123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_4174 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_4174  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
305 aa  620  1e-177  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000899263  hitchhiker  0.0000122101 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4313  radical SAM domain-containing protein  86.56 
 
 
305 aa  557  1e-158  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2282  radical SAM domain-containing protein  54.24 
 
 
313 aa  338  5e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1372  radical SAM domain-containing protein  57.89 
 
 
298 aa  338  5.9999999999999996e-92  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1956  Radical SAM domain protein  55.63 
 
 
301 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1667  radical SAM domain-containing protein  53.47 
 
 
312 aa  325  6e-88  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1488  Radical SAM domain protein  53.4 
 
 
323 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.441842  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1072  radical SAM domain-containing protein  54.95 
 
 
306 aa  313  1.9999999999999998e-84  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1225  Radical SAM domain protein  47.44 
 
 
301 aa  311  5.999999999999999e-84  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1696  radical SAM domain-containing protein  51.5 
 
 
336 aa  306  2.0000000000000002e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3220  radical SAM family protein  48.36 
 
 
312 aa  300  3e-80  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0910246  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1076  Radical SAM domain protein  45.64 
 
 
327 aa  288  7e-77  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1859  radical SAM domain-containing protein  48.98 
 
 
300 aa  287  2e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.54951  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1274  radical SAM domain-containing protein  48.98 
 
 
319 aa  283  3.0000000000000004e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.330948  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1745  Radical SAM domain protein  44.15 
 
 
303 aa  282  5.000000000000001e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0609211 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1790  Radical SAM domain protein  52.01 
 
 
307 aa  280  3e-74  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1179  radical SAM domain-containing protein  50.17 
 
 
334 aa  278  1e-73  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0438654  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1772  radical SAM family protein  48.64 
 
 
300 aa  275  8e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.138508  normal  0.113699 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2082  radical SAM  48.3 
 
 
308 aa  274  1.0000000000000001e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2526  radical SAM domain-containing protein  48.31 
 
 
318 aa  273  3e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.252975  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0616  radical SAM domain-containing protein  49.28 
 
 
296 aa  272  5.000000000000001e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1149  radical SAM domain protein  48.84 
 
 
334 aa  270  2e-71  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000033704  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1949  radical SAM domain-containing protein  43.14 
 
 
319 aa  270  2e-71  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1368  radical SAM domain-containing protein  48.17 
 
 
334 aa  269  5e-71  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0299345  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1899  Radical SAM domain protein  48.64 
 
 
309 aa  267  2e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.735258  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1947  Radical SAM domain protein  45.68 
 
 
283 aa  266  2.9999999999999995e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2309  Radical SAM domain protein  48.3 
 
 
302 aa  265  7e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1289  radical SAM domain-containing protein  44.04 
 
 
298 aa  263  2e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1251  radical SAM domain-containing protein  42.81 
 
 
303 aa  249  5e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.269935  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3427  radical SAM domain-containing protein  42.91 
 
 
313 aa  245  4.9999999999999997e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0368  radical SAM family protein  46.18 
 
 
315 aa  245  8e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000743683  normal  0.888767 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1063  radical SAM domain-containing protein  42.09 
 
 
303 aa  244  9e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1143  radical SAM domain-containing protein  42.5 
 
 
287 aa  243  3e-63  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0003  radical SAM domain-containing protein  44.09 
 
 
286 aa  242  6e-63  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0003  radical SAM domain-containing protein  44.09 
 
 
286 aa  242  7e-63  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0815  radical SAM domain-containing protein  44.36 
 
 
320 aa  241  7.999999999999999e-63  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0883393  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0838  radical SAM domain-containing protein  44.36 
 
 
320 aa  241  7.999999999999999e-63  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0110  Radical SAM domain protein  43.38 
 
 
296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.389889  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0661  Radical SAM domain protein  43.26 
 
 
320 aa  233  4.0000000000000004e-60  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07611  pyruvate formate lyase activating enzyme, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G15630)  40.8 
 
 
373 aa  231  8.000000000000001e-60  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00159546  normal  0.16163 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2121  radical SAM domain-containing protein  44.59 
 
 
326 aa  230  2e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000152404  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1701  radical SAM domain-containing protein  40.21 
 
 
295 aa  221  9.999999999999999e-57  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1152  Radical SAM domain protein  39.93 
 
 
321 aa  204  2e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.429756  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2506  radical SAM domain-containing protein  39.76 
 
 
331 aa  187  2e-46  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000358558  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16130  pyruvate formate lyase activating protein-like uncharacterized Fe-S protein  37.14 
 
 
293 aa  186  3e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000206983 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0526  Radical SAM domain protein  37.82 
 
 
344 aa  186  4e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0095894  unclonable  0.0000000400012 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0826  radical SAM domain-containing protein  36.9 
 
 
373 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0283607 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0925  radical SAM domain-containing protein  37.76 
 
 
355 aa  179  5.999999999999999e-44  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0987  radical SAM domain-containing protein  36.82 
 
 
371 aa  174  9.999999999999999e-43  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.499392 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09130  pyruvate formate lyase activating protein-like uncharacterized Fe-S protein  37.59 
 
 
326 aa  172  3.9999999999999995e-42  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0210847  normal  0.81477 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1947  radical SAM domain-containing protein  36.58 
 
 
372 aa  169  4e-41  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0881  radical SAM domain-containing protein  37.63 
 
 
374 aa  168  1e-40  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.607875  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1370  radical SAM domain-containing protein  37.25 
 
 
373 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3602  formate acetyltransferase activating enzyme  33.79 
 
 
345 aa  161  2e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.795374  normal  0.163348 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1761  Radical SAM domain protein  28.78 
 
 
337 aa  63.2  0.000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0383887 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2456  Radical SAM domain protein  27.52 
 
 
337 aa  61.2  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0983  radical SAM domain-containing protein  23.99 
 
 
344 aa  60.8  0.00000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1995  radical SAM domain-containing protein  26.05 
 
 
405 aa  59.7  0.00000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2555  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 
366 aa  58.2  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.466932  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0463  radical SAM domain-containing protein  27.31 
 
 
332 aa  56.2  0.0000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.838883  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2854  radical SAM domain-containing protein  28.7 
 
 
337 aa  55.8  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0388  Radical SAM domain protein  26.01 
 
 
339 aa  55.1  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00103201  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2217  Radical SAM domain protein  30.36 
 
 
374 aa  55.1  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0540  radical SAM domain-containing protein  26.79 
 
 
326 aa  54.3  0.000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6076  radical SAM family protein  23.61 
 
 
363 aa  52  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4120  radical SAM domain-containing protein  28 
 
 
372 aa  51.2  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.246389  normal  0.424935 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0354  radical SAM domain-containing protein  22.87 
 
 
337 aa  50.4  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.898506 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2684  Radical SAM domain protein  24.74 
 
 
367 aa  50.4  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.307935  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0759  radical SAM domain-containing protein  26.34 
 
 
336 aa  50.1  0.00004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1818  Radical SAM domain protein  32.17 
 
 
238 aa  50.4  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16340  pyruvate formate-lyase 1-activating enzyme  26.09 
 
 
287 aa  50.4  0.00004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.243728  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0396  radical SAM family protein  23.02 
 
 
358 aa  50.1  0.00005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0539  radical SAM domain-containing protein  23.92 
 
 
376 aa  50.1  0.00005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00688869  normal  0.395603 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0217  radical SAM domain-containing protein  22.66 
 
 
356 aa  50.1  0.00005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1585  hypothetical protein  28.49 
 
 
364 aa  49.7  0.00006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0308  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  26.89 
 
 
342 aa  49.7  0.00006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000547663  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0088  radical SAM domain-containing protein  41.46 
 
 
357 aa  49.3  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.400989  normal  0.227798 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1325  radical SAM domain-containing protein  30.59 
 
 
365 aa  49.3  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.322233  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2404  radical SAM family Fe-S protein  26.39 
 
 
353 aa  48.1  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0917  Radical SAM domain protein  27.53 
 
 
324 aa  48.5  0.0002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0629  Radical SAM domain protein  26.13 
 
 
343 aa  48.1  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000217214  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1648  radical SAM domain-containing protein  25.87 
 
 
363 aa  47.8  0.0002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0041  radical SAM domain-containing protein  26.07 
 
 
362 aa  47.4  0.0003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.821324  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1722  pyruvate formate-lyase activating enzyme  31.36 
 
 
293 aa  47.8  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.461343  normal  0.162758 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0103  Radical SAM domain protein  25.25 
 
 
356 aa  47.8  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1728  hypothetical protein  27.27 
 
 
336 aa  47  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.241184  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13159  pyruvate formate lyase activating protein pflA  26.14 
 
 
362 aa  47  0.0004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2243  Radical SAM domain protein  26.37 
 
 
337 aa  47  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0449  radical SAM family protein  26.73 
 
 
370 aa  46.6  0.0005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.355453  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1841  Radical SAM domain protein  24.22 
 
 
340 aa  46.6  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6305  Radical SAM domain-containing protein  37.8 
 
 
388 aa  46.6  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0932  radical SAM domain-containing protein  22.91 
 
 
362 aa  46.6  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2431  radical SAM domain-containing protein  25.58 
 
 
396 aa  45.8  0.0008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1497  radical SAM domain-containing protein  23.86 
 
 
365 aa  45.8  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.398952  normal  0.0425103 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1167  radical SAM family protein  24.53 
 
 
294 aa  45.4  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000619352  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1034  radical SAM domain-containing protein  23.5 
 
 
337 aa  45.8  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1815  radical SAM domain-containing protein  23.88 
 
 
364 aa  45.4  0.001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0038  pyruvate formate-lyase activating enzyme  30.83 
 
 
229 aa  45.4  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0093  Radical SAM domain protein  28.97 
 
 
356 aa  45.4  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0728  Radical SAM domain protein  34.15 
 
 
361 aa  45.4  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000489129 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>