52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3257 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3257  putative signal peptide protein  100 
 
 		 152 aa  301  3.0000000000000004e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3127  hypothetical protein  86.84 
 
 		 151 aa  243  6e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3455  hypothetical protein  86.18 
 
 		 151 aa  241  3e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3421  putative signal peptide protein  68.42 
 
 		 152 aa  208  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3253  putative signal peptide protein  68.42 
 
 		 152 aa  185  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3773  hypothetical protein  54.78 
 
 		 143 aa  132  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1593  hypothetical protein  54.87 
 
 		 113 aa  125  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0563903  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1669  hypothetical protein  54.87 
 
 		 113 aa  124  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2282  hypothetical protein  53.98 
 
 		 113 aa  124  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0808  hypothetical protein  38.56 
 
 		 145 aa  109  1.0000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.893436  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1837  hypothetical protein  48.7 
 
 		 150 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.412927 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1031  hypothetical protein  41.73 
 
 		 145 aa  107  4.0000000000000004e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.454179 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2431  putative signal peptide protein  40.87 
 
 		 137 aa  102  3e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4145  protein of unknown function DUF1791  36.54 
 
 		 153 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1398  domain of unknown function DUF1791  36.23 
 
 		 150 aa  68.6  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0564  hypothetical protein  34.85 
 
 		 147 aa  67  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0120  protein of unknown function DUF1791  35.26 
 
 		 154 aa  64.7  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0768427 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2602  hypothetical protein  35.29 
 
 		 115 aa  63.9  0.0000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00587907  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3197  hypothetical protein  35.83 
 
 		 114 aa  61.6  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.218996 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0466  hypothetical protein  34.17 
 
 		 115 aa  60.8  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0015  hypothetical protein  34.48 
 
 		 112 aa  60.8  0.000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000351673  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0130  hypothetical protein  33.33 
 
 		 111 aa  59.7  0.00000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.314669  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1221  hypothetical protein  33.07 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1803  hypothetical protein  33.88 
 
 		 116 aa  59.3  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.268314 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1583  hypothetical protein  31.15 
 
 		 119 aa  58.5  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0253638  normal  0.163534 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1472  hypothetical protein  29.85 
 
 		 151 aa  57.4  0.00000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00198336  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0692  Domain of unknown function DUF1791  32.3 
 
 		 147 aa  57  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0872755 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0468  hypothetical protein  36 
 
 		 111 aa  57  0.00000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0179279  hitchhiker  0.0000000186223 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0691  Domain of unknown function DUF1791  33.33 
 
 		 146 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0623346 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0093  hypothetical protein  32.77 
 
 		 116 aa  56.6  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0805  hypothetical protein  31.65 
 
 		 150 aa  55.8  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0536  hypothetical protein  33.87 
 
 		 123 aa  53.9  0.0000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3680  hypothetical protein  34 
 
 		 140 aa  52.8  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.803572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0468  hypothetical protein  35.24 
 
 		 112 aa  53.1  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3213  hypothetical protein  30.91 
 
 		 177 aa  52.4  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0779  hypothetical protein  29.91 
 
 		 115 aa  51.6  0.000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.790907  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2301  Domain of unknown function DUF1791  34.48 
 
 		 162 aa  50.8  0.000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.583301  normal  0.0480111 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4871  hypothetical protein  29.03 
 
 		 151 aa  50.4  0.000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3212  hypothetical protein  28.07 
 
 		 176 aa  50.1  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1822  Domain of unknown function DUF1791  38.98 
 
 		 112 aa  48.1  0.00004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.699958  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3025  hypothetical protein  32.03 
 
 		 162 aa  47.8  0.00005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0267  hypothetical protein  26.27 
 
 		 144 aa  47.4  0.00006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000206306  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0896  hypothetical protein  24.52 
 
 		 163 aa  47  0.0001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1233  hypothetical protein  26.5 
 
 		 116 aa  45.1  0.0004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.83649  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2490  hypothetical protein  30.61 
 
 		 161 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2583  hypothetical protein  28 
 
 		 150 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0065  hypothetical protein  35.71 
 
 		 112 aa  43.1  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1626  hypothetical protein  28.95 
 
 		 110 aa  42  0.003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0173  hypothetical protein  30.33 
 
 		 159 aa  41.6  0.004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.129014  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6946  Domain of unknown function DUF1791  27.63 
 
 		 151 aa  41.6  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0056  hypothetical protein  31.29 
 
 		 158 aa  41.2  0.005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0095  Domain of unknown function DUF1791  31.63 
 
 		 176 aa  41.2  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.921438  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>