47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1106 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1106  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 		 488 aa  1011    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0729101  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2067  glycoside hydrolase family protein  54.28 
 
 		 480 aa  506  9.999999999999999e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0826948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5601  Glucan endo-1,6-beta-glucosidase  47.23 
 
 		 505 aa  443  1e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.621128 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6250  Glucan endo-1,6-beta-glucosidase  47.47 
 
 		 627 aa  430  1e-119  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3590  Glucan endo-1,6-beta-glucosidase  46.07 
 
 		 486 aa  424  1e-117  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00155681  hitchhiker  0.000521994 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4153  glucosylceramidase  49.76 
 
 		 472 aa  407  1.0000000000000001e-112  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.450582  normal  0.440813 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3716  Glucan endo-1,6-beta-glucosidase  46.86 
 
 		 648 aa  407  1.0000000000000001e-112  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0082152 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0296  glucan endo-1,6-beta-glucosidase  43.62 
 
 		 484 aa  385  1e-106  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3714  Glucan endo-1,6-beta-glucosidase  43.67 
 
 		 666 aa  350  4e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00391353 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6736  glycoside hydrolase family 30  39.64 
 
 		 485 aa  340  2.9999999999999998e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.338177 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1566  glucan endo-1,6-beta-glucosidase  36.07 
 
 		 474 aa  332  7.000000000000001e-90  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3362  Glucan endo-1,6-beta-glucosidase  40.12 
 
 		 497 aa  330  4e-89  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.183475  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2261  Glucan endo-1,6-beta-glucosidase  39.76 
 
 		 514 aa  325  8.000000000000001e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.103038  normal  0.92469 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7221  Ricin B lectin  38.39 
 
 		 634 aa  306  4.0000000000000004e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.243667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2994  glucosylceramidase  37.71 
 
 		 481 aa  293  7e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.389806  hitchhiker  0.000000219808 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4356  Glucan endo-1,6-beta-glucosidase  36.14 
 
 		 603 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.641869  normal  0.0330864 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1516  glycoside hydrolase family 30  39.04 
 
 		 481 aa  280  6e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1905  glucan endo-1,6-beta-glucosidase  36.64 
 
 		 695 aa  266  5e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4287  Ricin B lectin  35.43 
 
 		 647 aa  264  3e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.718232  normal  0.560117 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5017  glycoside hydrolase family 30  34.49 
 
 		 484 aa  258  2e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000784671  normal  0.283576 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4906  Ricin B lectin  40.29 
 
 		 603 aa  233  6e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.20179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1268  glucosylceramidase  35.93 
 
 		 475 aa  225  1e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0445  Glucan endo-1,6-beta-glucosidase  32.49 
 
 		 501 aa  223  6e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04190  glycoside hydrolase family 30  32.81 
 
 		 445 aa  213  4.9999999999999996e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2992  helix-turn-helix, AraC type  32.24 
 
 		 982 aa  202  9e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0557584  hitchhiker  0.000000421127 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1287  glucosylceramidase  33.92 
 
 		 476 aa  202  9e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0097  Glucosylceramidase  29.56 
 
 		 446 aa  196  1e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1563  glycoside hydrolase family protein  28.8 
 
 		 487 aa  191  2.9999999999999997e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.361336  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6735  glycoside hydrolase family 30  31.11 
 
 		 485 aa  183  5.0000000000000004e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.39769 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3714  glycosy hydrolase family protein  27.64 
 
 		 567 aa  162  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.171767  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0858  glycoside hydrolase family protein  29.12 
 
 		 445 aa  162  1e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1562  glycoside hydrolase family protein  29.16 
 
 		 487 aa  161  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3404  glycoside hydrolase family protein  28.95 
 
 		 441 aa  159  1e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.316905  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4708  O-Glycosyl hydrolase family 30  27.54 
 
 		 447 aa  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.319201  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1833  O-glycosyl hydrolase  28.08 
 
 		 445 aa  140  3.9999999999999997e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34530  O-glycosyl hydrolase  27.91 
 
 		 447 aa  134  3e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0928159  normal  0.538153 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_54536  predicted protein  26.8 
 
 		 859 aa  112  2.0000000000000002e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2746  Ricin B lectin  26.3 
 
 		 726 aa  93.2  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.865768 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4957  cellulose-binding family II  27.05 
 
 		 688 aa  92  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0505986  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2134  Glucuronoarabinoxylan endo-1,4-beta-xylanase  24.26 
 
 		 413 aa  85.9  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.300272  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04558  xylanase  27.84 
 
 		 406 aa  85.5  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.992142  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0649  cellulosome protein dockerin type I  22.25 
 
 		 532 aa  81.6  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3012  carbohydrate-binding family 6 protein  25.24 
 
 		 630 aa  73.9  0.000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1960  hypothetical protein  26.24 
 
 		 428 aa  61.2  0.00000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.148725  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2042  CHU large protein, xylanase, CBM9 module, glycoside hydrolase family 5 protein  23.6 
 
 		 1217 aa  58.5  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1242  Carbohydrate binding family 6  21.1 
 
 		 629 aa  55.8  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.679314  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2792  cellulose-binding family II  42.42 
 
 		 681 aa  53.1  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>