71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0068 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_0068  hypothetical protein  100 
 
 
464 aa  960    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00010049  hitchhiker  0.00158155 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4009  hypothetical protein  64.36 
 
 
512 aa  339  7e-92  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000517991  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00410  adenine-specific DNA modification methyltransferase  22.97 
 
 
412 aa  114  5e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1833  hypothetical protein  25.96 
 
 
444 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5607  modification methylase, putative  23.94 
 
 
430 aa  103  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0295584  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1233  hypothetical protein  27.83 
 
 
438 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241867  normal  0.73055 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1122  DNA methyltransferase  24.43 
 
 
416 aa  102  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.909173  normal  0.0173084 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2284  hypothetical protein  25.99 
 
 
450 aa  102  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1872  hypothetical protein  28.19 
 
 
433 aa  99.8  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.682405  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0325  hypothetical protein  24.23 
 
 
431 aa  98.2  3e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.103576  hitchhiker  0.00000188519 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4397  hypothetical protein  29.39 
 
 
475 aa  97.8  4e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.050702 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3799  putative RNA methylase  32.62 
 
 
393 aa  96.3  9e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1000  DNA methyltransferase  24.08 
 
 
472 aa  96.3  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0227  adenine-specific DNA modification methyltransferase  22.8 
 
 
877 aa  93.2  8e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0765559  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4787  hypothetical protein  22.97 
 
 
441 aa  93.6  8e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4359  hypothetical protein  24.55 
 
 
425 aa  89.7  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000708265  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0958  hypothetical protein  22.12 
 
 
408 aa  89.7  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00607753 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1306  hypothetical protein  23.54 
 
 
414 aa  87.8  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000125163  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5606  modification methylase, putative  22.62 
 
 
438 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0166814  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1917  putative modification methylase  23.48 
 
 
482 aa  82.8  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0419467  hitchhiker  0.0000000000400101 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3922  hypothetical protein  21.2 
 
 
439 aa  79  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.0070396  normal  0.271721 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3873  hypothetical protein  21.2 
 
 
439 aa  79  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4223  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  23.79 
 
 
947 aa  78.2  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1658  adenine-specific DNA methylase  24.27 
 
 
416 aa  76.3  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000448906  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1426  hypothetical protein  24.07 
 
 
432 aa  75.1  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1303  adenine-specific DNA methylase  23.48 
 
 
418 aa  70.5  0.00000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404813  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3012  site-specific DNA-methyltransferase (cytosine-specific)  22.25 
 
 
477 aa  70.9  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2251  hypothetical protein  25.71 
 
 
393 aa  69.7  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6814  hypothetical protein  28.69 
 
 
433 aa  68.9  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.823873  normal  0.941535 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3603  adenine-specific DNA methylase  22.67 
 
 
453 aa  67.4  0.0000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0931  adenine-specific DNA methylase  23.34 
 
 
412 aa  67.4  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.316794  normal  0.515459 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3691  hypothetical protein  21.78 
 
 
313 aa  67.4  0.0000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.454673  normal  0.0109558 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3181  site-specific DNA-methyltransferase (cytosine-specific)  21.09 
 
 
482 aa  67  0.0000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0621069 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4038  putative RNA methylase  22.46 
 
 
483 aa  66.6  0.0000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846703 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1918  putative modification methylase  22.25 
 
 
353 aa  66.2  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00266275  hitchhiker  0.00000000000360377 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0894  hypothetical protein  30.63 
 
 
445 aa  65.1  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.118931  hitchhiker  0.00000342492 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2226  hypothetical protein  22.52 
 
 
467 aa  64.3  0.000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.113996  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0407  site-specific DNA-methyltransferase (cytosine-specific)  22.37 
 
 
476 aa  59.7  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.144423 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1456  putative RNA methylase  23.64 
 
 
463 aa  58.2  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.270738 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1242  modification methylase  22.94 
 
 
441 aa  55.5  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00503065  hitchhiker  0.00000000592753 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3939  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  24.54 
 
 
633 aa  53.1  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2828  hypothetical protein  21.18 
 
 
474 aa  51.6  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0953  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  41.67 
 
 
372 aa  51.2  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.752338  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1620  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  23.81 
 
 
414 aa  51.2  0.00004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0382  protein of unknown function DUF1156  42.62 
 
 
894 aa  50.8  0.00005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.41417  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0328  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  23.38 
 
 
383 aa  50.4  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1725  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.01 
 
 
524 aa  48.5  0.0002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000110429  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3593  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  43.08 
 
 
372 aa  49.3  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.316349  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0329  hypothetical protein  24.56 
 
 
417 aa  48.5  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0684  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  26.79 
 
 
528 aa  47.8  0.0005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3347  adenine-specific DNA methylase  42.86 
 
 
878 aa  47.4  0.0005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0591  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  65.52 
 
 
308 aa  45.8  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000342774  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0332  type II DNA modification methyltransferase M.TdeIII  28.57 
 
 
530 aa  45.4  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00994221  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2281  adenine-specific DNA methylase  27.64 
 
 
751 aa  45.1  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0186187  hitchhiker  0.00483181 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0605  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  65.52 
 
 
308 aa  45.8  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000183696  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1717  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  19.71 
 
 
739 aa  45.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.0000410476  hitchhiker  0.00177802 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2450  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  30.51 
 
 
368 aa  44.7  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1681  cyclase family protein  21.84 
 
 
366 aa  44.7  0.003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.259173  hitchhiker  0.0000210949 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0642  hypothetical protein  25 
 
 
435 aa  44.7  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0899  hypothetical protein  38.18 
 
 
284 aa  44.7  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000386994  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0987  hypothetical protein  38.18 
 
 
297 aa  44.7  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.86692e-62 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2196  adenine-specific DNA methylase  37.23 
 
 
747 aa  44.7  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0801  methyltransferase  38.18 
 
 
317 aa  44.7  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0852  hypothetical protein  38.18 
 
 
317 aa  44.7  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0909  type II DNA modification methyltransferase M.TdeIII  32.22 
 
 
535 aa  44.7  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.90275  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4390  hypothetical protein  38.18 
 
 
317 aa  43.5  0.007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.043324  unclonable  2.45562e-26 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0941  hypothetical protein  38.18 
 
 
317 aa  43.5  0.007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00258982  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0793  putative RNA methylase  38.18 
 
 
317 aa  43.9  0.007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.314828  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2761  adenine-specific DNA methylase  34.62 
 
 
892 aa  43.1  0.009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26692  predicted protein  25.1 
 
 
411 aa  43.5  0.009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0281046  decreased coverage  0.00284905 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1080  hypothetical protein  38.18 
 
 
317 aa  43.1  0.009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.118177  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>