152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0792 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0792  Flp pilus assembly CpaB  100 
 
 
286 aa  564  1e-160  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0325336  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2548  Flp pilus assembly CpaB  57.49 
 
 
284 aa  305  6e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.185177  normal  0.0976482 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6373  Flp pilus assembly protein CpaB  56.79 
 
 
279 aa  295  5e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0863874  normal  0.913106 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5320  Flp pilus assembly protein CpaB  55.52 
 
 
282 aa  292  4e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  hitchhiker  0.00316438 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5499  Flp pilus assembly CpaB  57.49 
 
 
279 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0386531  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6785  Flp pilus assembly CpaB  57.49 
 
 
279 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0900902  normal  0.253203 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4613  Flp pilus assembly protein CpaB  55.52 
 
 
269 aa  286  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.310892 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7202  Flp pilus assembly CpaB  55.59 
 
 
279 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.190401  normal  0.510287 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0656  pilus assembly transmembrane protein  54.05 
 
 
288 aa  281  1e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.360259 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6291  Flp pilus assembly CpaB  56.64 
 
 
281 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0737796  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5995  Flp pilus assembly protein CpaB  56.64 
 
 
281 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0325272  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0549  Flp pilus assembly protein CpaB  54.78 
 
 
283 aa  271  7e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0592  Flp pilus assembly protein CpaB  52.8 
 
 
283 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.579977  normal  0.0629925 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2643  Flp pilus assembly CpaB  54.41 
 
 
280 aa  267  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1518  Flp pilus assembly protein CpaB  54.37 
 
 
280 aa  263  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2267  pilus assembly protein  55.09 
 
 
279 aa  255  6e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0648  Flp pilus assembly CpaB  54.2 
 
 
281 aa  249  3e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.130635  normal  0.420596 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1311  pilus assembly transmembrane protein  53.85 
 
 
281 aa  247  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3084  putative pilus assembly protein CpaB  53.85 
 
 
281 aa  247  2e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208838  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2959  putative pilus assembly protein CpaB  53.85 
 
 
281 aa  247  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2361  Flp pilus assembly CpaB  53.04 
 
 
261 aa  238  6.999999999999999e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0799  Flp pilus assembly protein CpaB  43.27 
 
 
263 aa  200  3e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.761688  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0660  pilus assembly protein CpaB  48.06 
 
 
262 aa  195  7e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.216985  normal  0.0982675 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0800  pilus assembly protein CpaB  44.95 
 
 
266 aa  178  8e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1492  SAF domain-containing protein  37.25 
 
 
292 aa  154  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1746  Flp pilus assembly protein CpaB  36.3 
 
 
272 aa  151  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2704  SAF domain-containing protein  35.69 
 
 
291 aa  149  5e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1058  Flp pilus assembly protein CpaB  37.59 
 
 
291 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3969  SAF domain-containing protein  40.56 
 
 
322 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.174798  normal  0.640767 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3203  Flp pilus assembly protein CpaB  36.79 
 
 
291 aa  142  7e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.200873 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1837  Flp pilus assembly protein CpaB  39.3 
 
 
289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002643  flp pilus assembly protein RcpC/CpaB  39.73 
 
 
251 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1168  Flp pilus assembly protein CpaB  32.03 
 
 
295 aa  130  3e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000250468  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2359  putative pilus assembly protein CpaB  37.18 
 
 
272 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.934464  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4404  Flp pilus assembly protein CpaB  35.83 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2742  Flp pilus assembly protein CpaB  35.2 
 
 
274 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2012  SAF domain-containing protein  34.39 
 
 
272 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2372  Flp pilus assembly protein CpaB-like protein  32.53 
 
 
274 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.267894  normal  0.976652 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1113  SAF domain-containing protein  34.25 
 
 
272 aa  116  5e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.376133  normal  0.153386 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2828  Flp pilus assembly CpaB  36.73 
 
 
307 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3006  Flp pilus assembly protein CpaB  38.08 
 
 
309 aa  112  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2916  Flp pilus assembly protein CpaB  36.33 
 
 
307 aa  108  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2566  Flp pilus assembly protein CpaB  33.9 
 
 
307 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1515  Flp pilus assembly CpaB  34.64 
 
 
260 aa  106  5e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.670297  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7030  putative pilus assembly protein, cpaB  34.04 
 
 
249 aa  92.8  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.383931  normal  0.799048 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1080  Flp pilus assembly CpaB  30.77 
 
 
342 aa  92  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0392  Flp pilus assembly CpaB  30.13 
 
 
260 aa  89.4  7e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.373428  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2345  Flp pilus assembly CpaB  29.77 
 
 
287 aa  89.4  7e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.358123  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2114  SAF domain-containing protein  31.98 
 
 
234 aa  88.6  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4869  SAF domain-containing protein  32.92 
 
 
332 aa  88.6  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1785  Flp pilus assembly CpaB  32.31 
 
 
265 aa  86.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.634606  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0302  Flp pilus assembly CpaB  30.21 
 
 
275 aa  85.5  9e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3519  Flp pilus assembly CpaB  30.61 
 
 
266 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1130  SAF domain protein  30.05 
 
 
280 aa  84  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2826  Flp pilus assembly protein CpaB  30.98 
 
 
267 aa  82.8  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0418  Flp pilus assembly CpaB  33.67 
 
 
278 aa  82.4  0.000000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1130  Flp pilus assembly CpaB  30.34 
 
 
345 aa  82  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0287562  normal  0.522315 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2385  Flp pilus assembly protein CpaB  30.67 
 
 
268 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0504616  normal  0.0262717 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5682  putative pilus assembly protein cpaB  33.16 
 
 
266 aa  80.5  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.212256 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0609  putative CpaB2 pilus assembly protein  35.47 
 
 
267 aa  80.1  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.620793  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3712  Flp pilus assembly CpaB  31.03 
 
 
265 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.241083  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4615  Flp pilus assembly protein CpaB  31.09 
 
 
270 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.706062  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0218  component of type IV pilus  29.69 
 
 
269 aa  77.8  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0998  Flp pilus assembly CpaB  27.31 
 
 
274 aa  77  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0394807  normal  0.82555 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2058  Flp pilus assembly CpaB  33.69 
 
 
342 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.308551  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5126  SAF domain-containing protein  31.88 
 
 
263 aa  75.5  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0670857 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1652  Flp pilus assembly protein CpaB  30.32 
 
 
316 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.695685  normal  0.658487 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4194  Flp pilus assembly protein CpaB  35.06 
 
 
296 aa  71.6  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4444  Flp pilus assembly protein CpaB  30.41 
 
 
331 aa  70.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3790  Flp pilus assembly protein CpaB  30.83 
 
 
264 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2460  CpaB family Flp pilus assembly protein  33.33 
 
 
345 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0968707  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4187  Flp pilus assembly protein CpaB  30.53 
 
 
271 aa  70.1  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2799  putative signal peptide protein, CpaB like  30.11 
 
 
316 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0722  SAF domain-containing protein  29.02 
 
 
271 aa  69.3  0.00000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.268977  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3420  Flp pilus assembly CpaB  35.67 
 
 
342 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.915611  normal  0.685338 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1884  putative pilus assembly protein CpaB  35.17 
 
 
350 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.222645  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0309  Flp pilus assembly protein CpaB-like protein  28.49 
 
 
274 aa  68.9  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2479  Flp pilus assembly protein CpaB  30.24 
 
 
261 aa  68.9  0.00000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.801269  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2702  Flp pilus assembly protein CpaB  29.44 
 
 
261 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2039  CpaB family Flp pilus assembly protein  35.17 
 
 
350 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.621232  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1681  Flp pilus assembly protein CpaB  35.17 
 
 
350 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0337  Flp pilus assembly CpaB  35.17 
 
 
350 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.720767  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1872  putative pilus assembly protein CpaB  35.17 
 
 
350 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0824  Flp pilus assembly protein CpaB  35.17 
 
 
350 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.570609  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3790  Flp pilus assembly protein CpaB  32.81 
 
 
271 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.658434 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3927  Flp pilus assembly protein CpaB  35.67 
 
 
342 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.152772  normal  0.4164 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3351  SAF domain-containing protein  28.42 
 
 
269 aa  67.8  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1039  Flp pilus assembly protein CpaB  32.98 
 
 
233 aa  67  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.268471  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0750  Flp pilus assembly protein CpaB  26.56 
 
 
298 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3653  pilus assembly protein  31.25 
 
 
319 aa  66.6  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.588333  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1910  putative Flp pilus assembly protein CpaB  26.94 
 
 
274 aa  66.6  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0558  putative Flp pilus assembly protein CpaB  26.94 
 
 
274 aa  66.6  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5408  Flp pilus assembly CpaB  27.96 
 
 
318 aa  66.2  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0646  SAF domain-containing protein  29.12 
 
 
298 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.361703 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0232  SAF domain-containing protein  28.37 
 
 
250 aa  66.2  0.0000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2407  Flp pilus assembly protein CpaB  30.96 
 
 
260 aa  65.9  0.0000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4872  Flp pilus assembly protein CpaB  32.37 
 
 
303 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0982615  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1733  Flp pilus assembly protein CpaB  27.9 
 
 
313 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0619975  hitchhiker  0.0000143429 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2318  Flp pilus assembly protein CpaB  28.63 
 
 
233 aa  64.7  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2690  Flp pilus assembly protein CpaB  34.81 
 
 
338 aa  64.7  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>