More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1657 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1657  tetratricopeptide TPR_4  100 
 
 
587 aa  1170    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0902  tetratricopeptide domain-containing protein  59.75 
 
 
625 aa  629  1e-179  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.285036  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1296  tetratricopeptide TPR_4  60 
 
 
594 aa  609  1e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.251517 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4342  Tetratricopeptide domain protein  56.65 
 
 
616 aa  593  1e-168  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118826  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0898  TPR repeat-containing protein  52.4 
 
 
599 aa  563  1.0000000000000001e-159  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0827  TPR repeat-containing protein  54.9 
 
 
574 aa  559  1e-158  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0963387  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3607  TPR repeat-containing protein  55.25 
 
 
584 aa  557  1e-157  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.277474 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0954  TPR repeat-containing protein  52.17 
 
 
595 aa  545  1e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5430  tetratricopeptide TPR_4  47.48 
 
 
595 aa  478  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3232  hypothetical protein  49.04 
 
 
609 aa  462  1e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0129967  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3495  tetratricopeptide TPR_4  45.19 
 
 
620 aa  439  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000742446 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0588  TPR repeat-containing protein  36.94 
 
 
613 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.498138  decreased coverage  0.00128079 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0318  TPR repeat-containing protein  37.04 
 
 
613 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0135252  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4130  hypothetical protein  36.77 
 
 
613 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.533551  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6129  TPR repeat-containing protein  36.26 
 
 
607 aa  294  3e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00611296  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2810  TPR repeat-containing protein  34.94 
 
 
607 aa  293  5e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2799  TPR repeat-containing protein  34.94 
 
 
607 aa  293  5e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414914  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2185  tetratricopeptide TPR_2  34.94 
 
 
607 aa  293  5e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2859  TPR repeat-containing protein  34.6 
 
 
607 aa  290  6e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504005  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2717  TPR repeat-containing protein  34.6 
 
 
607 aa  290  6e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0254637  normal  0.13639 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0478  TPR domain-containing protein  36.56 
 
 
606 aa  288  1e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0589  TPR repeat-containing protein  36.56 
 
 
606 aa  288  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0397506  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3116  TPR domain-containing protein  36.56 
 
 
606 aa  288  2e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.56398  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0757  hypothetical protein  36.56 
 
 
606 aa  288  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0573  TPR repeat-containing protein  36.56 
 
 
606 aa  288  2e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.054966  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1506  TPR domain-containing protein  36.56 
 
 
606 aa  288  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000406366  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0084  TPR domain-containing protein  36.56 
 
 
606 aa  288  2e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2934  TPR domain-containing protein  36.56 
 
 
606 aa  288  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152208  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0292  hypothetical protein  35.46 
 
 
635 aa  287  4e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0516  TPR repeat-containing protein  36.26 
 
 
607 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.199101  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0345  TPR repeat-containing protein  35.53 
 
 
616 aa  267  5e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.856106  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0384  TPR repeat-containing protein  38.42 
 
 
592 aa  263  6e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.315529  normal  0.0233306 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0681  tetratricopeptide TPR_2  32.08 
 
 
562 aa  261  3e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3624  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  37.11 
 
 
571 aa  259  7e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0586  hypothetical protein  32.19 
 
 
573 aa  245  1.9999999999999999e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0398  hypothetical protein  33.33 
 
 
642 aa  241  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000413464  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0280  Tetratricopeptide domain protein  31.54 
 
 
645 aa  241  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0253  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.18 
 
 
645 aa  238  3e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3727  TPR repeat-containing protein  31.59 
 
 
572 aa  236  1.0000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.239991 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0511  TPR repeat-containing protein  31.38 
 
 
581 aa  226  8e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0280  tetratricopeptide TPR_4  29.24 
 
 
584 aa  186  1.0000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0759  TPR repeat-containing protein  29.64 
 
 
573 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.449417  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0725  TPR domain-containing protein  29.46 
 
 
573 aa  183  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883173  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0769  TPR repeat-containing protein  29.12 
 
 
573 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4750  hypothetical protein  28.57 
 
 
574 aa  177  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.447535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5316  hypothetical protein  34.15 
 
 
575 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.348635  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4458  TPR repeat-containing protein  34.87 
 
 
573 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1107  TPR domain protein  29.78 
 
 
575 aa  172  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0947  TPR repeat-containing protein  29.17 
 
 
556 aa  171  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1053  TPR domain-containing protein  27.64 
 
 
586 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.038306  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1058  TPR repeat-containing protein  27.29 
 
 
575 aa  164  6e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.364915  normal  0.506531 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41490  hypothetical protein  29 
 
 
520 aa  159  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.510625  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0524  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.89 
 
 
574 aa  158  3e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1918  outer membrane lipoprotein LolB  45.88 
 
 
494 aa  153  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2382  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.25 
 
 
553 aa  153  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.407653 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3253  TPR domain-containing protein  34.28 
 
 
591 aa  153  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000563369  normal  0.0756352 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2762  TPR domain protein  28.25 
 
 
603 aa  153  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1623  outer membrane lipoprotein LolB  47.34 
 
 
495 aa  148  3e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.84859  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0817  TPR repeat-containing protein  29.19 
 
 
594 aa  141  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.02661  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2362  TPR repeat-containing protein  29.94 
 
 
585 aa  125  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1165  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.69 
 
 
574 aa  125  2e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96712  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0992  TPR repeat-containing protein  35.68 
 
 
464 aa  122  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.37346  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3601  TPR repeat-containing protein  26.74 
 
 
603 aa  120  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.36082  normal  0.484683 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0723  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.47 
 
 
564 aa  112  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.686717  normal  0.618233 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1527  tetratricopeptide TPR_4  34.55 
 
 
619 aa  111  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.80343  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0074  TPR repeat-containing protein  28.05 
 
 
567 aa  104  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00635622 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0857  TPR repeat-containing protein  30.86 
 
 
572 aa  101  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6877  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04546  tetratricopeptide repeat family  30.77 
 
 
551 aa  99.8  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0457  TPR repeat-containing protein  33 
 
 
607 aa  99  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0942  hypothetical protein  29.41 
 
 
619 aa  99  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1550  TPR repeat-containing protein  24.83 
 
 
562 aa  99  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.119519  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3217  tetratricopeptide TPR_2  29.55 
 
 
593 aa  97.4  7e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.7268  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0566  TPR repeat-containing protein  30.04 
 
 
610 aa  95.9  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0522  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.47 
 
 
610 aa  96.3  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133163  normal  0.433558 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2210  hypothetical protein  30.36 
 
 
559 aa  95.9  2e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0162146  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2121  TPR repeat-containing protein  30.36 
 
 
559 aa  95.5  3e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000963892  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1117  TPR repeat-containing protein  28.12 
 
 
585 aa  95.1  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.573354 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2594  TPR repeat-containing protein  28.85 
 
 
617 aa  94.4  5e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.390942 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.83 
 
 
557 aa  94.4  5e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0712  tetratricopeptide TPR_2  31.2 
 
 
677 aa  93.6  9e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2347  hypothetical protein  28.46 
 
 
583 aa  93.2  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.396725  normal  0.172568 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1444  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.12 
 
 
581 aa  93.2  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0231382  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4603  TPR repeat-containing protein  33.83 
 
 
722 aa  92.4  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.524488 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0720  TPR repeat-containing protein  33.64 
 
 
595 aa  92.4  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.537549  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1382  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
579 aa  90.9  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.18968  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1085  TPR repeat-containing protein  29.17 
 
 
592 aa  90.5  8e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0520  TPR repeat-containing protein  30.84 
 
 
621 aa  90.1  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4357  tetratricopeptide TPR_2  28.77 
 
 
593 aa  90.1  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0312227  normal  0.0147446 
 
 
-
 
NC_004310  BR0402  TPR domain-containing protein  34.21 
 
 
621 aa  89  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0411  TPR domain-containing protein  34.21 
 
 
621 aa  89  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0673088  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1233  intermediate filament protein  24.62 
 
 
573 aa  88.6  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.190296 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0264  TPR repeat-containing protein  34.19 
 
 
599 aa  88.6  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.907544  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2475  peptidoglycan-binding LysM  33.77 
 
 
632 aa  87.8  5e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00625277  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1230  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.97 
 
 
594 aa  87.4  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1212  tetratricopeptide TPR_2  28.5 
 
 
592 aa  86.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0425  TPR repeat-containing protein  28.52 
 
 
566 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1778  TPR domain-containing protein  28.52 
 
 
425 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.128909  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0424  TPR repeat-containing protein  31.47 
 
 
642 aa  85.5  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2048  TPR repeat-containing protein  23.54 
 
 
573 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.732994  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0391  TPR repeat-containing protein  26.23 
 
 
606 aa  85.9  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000447314  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>