More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0187 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0187  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  100 
 
 
296 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0303  putative DNA polymerase-related protein  43.99 
 
 
260 aa  216  4e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.440976  normal  0.0410762 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1937  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.01 
 
 
285 aa  198  9e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.090684  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1397  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.08 
 
 
317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.60425 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0372  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.94 
 
 
294 aa  191  1e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000046016 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2062  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.6 
 
 
342 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.735685 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1944  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.45 
 
 
345 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6034  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.57 
 
 
346 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0371104  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2043  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.57 
 
 
346 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.910745  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1363  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.32 
 
 
341 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.948234 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.45 
 
 
367 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2481  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.15 
 
 
414 aa  188  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256124  hitchhiker  0.000867118 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1656  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.67 
 
 
401 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00964982 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1369  putative DNA polymerase-related protein, bacteriophage-type  44.34 
 
 
292 aa  186  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.424674  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1308  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.33 
 
 
264 aa  185  8e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0132537  normal  0.393253 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2003  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  46.83 
 
 
433 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262884  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1234  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.29 
 
 
358 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.532559  normal  0.188562 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2463  uracil-DNA glycosylase  46.83 
 
 
455 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1355  uracil-DNA glycosylase  46.83 
 
 
455 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00548958  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2607  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  46.83 
 
 
468 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2519  uracil-DNA glycosylase  46.83 
 
 
455 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31218  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3230  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  46.83 
 
 
455 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2082  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  46.83 
 
 
455 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.268517  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1242  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.77 
 
 
264 aa  182  6e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.738609 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1580  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  46.83 
 
 
220 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0245048  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2882  uracil-DNA glycosylase family 4 protein  48 
 
 
308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2502  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48 
 
 
308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.934489  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5352  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.39 
 
 
336 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.142834 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0414  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.64 
 
 
330 aa  170  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2152  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.63 
 
 
241 aa  168  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2255  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.27 
 
 
304 aa  167  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.10497  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.78 
 
 
264 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.5261 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2515  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.6 
 
 
231 aa  163  4.0000000000000004e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0689  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.58 
 
 
294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.614175  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2276  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.9 
 
 
243 aa  162  6e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1983  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.62 
 
 
260 aa  159  6e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.643872 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2121  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.08 
 
 
271 aa  158  8e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1723  putative phage DNA polymerase  43.28 
 
 
213 aa  156  4e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0552  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.18 
 
 
264 aa  149  4e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.446381  hitchhiker  0.00103013 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1500  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.36 
 
 
255 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.43423  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3405  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.14 
 
 
300 aa  136  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1494  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.1 
 
 
295 aa  135  9e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.363091  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2370  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.37 
 
 
245 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.114234  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1589  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.1 
 
 
205 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.316918  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2491  DNA polymerase domain-containing protein  34.75 
 
 
264 aa  132  5e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0314  hypothetical protein  36.51 
 
 
200 aa  132  6.999999999999999e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0333  hypothetical protein  36.17 
 
 
200 aa  131  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.17 
 
 
249 aa  130  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.133247  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2009  phage SpO1 DNA polymerase-related protein  36.79 
 
 
224 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0331799  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0466  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.16 
 
 
264 aa  125  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.113584  hitchhiker  0.00887798 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1912  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.74 
 
 
199 aa  122  8e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1649  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.5 
 
 
209 aa  119  6e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.00048269 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1126  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.68 
 
 
235 aa  119  7e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5015  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.69 
 
 
380 aa  119  7.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.641312  normal  0.046521 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2925  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.98 
 
 
259 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2671  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.53 
 
 
253 aa  113  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.663672 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0014  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.36 
 
 
263 aa  114  3e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1948  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.66 
 
 
190 aa  112  9e-24  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.735506  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0266  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.47 
 
 
315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3960  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.9 
 
 
191 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000300932  hitchhiker  0.00000000403692 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0082  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.16 
 
 
264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3775  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.16 
 
 
273 aa  110  4.0000000000000004e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.858318  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0231  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  25.58 
 
 
252 aa  110  4.0000000000000004e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0104568  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1001  hypothetical protein  37.19 
 
 
260 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2661  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.19 
 
 
260 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.642929  normal  0.357955 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0483  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.16 
 
 
195 aa  108  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000659964  normal  0.795166 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0718  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.32 
 
 
193 aa  108  1e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.809619 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3067  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.17 
 
 
187 aa  107  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000874061  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1838  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.03 
 
 
185 aa  107  3e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.66 
 
 
186 aa  106  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000159527  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4619  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.68 
 
 
260 aa  106  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5828  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.88 
 
 
209 aa  106  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2605  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.16 
 
 
203 aa  106  6e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0839  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.25 
 
 
297 aa  105  7e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0413074 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.16 
 
 
209 aa  105  8e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2543  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.12 
 
 
235 aa  105  9e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0670794  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0551  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.66 
 
 
324 aa  105  9e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0957804 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0147  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  29.15 
 
 
202 aa  104  1e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0119  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.25 
 
 
191 aa  105  1e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2076  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.72 
 
 
194 aa  104  2e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1204  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.27 
 
 
210 aa  104  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0469279  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1116  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.15 
 
 
305 aa  103  3e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1870  Uracil-DNA glycosylase-like protein  31.12 
 
 
233 aa  103  3e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00147256  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0044  DNA polymerase-related protein  31.68 
 
 
261 aa  102  8e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0200  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.22 
 
 
305 aa  101  1e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0224  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35 
 
 
259 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.215269  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3901  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.18 
 
 
300 aa  101  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.463834  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4076  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.72 
 
 
295 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0935  uracil-DNA glycosylase  35.76 
 
 
255 aa  101  2e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0411  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.24 
 
 
193 aa  100  2e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000323475  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3061  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.2 
 
 
255 aa  100  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.247484  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5420  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.15 
 
 
300 aa  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0426  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.24 
 
 
193 aa  100  2e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000629945  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0157  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.2 
 
 
200 aa  100  3e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0205394  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0438  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.81 
 
 
189 aa  100  4e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2305  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.24 
 
 
192 aa  100  4e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0147899 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1236  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  27.5 
 
 
220 aa  100  4e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.289271  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.12 
 
 
278 aa  99  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2187  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.46 
 
 
205 aa  98.6  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4431  phage SPO1 DNA polymerase-like protein  32.32 
 
 
226 aa  98.2  1e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.696718  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>