 
336 aa  278  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.800701 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1686  beta-hexosaminidase  50.69 
 
 
336 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.737297  normal  0.0730175 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25195  beta-hexosaminidase  50.34 
 
 
332 aa  276  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1945  beta-hexosaminidase  50.34 
 
 
337 aa  276  4e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2250  beta-hexosaminidase  50.68 
 
 
342 aa  276  6e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1539  beta-hexosaminidase  49.5 
 
 
355 aa  276  6e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00107932  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1807  beta-hexosaminidase  50.5 
 
 
337 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532513  normal  0.0404034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2154  beta-hexosaminidase  49.17 
 
 
356 aa  273  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.659328  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2401  beta-hexosaminidase  48.67 
 
 
341 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1626  beta-hexosaminidase  50.67 
 
 
333 aa  272  6e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000974733  normal  0.195617 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1754  beta-N-acetylhexosaminidase  51.02 
 
 
347 aa  272  8.000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1726  beta-hexosaminidase  50.34 
 
 
342 aa  271  9e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.153905 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2293  beta-hexosaminidase  50.34 
 
 
342 aa  271  9e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.610564  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2170  beta-hexosaminidase  50.34 
 
 
342 aa  270  4e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1805  beta-hexosaminidase  50 
 
 
342 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1296  glycoside hydrolase family protein  47.83 
 
 
357 aa  266  4e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2837  beta-hexosaminidase  47.99 
 
 
333 aa  265  1e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0312091  hitchhiker  0.000147131 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14540  beta-hexosaminidase  50.87 
 
 
327 aa  265  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1261  Beta-N-acetylhexosaminidase  47.17 
 
 
346 aa  261  1e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0281  beta-hexosaminidase  48.62 
 
 
360 aa  261  2e-68  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.929457  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0308  beta-hexosaminidase  48.28 
 
 
360 aa  261  2e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.446956  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1984  beta-hexosaminidase  47.64 
 
 
334 aa  257  2e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.132331  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0314  beta-hexosaminidase  46.31 
 
 
356 aa  256  3e-67  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000877507  hitchhiker  0.00197182 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1987  glycoside hydrolase family 3 protein  47.28 
 
 
337 aa  254  2.0000000000000002e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.564603  normal  0.428635 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1179  beta-hexosaminidase  44.3 
 
 
313 aa  254  2.0000000000000002e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00210954  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1637  beta-hexosaminidase  46.44 
 
 
365 aa  250  3e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0105017  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2523  beta-hexosaminidase  49.66 
 
 
342 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.352424  normal  0.669465 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2416  beta-hexosaminidase  49.66 
 
 
342 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0853  beta-hexosaminidase  43.65 
 
 
313 aa  249  5e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000457661  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2405  beta-hexosaminidase  49.66 
 
 
342 aa  248  8e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.842865  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1943  beta-hexosaminidase  49.32 
 
 
342 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.531769  normal  0.491355 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1622  beta-hexosaminidase  43.06 
 
 
337 aa  248  1e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.2238  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02440  beta-hexosaminidase  43.8 
 
 
340 aa  248  2e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1327  Beta-N-acetylhexosaminidase  48.48 
 
 
348 aa  246  3e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0497854  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1326  beta-hexosaminidase  49.15 
 
 
341 aa  246  4e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.252939 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2794  beta-hexosaminidase  44.48 
 
 
342 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1229  beta-hexosaminidase  44.07 
 
 
341 aa  245  6.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000622374  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01103  beta-hexosaminidase  44.07 
 
 
341 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2540  glycoside hydrolase family 3 domain protein  44.07 
 
 
341 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0100347  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2494  beta-hexosaminidase  44.07 
 
 
341 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.566967  hitchhiker  0.00000031052 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1230  beta-hexosaminidase  44.07 
 
 
341 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.644822  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01111  hypothetical protein  44.07 
 
 
341 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1606  beta-hexosaminidase  46.1 
 
 
348 aa  245  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.632419  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1487  beta-hexosaminidase  44.07 
 
 
341 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0018641 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2488  beta-hexosaminidase  43.83 
 
 
342 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.245916  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2019  beta-hexosaminidase  44.07 
 
 
341 aa  243  3e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.760849  hitchhiker  0.0000464707 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1700  beta-hexosaminidase  43.88 
 
 
343 aa  243  5e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1592  beta-hexosaminidase  43.88 
 
 
343 aa  243  5e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.541862  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2216  beta-hexosaminidase  44.07 
 
 
341 aa  243  5e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.350801  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>