80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3548 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3548  hypothetical protein  100 
 
 
368 aa  761    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.112036 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2955  hypothetical protein  39.22 
 
 
378 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2371  hypothetical protein  38.61 
 
 
369 aa  223  4e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0764  hypothetical protein  37.86 
 
 
371 aa  215  8e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1460  hypothetical protein  35.43 
 
 
391 aa  208  9e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001831  hypothetical protein  33.42 
 
 
377 aa  207  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01780  hypothetical protein  34.54 
 
 
378 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3408  putative ATP-dependent endonuclease (OLD family protein)  35.45 
 
 
363 aa  194  2e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0529287 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1027  hypothetical protein  33.59 
 
 
374 aa  186  4e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0136  hypothetical protein  38.91 
 
 
224 aa  154  2e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.224631  normal  0.0478866 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0707  hypothetical protein  28.31 
 
 
374 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.852427 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4667  hypothetical protein  36.17 
 
 
227 aa  127  4.0000000000000003e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.976335  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1691  SMC domain protein  25.9 
 
 
378 aa  116  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.611613 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1770  hypothetical protein  24.12 
 
 
459 aa  99  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0172  hypothetical protein  30 
 
 
527 aa  82.8  0.000000000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.707378  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0135  hypothetical protein  43.62 
 
 
96 aa  81.3  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.203  normal  0.0435696 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2027  hypothetical protein  34.65 
 
 
435 aa  79.7  0.00000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.34457  normal  0.0634811 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2733  hypothetical protein  26.56 
 
 
465 aa  76.6  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0286809  normal  0.420711 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1798  hypothetical protein  32.61 
 
 
478 aa  76.3  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2063  hypothetical protein  32.31 
 
 
459 aa  75.9  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.731281  normal  0.359849 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1535  hypothetical protein  33.58 
 
 
457 aa  73.6  0.000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2979  hypothetical protein  29.32 
 
 
464 aa  73.6  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.213619  normal  0.0308944 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3739  hypothetical protein  32.52 
 
 
428 aa  71.2  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.459045 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0828  hypothetical protein  25.6 
 
 
465 aa  71.2  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.169587  normal  0.89588 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3692  hypothetical protein  32.64 
 
 
466 aa  68.9  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.24021  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3220  hypothetical protein  31.71 
 
 
429 aa  66.6  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.309685  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2287  hypothetical protein  27.74 
 
 
467 aa  65.5  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.125629  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0165  hypothetical protein  30.56 
 
 
451 aa  65.1  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4311  hypothetical protein  34 
 
 
514 aa  64.3  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0701408  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2874  hypothetical protein  30.32 
 
 
555 aa  63.5  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1873  hypothetical protein  35.53 
 
 
408 aa  58.9  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0165  hypothetical protein  30 
 
 
595 aa  56.6  0.0000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.820724 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3645  SMC domain protein  24.36 
 
 
386 aa  56.6  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3580  hypothetical protein  24.52 
 
 
510 aa  54.3  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00103089  normal  0.191716 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1497  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.86 
 
 
573 aa  53.9  0.000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1107  hypothetical protein  25.24 
 
 
591 aa  52.4  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000952777  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1703  hypothetical protein  39.74 
 
 
457 aa  51.6  0.00002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0867999  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1846  ATPase-like protein  28.57 
 
 
409 aa  49.7  0.00008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207391  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2912  SMC protein-like  42.59 
 
 
418 aa  48.9  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.492401  normal  0.0605125 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0805  hypothetical protein  22.49 
 
 
390 aa  49.3  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1302  ATPase-like  47.83 
 
 
419 aa  49.3  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000145655  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0640  hypothetical protein  39.19 
 
 
461 aa  48.5  0.0002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1288  SMC domain protein  28.33 
 
 
417 aa  48.1  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0947514  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  37.04 
 
 
371 aa  48.9  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1311  hypothetical protein  27.01 
 
 
508 aa  47.8  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.139269  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1029  hypothetical protein  31.34 
 
 
565 aa  48.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0211  ATPase  21.41 
 
 
586 aa  47.8  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0158049  hitchhiker  0.00000676149 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  35.96 
 
 
380 aa  47  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  35.96 
 
 
380 aa  47  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1751  hypothetical protein  32 
 
 
513 aa  46.6  0.0007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.648429 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6914  initiation factor 2 associated domain-containing protein  22.87 
 
 
680 aa  46.6  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.622246  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0144  ATPase  22.19 
 
 
565 aa  46.6  0.0007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0943  hypothetical protein  40.35 
 
 
565 aa  45.4  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.000000190881  hitchhiker  0.00360431 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1281  hypothetical protein  37.25 
 
 
460 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1310  hypothetical protein  37.25 
 
 
460 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1171  ATPase, RecF-like protein  20.72 
 
 
390 aa  45.8  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2057  putative ATPase  19.68 
 
 
341 aa  45.4  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0505  ATP-dependent endonuclease, OLD family protein  38.18 
 
 
663 aa  45.1  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0949649  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0197  ATPase-like protein  34.48 
 
 
367 aa  45.4  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.875501  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2706  hypothetical protein  20.11 
 
 
395 aa  44.3  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0225  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.26 
 
 
578 aa  44.7  0.003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000140656 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2294  hypothetical protein  34.94 
 
 
549 aa  44.7  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.646796  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1604  hypothetical protein  30.77 
 
 
685 aa  43.9  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1517  hypothetical protein  36.46 
 
 
556 aa  44.3  0.004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.019243  normal  0.812738 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3600  ATPase-like protein  36.84 
 
 
416 aa  44.3  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.960092 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3397  hypothetical protein  20.11 
 
 
395 aa  44.3  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.213945  normal  0.39672 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0013  RecF/RecN/SMC domain protein  25.66 
 
 
362 aa  43.9  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3567  OLD family ATP-dependent endonuclease-like protein  22.25 
 
 
604 aa  44.3  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.274046 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0173  hypothetical protein  55.56 
 
 
729 aa  43.9  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5019  ATPase, RecF-like protein  38.33 
 
 
388 aa  43.9  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3134  hypothetical protein  21.95 
 
 
390 aa  43.9  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4093  SMC domain protein  47.73 
 
 
454 aa  43.5  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.136453  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1745  hypothetical protein  32.93 
 
 
323 aa  43.5  0.006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000814918  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2755  hypothetical protein  25.19 
 
 
370 aa  43.5  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0135345  normal  0.421403 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1320  SMC domain protein  45.45 
 
 
422 aa  43.5  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0883509  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2545  ATPase-like  43.48 
 
 
419 aa  43.1  0.007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000977998  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1569  ATPase-like protein  36.21 
 
 
354 aa  43.1  0.008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.768338  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2849  chromosome segregation protein SMC  27.07 
 
 
1133 aa  43.1  0.008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000354618  unclonable  0.0000000590997 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2848  ATP-dependent OLD family endonuclease  34.83 
 
 
674 aa  42.7  0.009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.351188  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3711  SMC domain protein  27.08 
 
 
653 aa  42.7  0.01  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>