18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_4190 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_4190  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma 28 subunit  100 
 
 		 220 aa  449  1e-125  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210037 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0058  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  64.35 
 
 		 215 aa  270  2e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3848  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.85 
 
 		 250 aa  50.4  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000368687 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3764  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.85 
 
 		 250 aa  50.4  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.25 
 
 		 215 aa  49.3  0.00004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0429  sigma 28 (flagella/sporulation)  30.5 
 
 		 250 aa  45.4  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1027  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.73 
 
 		 200 aa  45.1  0.0008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4933  RNA polymerase sigma factor RpoE  32 
 
 		 218 aa  44.7  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.366814 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4108  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  32.65 
 
 		 251 aa  45.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1654  flagellar biosynthesis sigma factor  33.33 
 
 		 244 aa  44.3  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000445498  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.14 
 
 		 157 aa  44.3  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.454582  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16630  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.62 
 
 		 254 aa  43.9  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3053  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  33.33 
 
 		 250 aa  42.7  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1744  sporulation sigma factor SigF  33.66 
 
 		 256 aa  42.4  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1923  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.45 
 
 		 218 aa  42.4  0.006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.802306  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0621  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  26.67 
 
 		 208 aa  41.6  0.009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.939664  normal  0.179191 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  30.3 
 
 		 246 aa  41.6  0.01  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000322849  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4370  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.26 
 
 		 218 aa  41.6  0.01  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.338054  normal  0.0299236 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>