More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3140 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3140  putative serine protease protein  100 
 
 		 305 aa  623  1e-177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3072  putative serine protease protein  75.6 
 
 		 306 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3418  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  75 
 
 		 306 aa  435  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0843  Sel1 repeat-containing protein  41.3 
 
 		 482 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0266  trypsin domain-containing protein  36.68 
 
 		 395 aa  115  7.999999999999999e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1924  endopeptidase  36.68 
 
 		 395 aa  114  3e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3396  trypsin-like serine protease  38.73 
 
 		 338 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0221978 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2673  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  35.56 
 
 		 379 aa  104  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.314842 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1064  protease DO  35.29 
 
 		 467 aa  97.8  2e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0185007  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3052  peptidase S1C, HrtA/DegP2/Q/S  31.25 
 
 		 772 aa  97.8  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00233494  normal  0.413301 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3107  protease Do  38.41 
 
 		 504 aa  96.7  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.202807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3676  peptidase S1C, Do  37.35 
 
 		 503 aa  96.7  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.769411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3417  peptidase S1C, Do  35.64 
 
 		 467 aa  93.2  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.966592  normal  0.139479 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0806  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  33.33 
 
 		 468 aa  92.8  6e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00374438  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0977  protease do  33.14 
 
 		 471 aa  92.4  9e-18  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1391  peptidase S1C, Do  34.08 
 
 		 496 aa  92  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.407109 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1761  2-alkenal reductase  36.63 
 
 		 370 aa  91.3  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000000380843  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3637  protease Do  35.38 
 
 		 463 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25969  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2317  protease Do  34.05 
 
 		 487 aa  90.5  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2702  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  39.27 
 
 		 366 aa  90.5  3e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.351014  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0671  protease Do  36.16 
 
 		 473 aa  90.1  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0470073  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0712  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  38.74 
 
 		 426 aa  90.1  5e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.482576 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2507  protease Do  35.5 
 
 		 461 aa  89.4  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0254484  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0779  periplasmic serine protease DO; heat shock protein HtrA  34.38 
 
 		 472 aa  88.6  1e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1726  protease Do  33.73 
 
 		 513 aa  88.6  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.618401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1446  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  38.12 
 
 		 845 aa  89  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0617491  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5038  serine protease  36.47 
 
 		 464 aa  88.6  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.431803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1594  protease Do  36.14 
 
 		 520 aa  88.6  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1572  peptidase S1C, Do  34.83 
 
 		 468 aa  88.2  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0853453  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2200  serine protease  32.84 
 
 		 442 aa  88.6  1e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.550757  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0764  peptidase S1C, Do  33.52 
 
 		 471 aa  88.6  1e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.000251476  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4295  protease Do  34.13 
 
 		 466 aa  87.8  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000836052  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02108  protease signal peptide protein  36.48 
 
 		 490 aa  88.2  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2494  serine protease  32.35 
 
 		 459 aa  87.8  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3861  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  34.68 
 
 		 317 aa  87  4e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3784  protease Do  35.85 
 
 		 492 aa  86.3  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2772  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  34.52 
 
 		 355 aa  86.3  5e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.643545  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1742  serine protease  34.71 
 
 		 461 aa  86.7  5e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.378867  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4861  protease Do  35.85 
 
 		 492 aa  86.3  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.837631 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0497  protease DO  30.77 
 
 		 472 aa  86.7  5e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0231688  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0388  protease Do  34.71 
 
 		 461 aa  86.3  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1383  protease Do  28.95 
 
 		 472 aa  86.3  6e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21640  trypsin-like serine protease with C-terminal PDZ domain  34.83 
 
 		 417 aa  86.3  6e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00345268  normal  0.0571371 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1242  protease DO  30.77 
 
 		 472 aa  85.9  7e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000225025  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1363  protease DO  30.77 
 
 		 472 aa  85.9  8e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3284  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  33.17 
 
 		 420 aa  85.9  8e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.71487  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2993  protease Do  35.03 
 
 		 476 aa  85.1  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.700896 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2323  peptidase S1C, Do  33.85 
 
 		 463 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.052989  normal  0.164438 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0859  peptidase S1C, Do  35.12 
 
 		 477 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.078917  normal  0.0183856 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1003  peptidase S1C, Do  35.12 
 
 		 477 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0749587  normal  0.0653423 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2247  peptidase S1C, Do  37.42 
 
 		 497 aa  85.1  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1624  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  38.55 
 
 		 405 aa  85.1  0.000000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0331  trypsin domain/PDZ domain-containing protein  34.73 
 
 		 464 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00109847  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10940  trypsin-like serine protease with C-terminal PDZ domain protein  30.1 
 
 		 539 aa  84.3  0.000000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000345024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1440  periplasmic protease  33.33 
 
 		 514 aa  84.3  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.511031  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0386  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  36.76 
 
 		 484 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8413  Trypsin-like protein serine protease typically periplasmic containing C-terminal PDZ domain-like protein  34.67 
 
 		 527 aa  84.7  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.595687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3156  peptidase S1C, Do  35.38 
 
 		 464 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  0.845897 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0414  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  36.76 
 
 		 481 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.864697  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24150  trypsin-like serine protease with C-terminal PDZ domain  32.83 
 
 		 515 aa  84  0.000000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1966  trypsin domain/PDZ domain-containing protein  33.14 
 
 		 425 aa  84  0.000000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.0000431561  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3242  putative trypsin-like serine protease  34.13 
 
 		 483 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.263085  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3978  protease Do  34.13 
 
 		 483 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0104728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3362  peptidase S1C, Do  33.91 
 
 		 464 aa  84  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000016609  decreased coverage  0.00312332 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0415  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  36.76 
 
 		 483 aa  84  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1371  protease Do  33.33 
 
 		 514 aa  84  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.909738  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2213  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  39.63 
 
 		 408 aa  84  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0322293  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1292  serine protease HtrA, putative  33.33 
 
 		 412 aa  83.6  0.000000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1398  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  32 
 
 		 349 aa  83.6  0.000000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.515072  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5561  peptidase S1C, Do  35.37 
 
 		 488 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1324  2-alkenal reductase  38.12 
 
 		 469 aa  83.6  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2110  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  38.22 
 
 		 417 aa  83.2  0.000000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0560997  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2347  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  34.54 
 
 		 669 aa  83.2  0.000000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.253081  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3822  peptidase S1C, Do  33.75 
 
 		 501 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0260  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  32.04 
 
 		 707 aa  82.8  0.000000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.500481  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3140  hypothetical protein  34.52 
 
 		 483 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.673481  normal  0.234219 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0535  2-alkenal reductase  37.36 
 
 		 469 aa  82.8  0.000000000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.474663  normal  0.227386 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0999  protease Do  33.73 
 
 		 461 aa  82.8  0.000000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3736  2-alkenal reductase  34.27 
 
 		 399 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1070  protease Do  33.93 
 
 		 479 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2979  protease Do  33.74 
 
 		 511 aa  82.4  0.000000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.037466  normal  0.016499 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0731  peptidase S1C, Do  34.97 
 
 		 467 aa  82.4  0.000000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000553018  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3640  peptidase S1C, Do  32.89 
 
 		 487 aa  82.4  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.316615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0112  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  35.33 
 
 		 450 aa  82.4  0.000000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.542288  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1396  serine protease, DO/DeqQ family  34.57 
 
 		 479 aa  82.4  0.000000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.333333  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25880  trypsin-like serine protease with C-terminal PDZ domain  37.5 
 
 		 537 aa  82.4  0.000000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2762  protease Do  34.71 
 
 		 485 aa  82.4  0.000000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280827 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4130  peptidase S1, chymotrypsin:PDZ/DHR/GLGF  38.1 
 
 		 386 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1900  peptidase S1C, Do  34.62 
 
 		 489 aa  82.4  0.000000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4424  2-alkenal reductase  37.8 
 
 		 386 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.377382 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1301  2-alkenal reductase  37.8 
 
 		 402 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0476  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  36.73 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.236131  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1117  protease Do  34.57 
 
 		 491 aa  82  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0590546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0659  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  36.32 
 
 		 428 aa  82  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.397901  hitchhiker  0.00328484 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1353  trypsin-like serine protease  30.45 
 
 		 673 aa  82  0.00000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3620  multifunctional serine-type endopeptidase /oxidoreductase  34.16 
 
 		 487 aa  82  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1769  protease Do  34.76 
 
 		 485 aa  82  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.382566  normal  0.253499 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1776  2-alkenal reductase  35.39 
 
 		 411 aa  82  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.753058 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1344  trypsin  32.84 
 
 		 594 aa  82  0.00000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0379667 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3198  protease Do  33.51 
 
 		 474 aa  82  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>