176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3182 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3182  activation/secretion signal peptide protein  100 
 
 
583 aa  1169    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS04812  activation/secretion signal peptide protein  98.37 
 
 
583 aa  1093    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.191028  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2932  hemolysin activator HlyB  61.4 
 
 
582 aa  703    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5055  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  81.41 
 
 
575 aa  901    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.208925  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5444  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  53.42 
 
 
608 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.910139 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0153  putative activation/secretion protein  53.25 
 
 
602 aa  579  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7334  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  49.17 
 
 
610 aa  533  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.285673 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6761  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  48.22 
 
 
597 aa  524  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306562  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5358  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  48.37 
 
 
580 aa  522  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1421  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  38.27 
 
 
565 aa  374  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161335  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4403  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  30.99 
 
 
557 aa  210  5e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2002  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  31.1 
 
 
549 aa  209  1e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2178  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  27.47 
 
 
554 aa  203  8e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2523  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  27.48 
 
 
554 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1529  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  28.32 
 
 
585 aa  193  7e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0450756  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5773  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  30.65 
 
 
573 aa  193  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.105583  normal  0.539774 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0052  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  28.91 
 
 
568 aa  191  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.148517  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1912  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  29.89 
 
 
558 aa  192  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0042  hypothetical protein  30.75 
 
 
562 aa  182  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2776  hypothetical protein  30.54 
 
 
562 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.816054  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32780  hypothetical protein  30.38 
 
 
565 aa  177  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.917181  hitchhiker  0.00000323092 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3230  hemolysin activator protein, HlyB family  29.9 
 
 
569 aa  177  6e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3152  hemolysin activator HlyB  27.4 
 
 
570 aa  174  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0575639  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00490  putative hemolysin activation/secretion protein  29.16 
 
 
562 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.612794 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0066  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  27.27 
 
 
560 aa  169  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4029  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  25.8 
 
 
591 aa  160  6e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000138882  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2610  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  25.8 
 
 
591 aa  159  2e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000294226  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02577  activation/secretion protein  27.27 
 
 
578 aa  157  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0875463  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0282  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  25.58 
 
 
591 aa  157  8e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00122083  n/a   
 
 
-
 
NC_013518  Sterm_4182  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  26.19 
 
 
592 aa  154  4e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0159904  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02975  outer membrane hemolysin activator protein  28.69 
 
 
570 aa  152  1e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1621  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  27.74 
 
 
562 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1518  ShlB/FhaC/HecB family haemolysin secretion/activation protein  27.74 
 
 
562 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0112  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  27.6 
 
 
574 aa  148  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.034369 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0300  hemolysin activator protein  25.85 
 
 
562 aa  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00625551  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6356  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  27.91 
 
 
563 aa  143  8e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2120  outer membrane hemolysin activator protein  27.18 
 
 
581 aa  143  9.999999999999999e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3792  hemolysin activator HlyB  28.09 
 
 
575 aa  141  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.609243  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2040  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  26.82 
 
 
581 aa  139  2e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.354299  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4641  hemolysin activator protein  28.87 
 
 
570 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0571  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  27.81 
 
 
562 aa  133  9e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1084  ShlB/FhaC/HecB family haemolysin secretion/activation protein  27.65 
 
 
562 aa  133  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4292  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.78 
 
 
593 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.185481  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0509  ShlB/FhaC/HecB family haemolysin secretion/activation protein  27.77 
 
 
562 aa  132  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4522  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  27.29 
 
 
582 aa  129  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4481  hemolysin activator HlyB domain-containing protein  26.86 
 
 
558 aa  128  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.359281  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5729  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.64 
 
 
594 aa  124  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.503116  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2328  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  25.08 
 
 
580 aa  124  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.398356  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2800  outer membrane hemolysin activator protein  25.44 
 
 
586 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1169  outer membrane hemolysin activator protein  25.71 
 
 
586 aa  121  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.640849  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0371  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  26.16 
 
 
585 aa  120  7e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4271  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  26.36 
 
 
560 aa  118  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.214751  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2721  outer membrane hemolysin activator protein  24.87 
 
 
578 aa  117  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1450  TPS family activation/secretion protein  27.57 
 
 
565 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.548227  normal  0.440482 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4169  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25 
 
 
559 aa  115  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.987649 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0432  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  26.73 
 
 
592 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.975087  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7312  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.88 
 
 
595 aa  111  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.027625  normal  0.0739719 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3644  putative activator/secretion protein  26.04 
 
 
584 aa  110  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2348  surface antigen variable number  24.14 
 
 
588 aa  109  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.825907  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2842  putative activation/secretion signal peptide protein, HlyB like  24.27 
 
 
584 aa  109  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0483717  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4078  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  26.45 
 
 
581 aa  109  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2070  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.47 
 
 
584 aa  108  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1278  outer membrane hemolysin activator protein  24.12 
 
 
585 aa  108  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03929  activation/secretion signal peptide protein  25.2 
 
 
590 aa  107  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1125  hemolysin activation/secretion protein  24.12 
 
 
585 aa  108  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000467799  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1132  hemolysin activation/secretion protein  24.12 
 
 
568 aa  108  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.330921  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1537  putative hemolysin activation protein HecB  23.68 
 
 
566 aa  107  7e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.395998  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0888  activation/secretion protein  25.51 
 
 
590 aa  106  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.60277 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2481  HlyB family hemolysin activator protein  27.36 
 
 
554 aa  106  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179079  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2342  HlyB family hemolysin activator protein  27.6 
 
 
554 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3879  outer membrane hemolysin activator protein  24.36 
 
 
561 aa  104  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4466  surface antigen (D15)  24.87 
 
 
585 aa  103  6e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2439  ShlB/FhaC/HecB family haemolysin secretion/activation protein  23.31 
 
 
553 aa  103  8e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00155436  decreased coverage  0.0000110124 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0484  hemolysin activator HlyB  25.57 
 
 
572 aa  103  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1779  activation/secretion signal peptide protein  23.66 
 
 
564 aa  102  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000346081  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5340  hemolysin activator translocator  26.68 
 
 
588 aa  102  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0375  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.42 
 
 
568 aa  102  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0802  HlyB family hemolysin activator protein  27.4 
 
 
551 aa  101  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.761952  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1613  HlyB family hemolysin activator protein  27.45 
 
 
558 aa  102  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1821  HlyB family hemolysin activator protein  27.51 
 
 
554 aa  102  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0491  HlyB family hemolysin activator protein  27.45 
 
 
558 aa  102  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0014  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  23.79 
 
 
563 aa  100  6e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2157  hemolysin activator HlyB domain-containing protein  23.31 
 
 
553 aa  98.6  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0094  hemolysin activator HlyB  24.09 
 
 
574 aa  98.2  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3782  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  23.26 
 
 
586 aa  97.8  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.627469  normal  0.463538 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1757  HlyB family hemolysin activator protein  27.64 
 
 
520 aa  96.7  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.598538  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4182  surface antigen variable number  25.74 
 
 
608 aa  96.7  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000105717 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3716  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  27.33 
 
 
593 aa  95.5  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.6234 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4730  hemolysin activator HlyB domain-containing protein  21.61 
 
 
550 aa  94.7  4e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.370373  normal  0.925288 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4426  surface antigen variable number  24.27 
 
 
595 aa  94.4  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2173  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.36 
 
 
692 aa  94  7e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0036053  normal  0.421945 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1048  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  23.68 
 
 
561 aa  93.6  8e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0850333 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4076  ShlB/FhaC/HecB family haemolysin secretion/activation protein  22.84 
 
 
556 aa  92.4  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1153  OMP85 family outer membrane protein  24.36 
 
 
558 aa  91.3  5e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0086  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  22.84 
 
 
587 aa  90.1  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0608  ATP phosphoribosyltransferase (ATP-PRTase; ATP-PRT)  22.31 
 
 
590 aa  88.2  4e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2045  ShlB/FhaC/HecB family haemolysin secretion/activation protein  23.98 
 
 
513 aa  87.4  6e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102664  n/a   
 
 
-
 
NC_009795  CCC13826_1681  putative periplasmic protein  22.5 
 
 
590 aa  85.9  0.000000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1143  surface antigen (D15)  21.89 
 
 
584 aa  86.3  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0908627  decreased coverage  0.00528068 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1282  hemolysin activator-related protein  22.59 
 
 
539 aa  84.3  0.000000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.395972 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>