238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_4038 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_4038  putative RNA methylase  100 
 
 
483 aa  999    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846703 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2251  hypothetical protein  32.8 
 
 
393 aa  197  3e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4223  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.02 
 
 
947 aa  139  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1456  putative RNA methylase  26.61 
 
 
463 aa  123  7e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.270738 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1658  adenine-specific DNA methylase  25.6 
 
 
416 aa  123  9e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000448906  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5606  modification methylase, putative  23.65 
 
 
438 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0166814  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2226  hypothetical protein  27.68 
 
 
467 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.113996  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0931  adenine-specific DNA methylase  23.3 
 
 
412 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.316794  normal  0.515459 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0328  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  25.69 
 
 
383 aa  99  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1303  adenine-specific DNA methylase  24.56 
 
 
418 aa  97.8  4e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404813  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1426  hypothetical protein  26.07 
 
 
432 aa  95.9  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0938  putative RNA methylase  25.55 
 
 
461 aa  90.9  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152524  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4077  hypothetical protein  23.86 
 
 
614 aa  84.7  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.180847  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3799  putative RNA methylase  31.36 
 
 
393 aa  84.3  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5607  modification methylase, putative  23.8 
 
 
430 aa  83.2  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0295584  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3603  adenine-specific DNA methylase  22.38 
 
 
453 aa  80.5  0.00000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3798  putative RNA methylase  25.41 
 
 
495 aa  80.1  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0737  hypothetical protein  49.35 
 
 
407 aa  76.3  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00870561  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1918  putative modification methylase  21.9 
 
 
353 aa  73.9  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00266275  hitchhiker  0.00000000000360377 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1917  putative modification methylase  23.54 
 
 
482 aa  73.6  0.000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0419467  hitchhiker  0.0000000000400101 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0642  hypothetical protein  21.69 
 
 
435 aa  72  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3181  site-specific DNA-methyltransferase (cytosine-specific)  23.23 
 
 
482 aa  69.7  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0621069 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3051  methyltransferase DNA modification enzyme  41.9 
 
 
421 aa  68.6  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0460  putative RNA methylase  51.67 
 
 
259 aa  69.3  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.258821  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1099  DNA modification methylase-like  49.18 
 
 
413 aa  67.4  0.0000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000152418  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0306  putative RNA methylase  44.78 
 
 
259 aa  67  0.0000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0220171  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1386  adenine-specific DNA methylase  43.84 
 
 
540 aa  67  0.0000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0156455 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3275  adenine-specific DNA methylase  39.77 
 
 
596 aa  66.6  0.0000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.762851  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0068  hypothetical protein  22.46 
 
 
464 aa  66.6  0.0000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00010049  hitchhiker  0.00158155 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1725  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  22.98 
 
 
524 aa  65.1  0.000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000110429  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2731  methyltransferase DNA modification enzyme  51.56 
 
 
410 aa  64.7  0.000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6814  hypothetical protein  24 
 
 
433 aa  64.7  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.823873  normal  0.941535 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0843  Site-specific DNA-methyltransferase (cytosine- N(4)-specific)  27.78 
 
 
412 aa  64.3  0.000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140978  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0054  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  48.33 
 
 
416 aa  62  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.549481  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3939  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  24.22 
 
 
633 aa  62  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0041  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  47.54 
 
 
441 aa  62.4  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0525  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  39.71 
 
 
284 aa  61.2  0.00000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0407  site-specific DNA-methyltransferase (cytosine-specific)  22.63 
 
 
476 aa  61.6  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.144423 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0684  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  34.26 
 
 
528 aa  61.6  0.00000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0374  hypothetical protein  40.28 
 
 
146 aa  61.2  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000208638  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1511  DNA methylase N-4/N-6  46.97 
 
 
329 aa  61.2  0.00000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0958  hypothetical protein  21.14 
 
 
408 aa  60.8  0.00000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00607753 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1071  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  39.19 
 
 
391 aa  60.8  0.00000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2450  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  45.9 
 
 
368 aa  60.1  0.00000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00415  adenine-specific DNA modification methyltransferase  21.25 
 
 
374 aa  59.7  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.530575  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0073  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  45.9 
 
 
429 aa  59.7  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0022  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  45.9 
 
 
412 aa  60.1  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0675  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  44.26 
 
 
416 aa  59.7  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0117  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  31.52 
 
 
315 aa  58.9  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00741013  normal  0.263203 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0286  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  37.78 
 
 
271 aa  58.9  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.684049  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2525  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  39.24 
 
 
396 aa  58.9  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000796245  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1480  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  43.55 
 
 
255 aa  58.2  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.292437  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2184  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  35.37 
 
 
371 aa  57.8  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0490664  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2333  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  47.54 
 
 
276 aa  57.8  0.0000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0137927 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1620  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  39.47 
 
 
414 aa  57.4  0.0000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0639  DNA methylase N-4/N-6  38.27 
 
 
852 aa  57.4  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.028356 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0192  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  24.53 
 
 
446 aa  57.4  0.0000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.151287  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0627  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  43.48 
 
 
274 aa  57  0.0000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2206  methyltransferase DNA modification enzyme  43.24 
 
 
414 aa  57  0.0000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.612218  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0605  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  43.75 
 
 
308 aa  56.6  0.0000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000183696  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0591  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  43.75 
 
 
308 aa  56.6  0.0000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000342774  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0332  type II DNA modification methyltransferase M.TdeIII  21.13 
 
 
530 aa  56.2  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00994221  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0950  hypothetical protein  30.87 
 
 
501 aa  56.2  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0387274 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00410  adenine-specific DNA modification methyltransferase  28.37 
 
 
412 aa  56.6  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4184  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  50 
 
 
350 aa  56.6  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0040014  hitchhiker  0.000116244 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6722  putative RNA methylase  34.57 
 
 
292 aa  55.5  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.121582  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3012  site-specific DNA-methyltransferase (cytosine-specific)  26.26 
 
 
477 aa  55.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1242  modification methylase  21.98 
 
 
441 aa  55.5  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00503065  hitchhiker  0.00000000592753 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0790  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  35.23 
 
 
293 aa  55.8  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2196  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  36.05 
 
 
292 aa  54.7  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2345  DNA methylase N-4/N-6  36.14 
 
 
330 aa  55.1  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0319452  normal  0.212487 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0329  hypothetical protein  22.84 
 
 
417 aa  55.1  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2337  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  47.06 
 
 
334 aa  55.1  0.000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.628508 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3593  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  34.12 
 
 
372 aa  55.1  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.316349  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0909  type II DNA modification methyltransferase M.TdeIII  38.16 
 
 
535 aa  54.3  0.000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.90275  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6856  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  44.44 
 
 
313 aa  54.3  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0555121 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3691  hypothetical protein  24.48 
 
 
313 aa  54.7  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.454673  normal  0.0109558 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1717  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  30.56 
 
 
739 aa  54.3  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.0000410476  hitchhiker  0.00177802 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0469  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  40.32 
 
 
256 aa  54.7  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.321742  normal  0.0206265 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1246  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  39.47 
 
 
293 aa  53.9  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0940338  hitchhiker  0.00345461 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4192  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  40.98 
 
 
267 aa  53.9  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.291791 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0953  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.3 
 
 
372 aa  53.9  0.000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.752338  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0021  DNA modification methylase-like protein  45.1 
 
 
481 aa  53.5  0.000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3340  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  45.9 
 
 
347 aa  53.5  0.000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000107199  hitchhiker  0.000000355353 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0833  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  41.67 
 
 
302 aa  53.5  0.000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1833  hypothetical protein  21.35 
 
 
444 aa  53.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0803  DNA methylase N-4/N-6  40.85 
 
 
436 aa  52.8  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0747571  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1593  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  46.77 
 
 
308 aa  53.1  0.00001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0446322  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1948  hypothetical protein  43.64 
 
 
731 aa  53.1  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.156697  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4974  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  42.42 
 
 
597 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1466  adenine-specific DNA-methyltransferase-like protein  40.98 
 
 
312 aa  53.1  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000307706  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1367  hypothetical protein  40 
 
 
746 aa  52.4  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6933  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  43.48 
 
 
327 aa  52.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0266817  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3357  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  35 
 
 
225 aa  52.4  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5156  hypothetical protein  38.1 
 
 
393 aa  52.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000726262 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0325  hypothetical protein  21.35 
 
 
431 aa  52.4  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.103576  hitchhiker  0.00000188519 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1982  DNA-methyltransferase (DNA-modification methylase) protein  35.8 
 
 
270 aa  51.6  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0159066 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3051  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  30.51 
 
 
305 aa  52  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.766 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1282  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  40.82 
 
 
271 aa  51.6  0.00003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0717608  normal  0.0669549 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1772  adenine-specific DNA methylase  41.51 
 
 
916 aa  52  0.00003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>