More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3088 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3088  putative signal peptide protein  100 
 
 		 317 aa  638    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0784453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3371  hypothetical protein  91.14 
 
 		 332 aa  591  1e-168  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3024  hypothetical protein  90.51 
 
 		 332 aa  586  1e-166  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0058  hypothetical protein  65.32 
 
 		 322 aa  426  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0026  hypothetical protein  65.25 
 
 		 363 aa  424  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5116  hypothetical protein  59.8 
 
 		 332 aa  387  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.855195 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3457  hypothetical protein  62.8 
 
 		 318 aa  383  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.778802  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0989  hypothetical protein  60.74 
 
 		 325 aa  377  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0904  hypothetical protein  60.4 
 
 		 325 aa  374  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.940206  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1314  hypothetical protein  56.48 
 
 		 336 aa  367  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1718  hypothetical protein  58.84 
 
 		 320 aa  338  7e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0864549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0719  hypothetical protein  45.03 
 
 		 326 aa  258  8e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.32495 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1892  hypothetical protein  46.1 
 
 		 309 aa  257  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.91064 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4610  hypothetical protein  42.35 
 
 		 322 aa  255  8e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0432088  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0579  hypothetical protein  44.04 
 
 		 322 aa  251  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.444417  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0855  hypothetical protein  47.37 
 
 		 353 aa  247  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898803 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4232  extra-cytoplasmic solute receptor  45.51 
 
 		 314 aa  244  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.125597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5472  hypothetical protein  45.67 
 
 		 330 aa  244  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0784  hypothetical protein  47.02 
 
 		 328 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2413  hypothetical protein  43.23 
 
 		 325 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.325014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4279  hypothetical protein  46.13 
 
 		 356 aa  243  3e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.877893  normal  0.56539 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2904  hypothetical protein  42.33 
 
 		 332 aa  242  5e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.339964  normal  0.0116375 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5584  hypothetical protein  42.57 
 
 		 337 aa  242  6e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0384253  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0521  hypothetical protein  42.95 
 
 		 326 aa  242  6e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1018  twin-arginine translocation pathway signal  43.43 
 
 		 328 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3178  hypothetical protein  42.62 
 
 		 328 aa  239  2.9999999999999997e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000137109 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3359  hypothetical protein  42.09 
 
 		 331 aa  236  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3949  hypothetical protein  42.19 
 
 		 339 aa  236  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187886  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3508  hypothetical protein  41.64 
 
 		 320 aa  235  9e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1292  hypothetical protein  45.85 
 
 		 325 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0982133  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2117  hypothetical protein  43.29 
 
 		 327 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.299705  normal  0.290671 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3830  hypothetical protein  42.28 
 
 		 330 aa  234  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.956859  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3985  hypothetical protein  42.05 
 
 		 349 aa  233  4.0000000000000004e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.19648  normal  0.0884631 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0982  hypothetical protein  45.21 
 
 		 328 aa  232  5e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.160235  normal  0.0842772 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4280  hypothetical protein  41.93 
 
 		 333 aa  232  7.000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.711918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1184  hypothetical protein  45.42 
 
 		 356 aa  229  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000425301  normal  0.947085 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0257  hypothetical protein  42.95 
 
 		 334 aa  229  4e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1680  hypothetical protein  42.11 
 
 		 330 aa  229  5e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2507  hypothetical protein  41.58 
 
 		 336 aa  229  6e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1312  hypothetical protein  38.46 
 
 		 320 aa  228  7e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0795  hypothetical protein  40.57 
 
 		 346 aa  228  8e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2991  hypothetical protein  45.05 
 
 		 333 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.36978  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6157  hypothetical protein  42.33 
 
 		 322 aa  227  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5438  hypothetical protein  43.51 
 
 		 326 aa  226  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3996  hypothetical protein  43.71 
 
 		 321 aa  226  3e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.96574  normal  0.364357 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3346  hypothetical protein  43.71 
 
 		 321 aa  226  3e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0146351  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2776  hypothetical protein  40.26 
 
 		 332 aa  226  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.918758  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0112  hypothetical protein  40.54 
 
 		 338 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.25815  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1863  hypothetical protein  39.87 
 
 		 327 aa  226  6e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.405454  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0842  hypothetical protein  40.33 
 
 		 325 aa  225  7e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3546  hypothetical protein  42.67 
 
 		 330 aa  225  7e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0909589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2114  hypothetical protein  42.81 
 
 		 325 aa  225  8e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00328294 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5801  hypothetical protein  40.76 
 
 		 330 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.744071  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3937  hypothetical protein  43 
 
 		 328 aa  224  1e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.178831  normal  0.0313351 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3194  hypothetical protein  36.81 
 
 		 318 aa  224  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4957  hypothetical protein  41.69 
 
 		 331 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0102082  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1145  hypothetical protein  41.5 
 
 		 325 aa  223  3e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0288  hypothetical protein  41.08 
 
 		 325 aa  223  3e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.456248  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4876  extra-cytoplasmic solute receptor  43.62 
 
 		 328 aa  223  3e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.748926  normal  0.754985 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2205  hypothetical protein  40.8 
 
 		 324 aa  223  3e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0725118 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6278  hypothetical protein  41.55 
 
 		 322 aa  222  4.9999999999999996e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000130922  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2501  hypothetical protein  42.33 
 
 		 322 aa  223  4.9999999999999996e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.111791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1121  hypothetical protein  41.08 
 
 		 325 aa  222  6e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.237862  normal  0.618143 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1041  hypothetical protein  41.08 
 
 		 327 aa  222  7e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3145  hypothetical protein  43.46 
 
 		 333 aa  222  7e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.261814  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5547  hypothetical protein  40.68 
 
 		 325 aa  222  8e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5891  hypothetical protein  41.01 
 
 		 327 aa  221  9e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1017  hypothetical protein  40.27 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.221773 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2869  hypothetical protein  42.09 
 
 		 330 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3459  hypothetical protein  40.2 
 
 		 324 aa  221  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3869  hypothetical protein  41 
 
 		 332 aa  220  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0415956  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6068  hypothetical protein  38.71 
 
 		 324 aa  219  3.9999999999999997e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3664  hypothetical protein  39.4 
 
 		 324 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1026  hypothetical protein  41.41 
 
 		 333 aa  219  3.9999999999999997e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.346833  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0869  hypothetical protein  42.03 
 
 		 339 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3913  extra-cytoplasmic solute receptor  42.67 
 
 		 332 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.107287  normal  0.463561 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4458  hypothetical protein  39.61 
 
 		 332 aa  219  5e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.60746  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4931  extra-cytoplasmic solute receptor  41.5 
 
 		 330 aa  219  5e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.875929 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4779  hypothetical protein  39.87 
 
 		 324 aa  219  5e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1070  hypothetical protein  39.87 
 
 		 332 aa  219  5e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.530289  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0576  hypothetical protein  41.33 
 
 		 333 aa  219  6e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5112  hypothetical protein  40.8 
 
 		 325 aa  219  6e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.386337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3983  extra-cytoplasmic solute receptor  39.24 
 
 		 328 aa  218  7.999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0104878 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3987  hypothetical protein  40.73 
 
 		 334 aa  218  8.999999999999998e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.700334  normal  0.0774583 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0478  hypothetical protein  38.39 
 
 		 325 aa  218  1e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.606939  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0987  hypothetical protein  39.12 
 
 		 320 aa  218  1e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.172167  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5930  hypothetical protein  39.49 
 
 		 323 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0902  hypothetical protein  39.12 
 
 		 320 aa  218  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5894  extra-cytoplasmic solute receptor  43 
 
 		 358 aa  218  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3986  hypothetical protein  39.4 
 
 		 339 aa  218  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.323954  normal  0.0812118 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3807  hypothetical protein  37.62 
 
 		 341 aa  218  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.477496 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4316  hypothetical protein  42.09 
 
 		 341 aa  218  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3152  hypothetical protein  41.44 
 
 		 333 aa  217  2e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.35228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0161  hypothetical protein  40.94 
 
 		 330 aa  217  2e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0143  hypothetical protein  40.94 
 
 		 330 aa  217  2e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.627963 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0200  hypothetical protein  40.96 
 
 		 349 aa  217  2e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0744  hypothetical protein  41.28 
 
 		 325 aa  217  2e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5105  hypothetical protein  39.81 
 
 		 329 aa  218  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3789  extra-cytoplasmic solute receptor  40.79 
 
 		 326 aa  217  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5382  extra-cytoplasmic solute receptor  38.34 
 
 		 331 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.203559  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>