35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3113 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3113  general secretory pathway N transmembrane protein  100 
 
 
283 aa  541  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3051  general secretory pathway N transmembrane protein  75.18 
 
 
280 aa  408  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.51549  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3398  putative general secretory pathway N transmembrane protein  74.11 
 
 
280 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3228  general secretory pathway N transmembrane protein  56.59 
 
 
268 aa  252  6e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.114308  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3391  type II secretion system protein N  51.67 
 
 
268 aa  251  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0052  hypothetical protein  48.67 
 
 
262 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.923907  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3081  type II secretion system protein N  44.35 
 
 
259 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.173881  hitchhiker  0.000000265494 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0041  hypothetical protein  47.32 
 
 
262 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0051  hypothetical protein  47.32 
 
 
262 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.356869  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0070  hypothetical protein  46.9 
 
 
262 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.726501  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0019  hypothetical protein  46.9 
 
 
274 aa  158  8e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0328068  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0051  hypothetical protein  46.9 
 
 
274 aa  158  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0453147  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2774  general secretory pathway protein N  43.14 
 
 
263 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2673  general secretory pathway protein N  43.14 
 
 
263 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333526  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0019  general secretory pathway protein N  43.14 
 
 
263 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0275939  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0019  general secretory pathway protein N  43.14 
 
 
263 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.470521  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1879  general secretory pathway protein N  43.14 
 
 
263 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.174297  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0231  general secretory pathway protein N  43.14 
 
 
263 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3507  general secretory pathway protein N  43.14 
 
 
263 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.855134  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3233  hypothetical protein  46.46 
 
 
274 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0830722  normal  0.701162 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0018  general secretory pathway protein N  43.87 
 
 
263 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3947  putative general secretory pathway protein N  42.47 
 
 
259 aa  152  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.506993  normal  0.535358 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4490  putative general secretory pathway protein N  40.42 
 
 
259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.252228  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0757  putative general secretory pathway N transmembrane protein  38.82 
 
 
267 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.142264 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5696  putative general secretory pathway N transmembrane protein  41.2 
 
 
267 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.86222  normal  0.0481685 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0918  type II secretion system protein N  38.87 
 
 
282 aa  115  6e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.339079  normal  0.312737 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0541  putative general secretory pathway N transmembrane protein  39.22 
 
 
280 aa  112  9e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0647  putative general secretory pathway N transmembrane protein  36.07 
 
 
270 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0363595  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0668  putative general secretory pathway N transmembrane protein  36.07 
 
 
270 aa  110  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.267495 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3528  putative general secretory pathway N transmembrane protein  37.31 
 
 
267 aa  109  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.231863  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1328  putative general secretory pathway N transmembrane protein  39.38 
 
 
240 aa  102  6e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1074  putative general secretory pathway N transmembrane protein  37.39 
 
 
266 aa  99.4  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3426  general secretion pathway protein N  33.82 
 
 
319 aa  99  8e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000290078 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3135  general secretion pathway protein N  37.39 
 
 
250 aa  96.3  5e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0154  type II secretion system protein N  26.12 
 
 
252 aa  49.3  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0265405  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>