75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0063 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_0063  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
202 aa  380  1e-105  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0180593  normal  0.117773 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4013  peptidoglycan-binding LysM  65.9 
 
 
203 aa  233  1.0000000000000001e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0332681  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1699  Peptidoglycan-binding LysM  75 
 
 
183 aa  78.6  0.00000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.578392  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1088  peptidoglycan-binding LysM  38.27 
 
 
190 aa  74.3  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0155027  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1855  Peptidoglycan-binding LysM  39.68 
 
 
414 aa  68.6  0.00000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0821  Peptidoglycan-binding LysM  32.24 
 
 
164 aa  62.8  0.000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0727806 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3466  SH3 type 3 domain-containing protein  58.93 
 
 
1281 aa  61.2  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.180669  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0122  NLP/P60 protein  54.17 
 
 
301 aa  57.4  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.806641  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  31.67 
 
 
447 aa  56.2  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4505  PT repeat-containing protein  55 
 
 
453 aa  55.5  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1800  peptidase M23B  48.53 
 
 
412 aa  53.1  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0541473  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  34.25 
 
 
733 aa  52.8  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1825  Peptidoglycan-binding LysM  46.67 
 
 
128 aa  52.4  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0403  hypothetical protein  32.08 
 
 
938 aa  50.8  0.00001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.879706  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21400  Peptidoglycan-binding LysM  56.52 
 
 
500 aa  50.1  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1469  heat shock protein DnaJ domain-containing protein  35.59 
 
 
445 aa  49.7  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0854841  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0884  M24/M37 family peptidase  50 
 
 
427 aa  48.9  0.00004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0296  glycoside hydrolase family protein  47.87 
 
 
846 aa  49.3  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2994  peptidoglycan-binding protein  36.11 
 
 
467 aa  49.3  0.00004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00261839  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2207  Peptidase M23  41.18 
 
 
727 aa  48.9  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2270  Peptidase M23  41.18 
 
 
727 aa  48.9  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000539525  unclonable  0.00000000807187 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1171  peptidase M23B  54.35 
 
 
509 aa  48.5  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816034  normal  0.264871 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1069  peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 
168 aa  48.5  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.1908  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0425  peptidoglycan-binding LysM  44.74 
 
 
159 aa  48.1  0.00008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00647142  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5051  Peptidoglycan-binding LysM  44.59 
 
 
326 aa  48.1  0.00008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.517247  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0051  peptidoglycan-binding LysM  35.96 
 
 
436 aa  48.1  0.00009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.492826  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21410  Peptidoglycan-binding LysM  57.45 
 
 
530 aa  48.1  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0888  M24/M37 family peptidase  50 
 
 
427 aa  47.8  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0625  NLP/P60 protein  41.67 
 
 
466 aa  47.8  0.0001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00171515  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0639  peptidase M23B  48 
 
 
394 aa  47.8  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00338923  normal  0.454095 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1413  peptidoglycan-binding LysM  28.08 
 
 
323 aa  46.6  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00299984  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.12 
 
 
455 aa  47  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  52.17 
 
 
445 aa  46.6  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 
618 aa  46.2  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4610  peptidase M23  48.98 
 
 
788 aa  46.2  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.0000163265  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 
544 aa  46.2  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  50 
 
 
587 aa  45.8  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07930  cell wall hydrolase SleB  50 
 
 
310 aa  46.2  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  44.9 
 
 
1079 aa  45.8  0.0004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2339  peptidase M23B  38.46 
 
 
438 aa  46.2  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  46.81 
 
 
528 aa  45.8  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2089  Peptidase M23  42.31 
 
 
751 aa  45.1  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000016694 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0570  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  40.58 
 
 
452 aa  45.1  0.0008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000754253 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4504  PT repeat-containing protein  65.31 
 
 
456 aa  44.7  0.0009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3022  NLP/P60 protein  46.67 
 
 
289 aa  44.3  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.062405 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  45.28 
 
 
327 aa  44.3  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1800  peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 
503 aa  43.9  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.199953  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1238  Peptidoglycan-binding LysM  44.83 
 
 
179 aa  44.7  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000457742  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2662  lipoprotein  47.83 
 
 
538 aa  43.1  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0792091  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21721  LysM domain-containing protein  54.55 
 
 
499 aa  43.5  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0486774 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1782  Mannosyl-glycoproteinendo-beta-N- acetylglucosami dase  44.19 
 
 
300 aa  43.5  0.002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0480  NLP/P60 protein  54.35 
 
 
285 aa  43.9  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0218691  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1755  NLP/P60 protein  33.61 
 
 
255 aa  43.5  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2836  peptidoglycan-binding LysM  34.67 
 
 
583 aa  43.5  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00147111  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0014  glycoside hydrolase family 18  55.32 
 
 
428 aa  43.9  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1838  peptidoglycan-binding LysM  40.48 
 
 
443 aa  43.9  0.002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.858327  unclonable  0.000000000675364 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6355  Serine/threonine protein kinase-like protein  37.11 
 
 
599 aa  42.7  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.555336  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3195  peptidoglycan-binding LysM  45.65 
 
 
754 aa  42.7  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000999045  decreased coverage  0.00000682898 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1636  Peptidoglycan-binding LysM  35.92 
 
 
109 aa  43.1  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0489  cell wall hydrolase/autolysin  39.73 
 
 
560 aa  43.1  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000671829  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0054  cell wall hydrolase, SleB  48 
 
 
261 aa  43.1  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000771521 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0071  Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  26.02 
 
 
303 aa  42.7  0.004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.616993  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0598  peptidoglycan-binding LysM  37.04 
 
 
590 aa  42.4  0.004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  unclonable  0.0000000000165223  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2755  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.32 
 
 
581 aa  42.4  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00949544  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65370  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  50 
 
 
475 aa  42.4  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0527105  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.5 
 
 
612 aa  42  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 
612 aa  42  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4147  peptidoglycan-binding LysM  34.56 
 
 
250 aa  42  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0392634 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0679  hypothetical protein  47.73 
 
 
625 aa  42  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00239733  hitchhiker  0.00966173 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0836  hypothetical protein  43.9 
 
 
268 aa  42  0.007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000351202 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1612  Pectate lyase/Amb allergen  43.48 
 
 
1409 aa  41.6  0.007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0483  hypothetical protein  47.5 
 
 
476 aa  41.6  0.008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.105295 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1493  Peptidase M23  47.83 
 
 
530 aa  41.6  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.323244 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2063  Lytic transglycosylase catalytic  47.83 
 
 
445 aa  41.6  0.008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3173  peptidase M23B  47.83 
 
 
314 aa  41.2  0.009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000536198  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>