More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2923 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2923  putative transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  100 
 
 
410 aa  825    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.950573 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0018  seriplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.87 
 
 
409 aa  207  4e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000289  sensor histidine kinase CqsS  31.19 
 
 
681 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.487379  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0455  sensor histidine kinase/response regulator LuxN  30.94 
 
 
686 aa  179  8e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1957  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.06 
 
 
851 aa  172  7.999999999999999e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06089  transmembrane sensor histidine kinase  30.22 
 
 
681 aa  172  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5020  histidine kinase  31 
 
 
420 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.871179  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0165  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.21 
 
 
826 aa  157  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1801  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.86 
 
 
699 aa  157  3e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000631548  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0671  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.96 
 
 
857 aa  151  2e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000269812 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0484  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.22 
 
 
847 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2006  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  28.02 
 
 
852 aa  146  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000507491  normal  0.0782006 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0927  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.43 
 
 
704 aa  143  5e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0769186  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0885  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.93 
 
 
697 aa  138  1e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3929  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.3 
 
 
461 aa  136  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.72259  normal  0.649992 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4042  histidine kinase  37.3 
 
 
461 aa  136  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.601424  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2574  hypothetical protein  25.6 
 
 
420 aa  135  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2428  hypothetical protein  25.66 
 
 
420 aa  135  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5059  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.61 
 
 
841 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3513  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.82 
 
 
425 aa  131  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.600596  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4046  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.46 
 
 
434 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6245  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.07 
 
 
857 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05203  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  36.33 
 
 
461 aa  124  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0394987  normal  0.0112976 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4754  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.27 
 
 
852 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.16465  normal  0.0663611 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2790  hypothetical protein  28.64 
 
 
429 aa  120  4.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2659  hypothetical protein  28.64 
 
 
429 aa  120  4.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0924  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.41 
 
 
701 aa  119  9.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7077  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.72 
 
 
480 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2193  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  25.37 
 
 
716 aa  114  5e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.14825  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3506  ATP-binding region, ATPase-like  33.47 
 
 
496 aa  106  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0457672  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1751  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.97 
 
 
671 aa  105  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5606  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.38 
 
 
485 aa  104  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195097  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4505  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.58 
 
 
480 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02766  histidine kinase  27.57 
 
 
849 aa  94.4  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003077  autoinducer 1 sensor kinase/phosphatase luxN  26.14 
 
 
846 aa  93.2  8e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1157  autoinducer regulatory protein AinR  25 
 
 
822 aa  89.7  8e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2017  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.11 
 
 
422 aa  89.4  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224575  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.99 
 
 
619 aa  83.2  0.000000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2689  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.33 
 
 
646 aa  82.4  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.119288 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1393  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
756 aa  82.8  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0285475 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2061  histidine kinase  31.9 
 
 
412 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000174417 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2100  two-component sensor protein  27.7 
 
 
1211 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349009  normal  0.142111 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2566  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  25.27 
 
 
369 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.236818 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2038  histidine kinase  26.05 
 
 
552 aa  82  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3639  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.7 
 
 
1210 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.847136  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0696  histidine kinase  30.73 
 
 
248 aa  79.7  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0073771  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1844  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.92 
 
 
714 aa  78.2  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.257508  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1785  sensor-kinase  30.4 
 
 
582 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4055  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.8 
 
 
586 aa  78.6  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.424185  normal  0.174789 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55780  putative two-component sensor  28.85 
 
 
922 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2976  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  24.87 
 
 
368 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.598418  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.02 
 
 
524 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4860  sensory box histidine kinase  31.33 
 
 
923 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.186334  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3741  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.75 
 
 
367 aa  77.4  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.49679  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1483  sensor-kinase  30.04 
 
 
582 aa  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.868472  normal  0.317682 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1138  histidine kinase  30.08 
 
 
234 aa  77  0.0000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2269  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.8 
 
 
736 aa  77  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00414095 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0620  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.48 
 
 
518 aa  77  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.11 
 
 
408 aa  77  0.0000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.397309  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0471  sensor histidine kinase  39.53 
 
 
419 aa  76.6  0.0000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.328588  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3535  histidine kinase  22.95 
 
 
410 aa  76.6  0.0000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1490  sensor histidine kinase KinD  24.91 
 
 
498 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0903  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.28 
 
 
898 aa  76.6  0.0000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.345455  normal  0.909605 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0557  histidine kinase  30.9 
 
 
480 aa  76.6  0.0000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0577  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.4 
 
 
516 aa  76.3  0.0000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1311  sensory histidine kinase AtoS  25.51 
 
 
614 aa  76.3  0.0000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.8 
 
 
1201 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278595  normal  0.0196406 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2161  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.88 
 
 
412 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1499  sensor-kinase  29.67 
 
 
582 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000587634 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2742  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.3 
 
 
544 aa  76.3  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.617202  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1956  sensor-kinase  29.67 
 
 
582 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000433243 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1520  sensor-kinase  29.67 
 
 
582 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000320378 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4833  sensory box histidine kinase  26.46 
 
 
899 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2015  two component hybrid sensor response regulator  27.13 
 
 
391 aa  75.1  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.39 
 
 
495 aa  75.1  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.1 
 
 
584 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.89 
 
 
970 aa  75.5  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.984464  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2554  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.25 
 
 
876 aa  75.1  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00476673 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 
526 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0201  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.63 
 
 
408 aa  75.5  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1449  sensor histidine kinase KinD  23.79 
 
 
498 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1116  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.45 
 
 
707 aa  74.7  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3218  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.58 
 
 
449 aa  74.7  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.749105  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2201  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
480 aa  74.7  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4259  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.1 
 
 
804 aa  74.3  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0091  histidine kinase  26.18 
 
 
386 aa  74.3  0.000000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3957  sensor histidine kinase KinD  24.54 
 
 
498 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.5608 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3303  histidine kinase  31.14 
 
 
356 aa  74.3  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000380955 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3165  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  27.69 
 
 
1306 aa  74.3  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2403  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.39 
 
 
699 aa  73.9  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2624  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.56 
 
 
729 aa  73.9  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.608847  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27800  putative two-component sensor  29.33 
 
 
443 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350506 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1250  sensor histidine kinase PAS domain-containing protein  26.23 
 
 
506 aa  73.9  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.112207 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2460  histidine kinase  26.62 
 
 
415 aa  73.6  0.000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1612  histidine kinase  31.54 
 
 
448 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.786857  normal  0.263527 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3516  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
614 aa  73.6  0.000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.166046 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2667  histidine kinase  27.6 
 
 
486 aa  73.6  0.000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.35 
 
 
771 aa  73.6  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3303  histidine kinase  30.58 
 
 
449 aa  73.2  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.146833  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3803  histone-like DNA-binding protein  34.23 
 
 
308 aa  73.6  0.000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>