More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1348 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1348  tetratricopeptide TPR_2  100 
 
 
344 aa  692    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1882  hypothetical protein  44.01 
 
 
373 aa  259  3e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2866  tetratricopeptide TPR_2  69.78 
 
 
215 aa  256  5e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1903  TPR repeat-containing protein  42.64 
 
 
319 aa  239  5e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4440  TPR repeat-containing protein  67.4 
 
 
393 aa  234  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0499  tetratricopeptide TPR_2  42.6 
 
 
345 aa  230  3e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00865356  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2319  TPR repeat-containing protein  73.15 
 
 
366 aa  228  9e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.147591  hitchhiker  0.000323914 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3091  TPR repeat-containing protein  61.45 
 
 
196 aa  214  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0918  TPR repeat-containing protein  59.77 
 
 
387 aa  208  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.470673  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2894  TPR repeat-containing protein  67.13 
 
 
188 aa  204  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0171809 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2092  TPR repeat-containing protein  63.64 
 
 
190 aa  191  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2506  TPR repeat-containing protein  60.93 
 
 
219 aa  189  5.999999999999999e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.958225 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1622  TPR repeat-containing protein  63.76 
 
 
190 aa  188  1e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0708  TPR repeat-containing protein  61.9 
 
 
178 aa  184  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2083  TPR repeat-containing protein  57.67 
 
 
460 aa  176  5e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0551673 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1625  hypothetical protein  47.18 
 
 
218 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.277595 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2511  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  46.09 
 
 
254 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00503968  hitchhiker  0.000246366 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1391  TPR repeat-containing protein  46.09 
 
 
298 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0107304 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2114  TPR repeat-containing protein  38.12 
 
 
251 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5385  TPR repeat-containing protein  36.99 
 
 
251 aa  119  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.493574  normal  0.361812 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1984  TPR repeat-containing protein  38.12 
 
 
221 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.758199  normal  0.548252 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2098  TPR repeat-containing protein  38.12 
 
 
221 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.359765  normal  0.445544 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2079  TPR repeat-containing protein  37.5 
 
 
251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.592897  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5998  tetratricopeptide TPR_2  37.5 
 
 
251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1202  TPR repeat-containing protein  39.73 
 
 
251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0896861 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1940  TPR domain-containing protein  41.86 
 
 
283 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1007  TPR repeat-containing protein  40 
 
 
216 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.203602  normal  0.0564194 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1657  TPR domain-containing protein  40.94 
 
 
283 aa  110  5e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000896789  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2682  TPR domain-containing protein  40.94 
 
 
283 aa  110  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.168981  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2597  TPR repeat-containing protein  40.94 
 
 
240 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.249098  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2160  TPR domain-containing protein  40.94 
 
 
240 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3155  TPR domain-containing protein  40.94 
 
 
240 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1433  TPR domain-containing protein  40.94 
 
 
240 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.302375  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2546  TPR repeat-containing protein  40.94 
 
 
240 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1101  Tetratricopeptide domain protein  41.14 
 
 
216 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.157985 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0857  TPR repeat-containing protein  42.15 
 
 
271 aa  104  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0981  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  42.86 
 
 
302 aa  102  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.878212  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1166  signal peptide protein  40.94 
 
 
219 aa  99.8  6e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.129201  normal  0.990614 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1121  TPR repeat-containing protein  36.97 
 
 
216 aa  98.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3004  TPR repeat-containing protein  35.95 
 
 
625 aa  96.7  5e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1084  hypothetical protein  41.28 
 
 
251 aa  93.2  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.281284  normal  0.0246651 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0706  Type I secretion outer membrane protein, TolC  38.32 
 
 
636 aa  92  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0676668 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1753  hypothetical protein  25.84 
 
 
271 aa  69.3  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  37.23 
 
 
878 aa  63.5  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15741  hypothetical protein  34.75 
 
 
514 aa  63.5  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.354121 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1568  hypothetical protein  33.05 
 
 
820 aa  63.5  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  35.82 
 
 
810 aa  63.2  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4054  sporulation domain-containing protein  30.35 
 
 
538 aa  62.4  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2349  TPR repeat-containing protein  31.98 
 
 
649 aa  62.4  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0186841  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  29.1 
 
 
875 aa  61.2  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02811  hypothetical protein  33.65 
 
 
837 aa  60.8  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.370164 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2097  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.54 
 
 
633 aa  59.3  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0122  glycosyl transferase, group 1  30.08 
 
 
3301 aa  58.5  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.326818 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  39.39 
 
 
632 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1124  hypothetical protein  33.61 
 
 
342 aa  58.5  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.167997  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0917  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  27.97 
 
 
431 aa  57.8  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  30.61 
 
 
685 aa  57.4  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0232  TPR repeat-containing protein  31.97 
 
 
649 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2875  TPR repeat-containing protein  31.97 
 
 
649 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0217  TPR repeat-containing protein  31.97 
 
 
646 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02941  hypothetical protein  32.69 
 
 
1676 aa  54.7  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.673691 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2414  TPR repeat-containing protein  41.77 
 
 
589 aa  54.7  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  31.01 
 
 
4079 aa  55.1  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0151  TPR repeat-containing protein  29.92 
 
 
833 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  38.96 
 
 
594 aa  54.3  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2853  TPR repeat-containing protein  29.13 
 
 
3172 aa  54.3  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2417  TPR repeat-containing protein  34.78 
 
 
762 aa  54.7  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3996  tetratricopeptide TPR_2  31.15 
 
 
1694 aa  54.3  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.271204  normal  0.601264 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1093  TPR repeat-containing protein  29.32 
 
 
681 aa  53.9  0.000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.353622  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  33.71 
 
 
718 aa  53.9  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3518  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.03 
 
 
320 aa  53.5  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1516  tetratricopeptide repeat family protein  33.02 
 
 
561 aa  53.5  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0738  TPR repeat-containing protein  29.1 
 
 
323 aa  53.1  0.000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  hitchhiker  0.00630781  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4508  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.82 
 
 
836 aa  53.1  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.885776 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3565  hypothetical protein  35.64 
 
 
222 aa  53.5  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.576229 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0165  TPR repeat-containing protein  29.92 
 
 
828 aa  53.1  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0585605  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0661  TPR repeat-containing methyltransferase  33.02 
 
 
561 aa  53.1  0.000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.25847  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0540  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.25 
 
 
1056 aa  53.1  0.000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0423513  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2322  TPR repeat-containing protein  30.61 
 
 
935 aa  52  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0205826 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3925  TPR repeat-containing protein  30 
 
 
1180 aa  52  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2530  TPR repeat-containing protein  30.51 
 
 
608 aa  52.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.187337  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7855  TPR domain-containing protein  36.36 
 
 
648 aa  52  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.126864 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0152  TPR repeat-containing protein  29.92 
 
 
828 aa  52.4  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0693  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 
395 aa  51.6  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0712051  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  28.48 
 
 
637 aa  51.6  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4628  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
714 aa  52  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.342126 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00391  TPR repeat-containing protein  36.96 
 
 
502 aa  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.264497  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2480  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.64 
 
 
1022 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0175  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.12 
 
 
156 aa  51.2  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.723088 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0498  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  24.17 
 
 
404 aa  51.2  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000410538  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3049  TPR repeat-containing protein  26.39 
 
 
591 aa  51.6  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000157665  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 
827 aa  50.8  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3267  glycosyl transferase family 2  32.99 
 
 
1252 aa  50.8  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1683  TPR repeat-containing protein  27.89 
 
 
362 aa  51.2  0.00003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0639  TPR repeat-containing protein  30.5 
 
 
542 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2403  tetratricopeptide TPR_4  24.54 
 
 
267 aa  50.8  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000143988  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2754  TPR repeat-containing protein  29.75 
 
 
295 aa  50.8  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2854  glycosyl transferase family 2  32.99 
 
 
1252 aa  50.8  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.956112  normal  0.0955707 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2545  tetratricopeptide domain-containing protein  30.53 
 
 
672 aa  50.8  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.216986  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1308  Flp pilus assembly protein TadD  26.36 
 
 
272 aa  50.8  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.59735e-21  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>