More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0393 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_0393  alpha amylase catalytic region  100 
 
 
735 aa  1480    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0232636 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0138  alpha amylase, catalytic region  71.49 
 
 
732 aa  1057    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3868  alpha amylase catalytic region  34.16 
 
 
752 aa  397  1e-109  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1076  alpha amylase domain-containing protein  33.28 
 
 
685 aa  303  6.000000000000001e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.819574 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1141  alpha amylase, catalytic region  26.1 
 
 
422 aa  97.1  1e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1179  alpha amylase catalytic region  25.76 
 
 
422 aa  95.9  2e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01125  alpha-amylase, putative  23.95 
 
 
434 aa  95.5  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1813  alpha amylase catalytic region  24.38 
 
 
459 aa  92.4  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1713  alpha amylase catalytic region  23.67 
 
 
426 aa  90.9  7e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0746329  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09700  alpha amylase  29.51 
 
 
426 aa  87  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0869  alpha amylase catalytic region  24.24 
 
 
459 aa  82  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05105  alpha-amylase, putative  22.54 
 
 
478 aa  78.6  0.0000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.289074  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2810  alpha amylase, catalytic region  21.63 
 
 
450 aa  76.6  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2732  alpha amylase, catalytic region  21.95 
 
 
463 aa  75.9  0.000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.839185  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0698  alpha amylase catalytic region  22.17 
 
 
510 aa  70.9  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1208  Ig domain-containing protein  25.84 
 
 
1048 aa  69.3  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2541  alpha amylase catalytic region  19.8 
 
 
467 aa  68.9  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0134925 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0209  alpha amylase catalytic region  21.84 
 
 
587 aa  68.2  0.0000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.214929  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1210  alpha amylase, catalytic region  20.68 
 
 
460 aa  67.4  0.0000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1604  Alpha amylase, catalytic region  23.64 
 
 
688 aa  66.6  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2678  trehalose synthase  25.47 
 
 
1115 aa  65.1  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2712  alpha amylase catalytic region  27.36 
 
 
1124 aa  65.1  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.576573  normal  0.0633095 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2939  alpha amylase catalytic region  27.36 
 
 
1124 aa  65.1  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000998182 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1313  alpha amylase, catalytic domain protein  23.13 
 
 
459 aa  63.9  0.000000009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0851  Amylo-alpha-16-glucosidase  25.42 
 
 
1433 aa  63.5  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.203263  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2030  alpha amylase domain-containing protein  23.88 
 
 
672 aa  62.8  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.219861  normal  0.850819 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2940  trehalose synthase  31.2 
 
 
1088 aa  63.2  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00795057 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2713  trehalose synthase  31.2 
 
 
1088 aa  63.2  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.352676 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3202  trehalose synthase  24.44 
 
 
572 aa  63.2  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.169478  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3101  trehalose synthase  24.44 
 
 
553 aa  62.8  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.729849  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2834  alpha amylase catalytic region  30.22 
 
 
1124 aa  62.4  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0564528 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3002  trehalose synthase-like  23.25 
 
 
572 aa  62  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.205935  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7547  alpha amylase catalytic region  23.87 
 
 
1122 aa  62.4  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250555  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6808  alpha amylase catalytic region  24.77 
 
 
1122 aa  62  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0740602  normal  0.515818 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4335  alpha amylase catalytic region  28.36 
 
 
1753 aa  62  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.167512  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0314  alpha amylase, catalytic region  24.16 
 
 
646 aa  62  0.00000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2553  alpha,alpha-phosphotrehalase  22.13 
 
 
563 aa  62  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4167  alpha amylase catalytic region  24.29 
 
 
574 aa  61.6  0.00000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.718668  hitchhiker  0.00459901 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3071  alpha amylase catalytic region  23.01 
 
 
674 aa  61.2  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.224313  normal  0.685148 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2835  trehalose synthase  30.4 
 
 
1088 aa  61.6  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0758325  normal  0.0859996 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0501  alpha amylase domain-containing protein  24.79 
 
 
476 aa  60.8  0.00000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.259034  normal  0.140596 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1815  alpha amylase catalytic region  26.09 
 
 
672 aa  60.8  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474679  normal  0.202822 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3659  alpha amylase catalytic region  25.57 
 
 
672 aa  60.8  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0914458  hitchhiker  0.00000417514 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0810  alpha amylase, catalytic region  26.87 
 
 
540 aa  60.1  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553058  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0496  alpha,alpha-phosphotrehalase  22.98 
 
 
546 aa  60.5  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0509  alpha,alpha-phosphotrehalase  22.98 
 
 
546 aa  60.5  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2260  alpha amylase catalytic region  24.61 
 
 
552 aa  59.3  0.0000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0144984  normal  0.633948 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1419  alpha amylase, catalytic region  25.09 
 
 
708 aa  60.1  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.624823 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0789  cymH protein  22.17 
 
 
610 aa  59.7  0.0000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0528  trehalose-6-phosphate hydrolase  25 
 
 
554 aa  58.9  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.664084  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3310  alpha amylase, catalytic region  23.44 
 
 
575 aa  59.3  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21691  glycoside hydrolase family protein  28.89 
 
 
483 aa  58.9  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0470032 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2445  putative Alpha amylase  26.9 
 
 
734 aa  58.9  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03667  alpha-amylase  24.38 
 
 
1038 aa  58.5  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533907  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2934  alpha amylase, catalytic region  25.19 
 
 
1022 aa  58.5  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.124614  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2605  alpha amylase family protein  24.89 
 
 
420 aa  58.2  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.242593  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2969  alpha amylase catalytic region  22.87 
 
 
524 aa  58.5  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0802  glycosy hydrolase family protein  21.74 
 
 
610 aa  57.8  0.0000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.124248  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1934  alpha amylase catalytic region  22.76 
 
 
643 aa  57.8  0.0000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3692  alpha amylase catalytic region  23.03 
 
 
551 aa  57.4  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0034  alpha amylase catalytic region  25.51 
 
 
663 aa  57.8  0.0000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0827  alpha amylase catalytic region  22.27 
 
 
687 aa  57.4  0.0000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1598  trehalose synthase  28.8 
 
 
1092 aa  57.4  0.0000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0248685 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2534  Alpha amylase, catalytic region  23.85 
 
 
664 aa  57.4  0.0000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1294  alpha amylase, catalytic domain protein  21.94 
 
 
566 aa  57.4  0.0000009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1621  alpha,alpha-phosphotrehalase  20.87 
 
 
563 aa  57.4  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.459004  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4060  alpha-amylase family protein  28.17 
 
 
661 aa  57  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.203382  normal  0.586391 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7546  trehalose synthase  29.6 
 
 
1088 aa  57  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455626  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3014  trehalose synthase  28.8 
 
 
1094 aa  57.4  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602191 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16160  alpha amylase catalytic region  20.69 
 
 
582 aa  57.4  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.135656  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5242  alpha amylase catalytic region  24.68 
 
 
538 aa  56.6  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0917  alpha amylase, catalytic region  25.97 
 
 
542 aa  57.4  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0083  alpha amylase, catalytic region  20.92 
 
 
560 aa  57  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0810365  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1783  alpha amylase, catalytic region  28.17 
 
 
672 aa  57  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00829372  normal  0.075062 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4291  alpha amylase catalytic region  25.39 
 
 
528 aa  56.6  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.57141  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0086  isoamylase  22.82 
 
 
694 aa  56.2  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1856  Alpha amylase, catalytic region  22.12 
 
 
586 aa  56.2  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1109  alpha amylase, catalytic region  26.32 
 
 
715 aa  56.6  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.573693  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0040  glucosidase  22.12 
 
 
556 aa  56.6  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3154  putative trehalose synthase  23.66 
 
 
1100 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1599  alpha amylase catalytic region  24.88 
 
 
1126 aa  55.8  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.863275  hitchhiker  0.00182412 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3419  hypothetical protein  25.06 
 
 
481 aa  55.5  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.488491  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1318  alpha amylase catalytic region  26.86 
 
 
486 aa  55.8  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.844059  normal  0.130735 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2968  trehalose synthase  28.1 
 
 
553 aa  55.8  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36730  putative trehalose synthase  23.66 
 
 
1100 aa  55.8  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.631838 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0540  alpha amylase catalytic region  26.16 
 
 
1037 aa  55.8  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0480393 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5565  alpha-amylase-related protein  26.74 
 
 
1082 aa  55.8  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0938  maltodextrin glucosidase  28.14 
 
 
590 aa  55.5  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.275177  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2906  Alpha amylase, catalytic region  27.41 
 
 
524 aa  55.1  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4791  trehalose synthase  26.89 
 
 
1114 aa  55.1  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0872883  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2537  alpha amylase, catalytic region  24.92 
 
 
692 aa  55.1  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2761  alpha-amylase family protein  28.23 
 
 
1108 aa  54.7  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.142181  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2490  Alpha amylase, catalytic region  28.46 
 
 
1108 aa  54.7  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1785  alpha amylase, catalytic region  27.52 
 
 
724 aa  54.7  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.649993  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4269  alpha amylase catalytic region  25.13 
 
 
528 aa  54.7  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09460  alpha amylase catalytic region  21.76 
 
 
563 aa  54.7  0.000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0188478  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0821  alpha amylase family protein  26.92 
 
 
1131 aa  54.3  0.000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.145364  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0660  alpha amylase, catalytic region  26.04 
 
 
484 aa  54.7  0.000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3860  alpha amylase, catalytic region  33.9 
 
 
695 aa  54.3  0.000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3939  alpha amylase catalytic region  23.15 
 
 
1196 aa  54.3  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>