More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0545 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2857  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.42 
 
 		 569 aa  671    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1265  AMP-dependent synthetase and ligase  67.56 
 
 		 566 aa  805    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2739  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.6 
 
 		 569 aa  674    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2994  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.6 
 
 		 560 aa  678    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.562113  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3556  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.94 
 
 		 557 aa  657    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207193  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3633  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.41 
 
 		 557 aa  654    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.956552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0353  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  55.73 
 
 		 565 aa  652    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.333466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3537  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.94 
 
 		 557 aa  657    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1106  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.12 
 
 		 557 aa  658    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.422125  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0518  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.23 
 
 		 557 aa  653    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 561 aa  1161    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4225  AMP-dependent synthetase and ligase  77.78 
 
 		 561 aa  932    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0474  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.09 
 
 		 557 aa  635    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0532  AMP-dependent synthetase and ligase  73.58 
 
 		 561 aa  870    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2848  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.76 
 
 		 557 aa  649    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0476  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.23 
 
 		 557 aa  649    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  58.32 
 
 		 560 aa  690    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3482  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.27 
 
 		 557 aa  638    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0194948  hitchhiker  0.00229302 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0064  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.23 
 
 		 557 aa  652    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0516  AMP-dependent synthetase and ligase  73.94 
 
 		 561 aa  873    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0152867 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3104  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.42 
 
 		 569 aa  676    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.219632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3563  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.94 
 
 		 557 aa  656    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4769  AMP-dependent synthetase and ligase  72.4 
 
 		 563 aa  855    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0451  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.05 
 
 		 557 aa  648    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.321292  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4195  AMP-dependent synthetase and ligase  71.15 
 
 		 561 aa  843    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0546  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.23 
 
 		 557 aa  652    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1344  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.74 
 
 		 572 aa  629  1e-179  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.77905 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2685  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.02 
 
 		 557 aa  627  1e-178  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0867888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4746  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.85 
 
 		 563 aa  624  1e-177  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1323  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.03 
 
 		 561 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1189  AMP-dependent synthetase and ligase  51.71 
 
 		 566 aa  622  1e-177  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.503823  normal  0.180474 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.2 
 
 		 563 aa  620  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3950  AMP-dependent synthetase and ligase  53.2 
 
 		 559 aa  621  1e-176  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0302713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  53.02 
 
 		 559 aa  620  1e-176  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3752  AMP-dependent synthetase and ligase  51.79 
 
 		 557 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.419437  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4074  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.85 
 
 		 561 aa  614  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1190  AMP-dependent synthetase and ligase  51.71 
 
 		 565 aa  614  9.999999999999999e-175  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0730662  normal  0.324489 
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.13 
 
 		 554 aa  611  1e-173  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0946  AMP-dependent synthetase and ligase  52.85 
 
 		 559 aa  610  1e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2684  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.24 
 
 		 567 aa  608  1e-173  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.503393 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3734  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.49 
 
 		 560 aa  610  1e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.862355  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0303  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.95 
 
 		 581 aa  611  1e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.993767  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  52.06 
 
 		 561 aa  605  9.999999999999999e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0373  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.97 
 
 		 581 aa  605  9.999999999999999e-173  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.826783  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2551  AMP-dependent synthetase and ligase  52.59 
 
 		 559 aa  602  1.0000000000000001e-171  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.083055  normal  0.0774583 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  51.07 
 
 		 561 aa  600  1e-170  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3797  AMP-dependent synthetase and ligase  51.25 
 
 		 566 aa  601  1e-170  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.589487 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  52.68 
 
 		 553 aa  600  1e-170  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  51.25 
 
 		 559 aa  600  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4543  AMP-dependent synthetase and ligase  50.71 
 
 		 562 aa  595  1e-169  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3572  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  51.34 
 
 		 557 aa  593  1e-168  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0959  AMP-dependent synthetase and ligase  50.9 
 
 		 558 aa  592  1e-168  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.336851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0110  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.35 
 
 		 566 aa  582  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.963067 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3249  AMP-dependent synthetase and ligase  48.03 
 
 		 572 aa  568  1e-161  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0843615 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6801  AMP-dependent synthetase and ligase  51.07 
 
 		 540 aa  569  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.867252  normal  0.1235 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0069  AMP-dependent synthetase and ligase  50.81 
 
 		 647 aa  568  1e-160  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0138  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50 
 
 		 566 aa  558  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.938727  normal  0.187232 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0144  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50 
 
 		 566 aa  556  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0535  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.37 
 
 		 566 aa  554  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1183  AMP-dependent synthetase and ligase  48.03 
 
 		 560 aa  548  1e-154  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004090  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.21 
 
 		 563 aa  544  1e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0450361  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.68 
 
 		 561 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2188  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.29 
 
 		 557 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  hitchhiker  0.000240143 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.5 
 
 		 572 aa  539  9.999999999999999e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1416  AMP-dependent synthetase and ligase  48.23 
 
 		 584 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.498039  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  47.5 
 
 		 561 aa  536  1e-151  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  47.5 
 
 		 561 aa  536  1e-151  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.5 
 
 		 561 aa  536  1e-151  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.5 
 
 		 561 aa  536  1e-151  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.5 
 
 		 561 aa  536  1e-151  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  47.32 
 
 		 583 aa  535  1e-150  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.32 
 
 		 583 aa  535  1e-150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.96 
 
 		 561 aa  532  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.96 
 
 		 561 aa  531  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5859  AMP-dependent synthetase and ligase  48.38 
 
 		 567 aa  533  1e-150  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  48.31 
 
 		 553 aa  533  1e-150  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0143852  hitchhiker  0.00793845 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01379  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.14 
 
 		 563 aa  535  1e-150  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.32 
 
 		 561 aa  535  1e-150  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.96 
 
 		 561 aa  531  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.96 
 
 		 561 aa  531  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.96 
 
 		 561 aa  531  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1054  AMP-dependent synthetase and ligase  47.87 
 
 		 584 aa  534  1e-150  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.63665  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2804  AMP-dependent synthetase and ligase  48.93 
 
 		 552 aa  534  1e-150  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.456781  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  48.05 
 
 		 584 aa  534  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.877669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1534  AMP-dependent synthetase and ligase  47.87 
 
 		 584 aa  534  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2523  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.21 
 
 		 557 aa  534  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00313327  normal  0.944689 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  48.2 
 
 		 560 aa  530  1e-149  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1511  hypothetical protein  46.43 
 
 		 569 aa  528  1e-149  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1510  AMP-dependent synthetase and ligase  47.7 
 
 		 584 aa  531  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79948  hitchhiker  0.00072846 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  47.59 
 
 		 569 aa  529  1e-149  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.04 
 
 		 557 aa  528  1e-149  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148173  normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2448  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.86 
 
 		 555 aa  525  1e-148  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000160034  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2428  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.04 
 
 		 557 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0268357  normal  0.181613 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1864  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.86 
 
 		 557 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00374532  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  46.07 
 
 		 569 aa  528  1e-148  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1898  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.86 
 
 		 557 aa  525  1e-148  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0400392  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4674  AMP-dependent synthetase and ligase  47.52 
 
 		 584 aa  527  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0112629 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2386  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.51 
 
 		 557 aa  525  1e-148  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  normal  0.524068 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.96 
 
 		 577 aa  525  1e-148  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1720  AMP-dependent synthetase and ligase  47.7 
 
 		 586 aa  527  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976205  hitchhiker  0.000132971 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>