More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1101 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1101  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
270 aa  533  1e-150  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0164382  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.4 
 
 
294 aa  334  9e-91  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.68182  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0286  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.96 
 
 
279 aa  307  1.0000000000000001e-82  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000702238  normal  0.517324 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.24 
 
 
297 aa  271  8.000000000000001e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1881  monosaccharide-transporting ATPase  48.87 
 
 
297 aa  262  4.999999999999999e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.39074 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.35 
 
 
297 aa  256  4e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.341182  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06939  hypothetical protein  43.43 
 
 
294 aa  238  1e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.06 
 
 
275 aa  217  2e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0554  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 
296 aa  210  2e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0552972  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 
277 aa  207  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.525559  normal  0.0514603 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.04 
 
 
297 aa  204  9e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0358856  normal  0.0688869 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.39 
 
 
269 aa  201  9e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1734  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0337575  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.61 
 
 
275 aa  199  5e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
279 aa  197  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19300  carbohydrate ABC transporter membrane protein  40 
 
 
299 aa  196  3e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.3396  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.37 
 
 
268 aa  192  6e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.146401  normal  0.117975 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
278 aa  191  1e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3962  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.17 
 
 
298 aa  190  2e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00177289  normal  0.959368 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11620  ABC-type sugar transport system, permease component  37.88 
 
 
306 aa  189  2.9999999999999997e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00242068  normal  0.0915178 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
272 aa  189  4e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.218781  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.03 
 
 
302 aa  187  1e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00698464 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3639  monosaccharide-transporting ATPase  39.34 
 
 
292 aa  187  2e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5332  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.61 
 
 
297 aa  186  3e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195165  normal  0.550162 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.22 
 
 
275 aa  186  3e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000178765  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
279 aa  185  8e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.67338  normal  0.16615 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.22 
 
 
281 aa  185  8e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.48115  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1700  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.58 
 
 
281 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.39 
 
 
273 aa  179  4.999999999999999e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7171  sugar transport system (permease)  34.85 
 
 
283 aa  178  8e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0389176 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.21 
 
 
274 aa  177  1e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.270796  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2681  Monosaccharide-transporting ATPase  39.44 
 
 
278 aa  178  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.515759  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.84 
 
 
276 aa  177  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0827234 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0840  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  36.25 
 
 
273 aa  176  3e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.610279  normal  0.112445 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
301 aa  176  4e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00882  L-arabinose transport system permease protein AraQ  38.15 
 
 
278 aa  176  4e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0407955  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 
298 aa  175  8e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
283 aa  174  9.999999999999999e-43  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21170  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.5 
 
 
302 aa  174  9.999999999999999e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.281989  normal  0.140209 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0936  multiple sugar transport system permease protein  38.35 
 
 
304 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.615201  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3574  Monosaccharide-transporting ATPase  40 
 
 
290 aa  168  7e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.4 
 
 
303 aa  167  1e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.659062  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
311 aa  168  1e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00417428  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4398  Monosaccharide-transporting ATPase  35.34 
 
 
281 aa  167  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000709548  normal  0.804646 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2023  Monosaccharide-transporting ATPase  40.71 
 
 
295 aa  167  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000143411  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.68 
 
 
277 aa  167  1e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.17 
 
 
306 aa  167  2e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.228112  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.58 
 
 
274 aa  167  2e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.66 
 
 
261 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.290821  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.41 
 
 
271 aa  166  4e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1559  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.98 
 
 
280 aa  166  4e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.611618 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.68 
 
 
280 aa  166  4e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000891733 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.67 
 
 
310 aa  166  5e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05110  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.83 
 
 
295 aa  165  5.9999999999999996e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.34 
 
 
283 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0788706  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.74 
 
 
295 aa  165  6.9999999999999995e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.574995  hitchhiker  0.00173435 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.63 
 
 
308 aa  165  6.9999999999999995e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000413276 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.63 
 
 
324 aa  165  6.9999999999999995e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.09 
 
 
275 aa  165  8e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1636  sugar ABC transporter, permease  33.99 
 
 
277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
275 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.326622  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08400  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.57 
 
 
304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.2403 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1901  sugar ABC transporter, permease protein  33.99 
 
 
277 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.682079  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
294 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000583333  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34 
 
 
274 aa  163  3e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.610741  hitchhiker  0.000350702 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0471  ABC-type sugar transport system permease component-like  36.47 
 
 
276 aa  163  3e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.45 
 
 
306 aa  163  3e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 
271 aa  162  7e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00314445 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2231  Monosaccharide-transporting ATPase  38.64 
 
 
271 aa  162  7e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.85 
 
 
270 aa  161  9e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12076  sugar ABC transporter membrane protein  37.56 
 
 
280 aa  160  1e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1924  sugar ABC transporter, permease protein  37.5 
 
 
271 aa  160  2e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444482  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.61 
 
 
277 aa  160  2e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000457855  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
273 aa  160  2e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.256296  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
275 aa  160  2e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.260696  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3306  sugar transport system (permease)  34.25 
 
 
291 aa  160  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.178715 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0036  sugar ABC transporter, permease protein  33.86 
 
 
276 aa  159  3e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.385725  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.97 
 
 
294 aa  159  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000948808  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.58 
 
 
284 aa  160  3e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.354053  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.16 
 
 
275 aa  159  4e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0752567 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30850  ABC-type sugar transport system, permease component  35.06 
 
 
315 aa  159  4e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.68 
 
 
282 aa  159  6e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.510167  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7693  putative transmembrane permease component of ABC transporter  35.36 
 
 
286 aa  159  6e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.673988 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.7 
 
 
271 aa  158  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2094  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.16 
 
 
279 aa  157  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.179988  hitchhiker  0.00000184258 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1444  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  38.28 
 
 
282 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.129882  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
278 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.716321  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.83 
 
 
270 aa  157  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.668515  normal  0.267306 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
301 aa  158  1e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.04 
 
 
307 aa  157  1e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.556058 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.28 
 
 
282 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.251855  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0528  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.34 
 
 
281 aa  157  1e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00417189  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0956  monosaccharide-transporting ATPase  35.8 
 
 
277 aa  157  1e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0922285  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0410  Monosaccharide-transporting ATPase  37.44 
 
 
288 aa  157  1e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.727558  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.74 
 
 
298 aa  157  2e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1528  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.58 
 
 
307 aa  157  2e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.607833  normal  0.154885 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18870  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.29 
 
 
319 aa  156  3e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.858818  normal  0.355174 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2048  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
268 aa  157  3e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.353997  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
278 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.482027  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>