More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3400 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3400  tranporter transmembrane protein  100 
 
 
421 aa  827    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3292  major facilitator superfamily MFS_1  80.2 
 
 
439 aa  634    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3614  major facilitator superfamily MFS_1  80.05 
 
 
439 aa  624  1e-177  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5135  major facilitator transporter  69.06 
 
 
422 aa  553  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.203092 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1090  major facilitator transporter  69.6 
 
 
418 aa  531  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0155468 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1077  major facilitator transporter  38.66 
 
 
403 aa  273  6e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1550  major facilitator superfamily transporter  41.41 
 
 
426 aa  266  7e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00464954 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1277  major facilitator transporter  36.07 
 
 
410 aa  265  1e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0325  sugar efflux transporter  34.69 
 
 
403 aa  240  2.9999999999999997e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3965  major facilitator transporter  36.03 
 
 
413 aa  225  1e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.748751  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1175  major facilitator superfamily MFS_1  34.33 
 
 
419 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0759672  normal  0.955018 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5307  major facilitator superfamily MFS_1  31.98 
 
 
424 aa  196  7e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.535267  normal  0.123974 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3453  major facilitator superfamily MFS_1  31.9 
 
 
420 aa  194  2e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.403237  normal  0.0945543 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21230  catecholate siderophore efflux pump, MFS_1 family  34.2 
 
 
407 aa  152  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000768503  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2452  hypothetical protein  28.72 
 
 
408 aa  139  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.883759 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4255  Arabinose efflux permease-like protein  41.46 
 
 
217 aa  134  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0461  major facilitator superfamily MFS_1  28.21 
 
 
420 aa  129  7.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2009  major facilitator transporter  28.21 
 
 
408 aa  106  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.40621 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2559  major facilitator superfamily MFS_1  29.05 
 
 
400 aa  100  5e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.71803  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2463  multidrug resistance protein, putative  25.21 
 
 
398 aa  100  6e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.190584  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2744  major facilitator transporter  27.09 
 
 
391 aa  98.6  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3182  major facilitator transporter  26.55 
 
 
404 aa  97.8  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0607  major facilitator transporter  26.82 
 
 
391 aa  97.8  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2608  major facilitator transporter  27.09 
 
 
391 aa  97.4  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0892  major facilitator family transporter  28.49 
 
 
390 aa  97.4  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56640  putative MFS transporter  26.5 
 
 
388 aa  97.8  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4250  major facilitator transporter  27.73 
 
 
405 aa  96.7  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4926  MFS family transporter  26.5 
 
 
388 aa  96.7  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2440  major facilitator family transporter  28.21 
 
 
390 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0228  major facilitator family transporter  28.21 
 
 
390 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2718  major facilitator family transporter  28.21 
 
 
390 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2360  major facilitator family transporter  28.21 
 
 
390 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2719  major facilitator transporter  26.54 
 
 
391 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0727  major facilitator transporter  28.21 
 
 
390 aa  95.5  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0340  major facilitator transporter  26.29 
 
 
389 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0823  major facilitator transporter  26.29 
 
 
389 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414709  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0713  major facilitator transporter  28.21 
 
 
390 aa  94.4  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0635  major facilitator superfamily MFS_1  26.53 
 
 
385 aa  94  4e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.294822 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0593  major facilitator family transporter  28.13 
 
 
390 aa  93.6  6e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2560  major facilitator transporter  27.55 
 
 
389 aa  93.6  7e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2079  major facilitator transporter  26.26 
 
 
416 aa  93.2  8e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2691  major facilitator transporter  26.26 
 
 
391 aa  92.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2308  major facilitator transporter  27.81 
 
 
412 aa  92  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.209482 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1653  major facilitator superfamily MFS_1  27.71 
 
 
392 aa  91.7  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0146262  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3916  major facilitator transporter  26.6 
 
 
389 aa  92  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0793  major facilitator transporter  25.77 
 
 
389 aa  92  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2910  major facilitator superfamily MFS_1  27.79 
 
 
397 aa  91.3  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333909  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2692  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.97 
 
 
411 aa  90.5  5e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3344  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.97 
 
 
411 aa  90.1  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0616341 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2183  multidrug resistance protein  25.76 
 
 
400 aa  90.1  7e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.532431  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5131  major facilitator transporter  27.32 
 
 
402 aa  90.1  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.229934  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2528  multidrug resistance protein  25.76 
 
 
398 aa  89.7  8e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000149033  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3403  major facilitator transporter  27.35 
 
 
391 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1022  major facilitator transporter  24.93 
 
 
386 aa  88.2  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6019  major facilitator transporter  27.2 
 
 
391 aa  88.6  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0971  major facilitator transporter  24.93 
 
 
386 aa  88.2  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3250  major facilitator transporter  24.93 
 
 
386 aa  88.2  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000228404 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19440  arabinose efflux permease family protein  25.08 
 
 
421 aa  87.4  4e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.864683  normal  0.0256457 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3326  major facilitator superfamily MFS_1  24.6 
 
 
388 aa  87  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.139767 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4993  major facilitator transporter  25.94 
 
 
406 aa  86.3  9e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.400801  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20840  multidrug/chloramphenicol efflux transporter, major facilitator superfamily MFS_1  30.48 
 
 
403 aa  86.3  9e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.290056  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0421  arabinose efflux permease  26.34 
 
 
400 aa  86.3  9e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.468263  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3712  major facilitator superfamily MFS_1  27.47 
 
 
391 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0196377 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4500  major facilitator superfamily transporter  25.84 
 
 
405 aa  85.5  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1840  major facilitator transporter  28.1 
 
 
403 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0958  major facilitator superfamily transporter  27.1 
 
 
399 aa  85.1  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.596734  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0076  major facilitator transporter  26.03 
 
 
391 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0633  major facilitator transporter  24.33 
 
 
388 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.510644 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06496  hypothetical protein  24.1 
 
 
395 aa  84.7  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3838  major facilitator transporter  23.21 
 
 
384 aa  84.7  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5955  sugar efflux transporter  26.4 
 
 
417 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0541401 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4357  major facilitator family transporter  23.74 
 
 
388 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0415  major facilitator transporter  24.53 
 
 
392 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.240789 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4052  major facilitator transporter  25.07 
 
 
388 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0787542  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3596  major facilitator superfamily MFS_1  27.9 
 
 
391 aa  84.3  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.357847 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1377  transporter, putative  20.98 
 
 
399 aa  84  0.000000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2432  major facilitator transporter  24.27 
 
 
385 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122726  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2540  major facilitator superfamily protein MFS_1  27.4 
 
 
388 aa  84  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2222  multidrug resistance protein  24.65 
 
 
398 aa  83.6  0.000000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000329957  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1897  major facilitator transporter  27.61 
 
 
397 aa  83.6  0.000000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2154  major facilitator family transporter  26.09 
 
 
400 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4890  major facilitator superfamily transporter  28.53 
 
 
403 aa  83.2  0.000000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0143  major facilitator superfamily MFS_1  27.37 
 
 
406 aa  83.6  0.000000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0914  MFS transporter  26.62 
 
 
395 aa  83.2  0.000000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1256  transporter, putative  21.25 
 
 
399 aa  82.4  0.00000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3898  major facilitator superfamily MFS_1  26.33 
 
 
404 aa  82.8  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.82159  normal  0.735977 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2693  major facilitator family transporter  26.98 
 
 
389 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3594  major facilitator transporter  27 
 
 
393 aa  82  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.273434  normal  0.575034 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2052  major facilitator family transporter  26.98 
 
 
389 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00152251  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8422  MFS transporter  31.61 
 
 
399 aa  82  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0668  MFS transporter  23.35 
 
 
387 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1917  major facilitator family transporter  26.98 
 
 
389 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.214346  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0861  major facilitator family transporter  26.98 
 
 
389 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0136838  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1201  major facilitator transporter  26.79 
 
 
383 aa  82  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.915784  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0592  major facilitator superfamily MFS_1  25.21 
 
 
383 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0179102 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5167  major facilitator family transporter  23.34 
 
 
390 aa  82  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5727  major facilitator transporter  25.25 
 
 
434 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0872  putative transport transmembrane protein  28.24 
 
 
425 aa  81.3  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.661394  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5260  major facilitator family transporter  23.62 
 
 
414 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00289219  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4844  major facilitator transporter  24.39 
 
 
431 aa  81.6  0.00000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>