171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2878 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2878  ApaG  100 
 
 
124 aa  258  2e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.289279  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2755  ApaG  91.13 
 
 
124 aa  237  4e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.263263  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3120  ApaG  91.13 
 
 
124 aa  237  5e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.802006  normal  0.119699 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2568  ApaG  76.61 
 
 
124 aa  208  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0537  ApaG  76.61 
 
 
124 aa  208  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.371391  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2857  ApaG  76.61 
 
 
124 aa  208  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.93069  normal  0.818828 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3624  ApaG  75.81 
 
 
124 aa  207  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.815881 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0442  ApaG  75.81 
 
 
124 aa  207  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0466  ApaG  75.81 
 
 
147 aa  207  5e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.357414  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3175  ApaG  72.58 
 
 
124 aa  205  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0509  ApaG  75.81 
 
 
124 aa  205  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3020  ApaG  74.19 
 
 
137 aa  204  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.737478  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0536  ApaG  75 
 
 
124 aa  203  5e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.680201  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0464  ApaG  73.39 
 
 
124 aa  203  5e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0641  ApaG  75 
 
 
124 aa  203  5e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0937  ApaG  75 
 
 
124 aa  203  5e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3552  ApaG  75 
 
 
124 aa  203  5e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.144794  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3579  ApaG  75 
 
 
124 aa  203  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1907  ApaG  75 
 
 
124 aa  203  5e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3571  ApaG  75 
 
 
185 aa  202  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.458352  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2906  ApaG  74.19 
 
 
185 aa  202  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.809331  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3493  ApaG  73.39 
 
 
124 aa  202  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00288381  decreased coverage  0.0000301407 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2695  ApaG  69.35 
 
 
124 aa  192  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.911706  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0164  ApaG  65.32 
 
 
130 aa  181  3e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.703501  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2231  ApaG  65.57 
 
 
127 aa  176  9e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.340232  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0150  ApaG  64.52 
 
 
124 aa  175  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2372  ApaG  63.11 
 
 
127 aa  169  1e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3484  ApaG  63.41 
 
 
127 aa  169  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.526547  normal  0.166283 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3900  ApaG domain-containing protein  62.1 
 
 
128 aa  168  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.195593 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3661  ApaG  61.54 
 
 
142 aa  160  4.0000000000000004e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46840  ApaG  60.66 
 
 
126 aa  158  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3468  ApaG  58.06 
 
 
124 aa  157  7e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4467  ApaG  59.83 
 
 
131 aa  156  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.323841 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0531  ApaG  58.12 
 
 
130 aa  154  4e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0437  ApaG  57.26 
 
 
136 aa  154  4e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.30268 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2722  ApaG domain protein  57.02 
 
 
129 aa  151  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2636  ApaG  55.28 
 
 
127 aa  150  5e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0721  ApaG  57.26 
 
 
156 aa  149  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0349  ApaG  56.41 
 
 
135 aa  148  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.093684  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0550  apaG protein  55.28 
 
 
126 aa  148  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.589067  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07710  ApaG  55.28 
 
 
126 aa  147  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0202441 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0222  ApaG  56.56 
 
 
128 aa  145  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.954602  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4628  ApaG  55.28 
 
 
133 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4802  ApaG  54.1 
 
 
126 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.897217  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0735  ApaG  54.47 
 
 
126 aa  144  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0586  ApaG  56.41 
 
 
135 aa  144  4.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.12497  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4014  ApaG  54.1 
 
 
126 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0493  ApaG  56.41 
 
 
131 aa  143  6e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2335  ApaG  55.74 
 
 
126 aa  143  9e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0431  ApaG  54.1 
 
 
126 aa  142  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.425394  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0400  ApaG  54.1 
 
 
126 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5136  ApaG  54.1 
 
 
126 aa  141  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0434  ApaG  54.1 
 
 
126 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292503  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0736  ApaG  53.72 
 
 
123 aa  141  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1982  ApaG domain protein  55.46 
 
 
130 aa  141  4e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.78252  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0360  ApaG  60.58 
 
 
137 aa  140  6e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3413  ApaG  53.72 
 
 
127 aa  140  7e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.329551  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1346  ApaG  56.2 
 
 
142 aa  139  9e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.637296  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2359  ApaG domain protein  55 
 
 
127 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.342277  hitchhiker  0.000000000770969 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2738  apaG protein  55 
 
 
127 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0420  ApaG domain protein  54.78 
 
 
211 aa  132  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.416529 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0241  ApaG  58.68 
 
 
126 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.136647  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2820  ApaG  52.1 
 
 
128 aa  131  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.841755 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1050  ApaG  49.19 
 
 
124 aa  130  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0328783  normal  0.737772 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04646  ApaG  50.82 
 
 
127 aa  130  6.999999999999999e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0854079  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0667  ApaG  51.24 
 
 
135 aa  130  9e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0904  ApaG  47.9 
 
 
126 aa  126  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.764534  normal  0.43881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3116  ApaG  47.9 
 
 
126 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0988  ApaG  49.57 
 
 
126 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.233116  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00054  hypothetical protein  48.74 
 
 
125 aa  125  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.641296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3549  ApaG domain protein  48.74 
 
 
125 aa  125  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3605  ApaG  48.74 
 
 
125 aa  125  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00118033 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0056  ApaG  48.74 
 
 
125 aa  125  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0915002  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0054  ApaG  48.74 
 
 
125 aa  125  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.496379 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00053  hypothetical protein  48.74 
 
 
125 aa  125  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.456951  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0044  ApaG  48.74 
 
 
125 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.271562  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0056  ApaG  48.74 
 
 
125 aa  125  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0054  ApaG  48.74 
 
 
125 aa  125  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00391573  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0861  ApaG  48.74 
 
 
126 aa  125  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0599  ApaG  48.74 
 
 
125 aa  124  5e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.121399  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0098  ApaG  47.9 
 
 
125 aa  124  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.267128  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0094  ApaG  47.9 
 
 
125 aa  124  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237472  normal  0.301698 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3210  ApaG  47.06 
 
 
126 aa  124  6e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.664218  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0100  ApaG  47.9 
 
 
125 aa  124  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.819852  normal  0.574462 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0095  ApaG  47.9 
 
 
125 aa  124  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0093  ApaG  47.9 
 
 
125 aa  124  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.574173 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4031  ApaG  50.42 
 
 
125 aa  122  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00953692  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4173  ApaG  52.1 
 
 
125 aa  123  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0244735  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0723  ApaG  48.74 
 
 
125 aa  123  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.854022 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1353  ApaG  48.33 
 
 
127 aa  122  2e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.214186  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1289  ApaG  48.33 
 
 
127 aa  122  2e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03415  ApaG  48.39 
 
 
124 aa  122  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.250185  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0601  ApaG  46.22 
 
 
125 aa  121  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3833  ApaG  46.22 
 
 
125 aa  120  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3636  ApaG  47.06 
 
 
125 aa  120  5e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4147  ApaG  51.26 
 
 
125 aa  120  5e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0310361  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3640  ApaG  47.06 
 
 
126 aa  120  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3314  ApaG  47.01 
 
 
126 aa  120  8e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0976  ApaG  47.01 
 
 
126 aa  120  8e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.13666  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1045  ApaG  47.01 
 
 
126 aa  120  8e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.102627  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>