85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2764 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2764  hypothetical protein  100 
 
 
187 aa  344  4e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.465593 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3003  protein of unknown function DUF937  60.59 
 
 
199 aa  169  3e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2593  protein of unknown function DUF937  72.83 
 
 
199 aa  128  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2984  hypothetical protein  51.9 
 
 
209 aa  82  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2844  hypothetical protein  49.35 
 
 
202 aa  81.6  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0112  hypothetical protein  43.85 
 
 
134 aa  80.9  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00850654  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1654  hypothetical protein  41.18 
 
 
138 aa  75.1  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.469031  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2429  hypothetical protein  41.74 
 
 
138 aa  75.1  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.585189  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3855  hypothetical protein  41.05 
 
 
136 aa  71.6  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.901  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7138  protein of unknown function DUF937  39.25 
 
 
143 aa  70.5  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00491269  normal  0.388289 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3664  protein of unknown function DUF937  42.68 
 
 
133 aa  69.7  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0283759  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3368  protein of unknown function DUF937  40.68 
 
 
119 aa  68.9  0.00000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.227707 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0199  hypothetical protein  48.68 
 
 
138 aa  68.9  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4053  hypothetical protein  36.18 
 
 
225 aa  68.6  0.00000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.233795  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1730  protein of unknown function DUF937  39.34 
 
 
210 aa  68.6  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.6083 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2744  hypothetical protein  39.47 
 
 
135 aa  67.4  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000751209  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4423  protein of unknown function DUF937  35.53 
 
 
225 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1814  protein of unknown function DUF937  37.93 
 
 
142 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.147031 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5147  hypothetical protein  40.96 
 
 
145 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.670787  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4535  protein of unknown function DUF937  35.57 
 
 
225 aa  65.1  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3772  protein of unknown function DUF937  37.35 
 
 
133 aa  65.1  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5279  protein of unknown function DUF937  45.21 
 
 
154 aa  64.3  0.0000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.47453  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1900  hypothetical protein  42.67 
 
 
234 aa  63.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00169286 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0722  protein of unknown function DUF937  39.29 
 
 
177 aa  63.2  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.888742  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14975  hypothetical protein  45.33 
 
 
195 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.259264 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6724  protein of unknown function DUF937  37.23 
 
 
222 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.262467  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0939  hypothetical protein  38.55 
 
 
147 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.933018  normal  0.683834 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1756  hypothetical protein  39.76 
 
 
143 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.101367 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2373  hypothetical protein  37.07 
 
 
142 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0117138  normal  0.475117 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0738  hypothetical protein  39.47 
 
 
150 aa  62  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1427  hypothetical protein  39.76 
 
 
143 aa  61.2  0.000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.874769  decreased coverage  0.000928648 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2092  hypothetical protein  41.98 
 
 
138 aa  61.2  0.000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2528  hypothetical protein  39.73 
 
 
131 aa  61.2  0.000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1784  hypothetical protein  38.55 
 
 
143 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0434  hypothetical protein  40 
 
 
183 aa  60.1  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3775  hypothetical protein  39.02 
 
 
153 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0871445  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2683  protein of unknown function DUF937  36.8 
 
 
116 aa  58.9  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237032  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6527  hypothetical protein  37.63 
 
 
217 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.581879  normal  0.051531 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6233  hypothetical protein  38.55 
 
 
143 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1846  hypothetical protein  38.55 
 
 
143 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1984  hypothetical protein  44.44 
 
 
115 aa  58.5  0.00000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1870  hypothetical protein  38.55 
 
 
142 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.951704  hitchhiker  0.000304239 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0441  hypothetical protein  35.2 
 
 
154 aa  57.8  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0545  hypothetical protein  41.33 
 
 
186 aa  57.4  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2062  hypothetical protein  34.94 
 
 
192 aa  57  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4063  hypothetical protein  41.46 
 
 
132 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0455  hypothetical protein  36.14 
 
 
192 aa  56.6  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3060  hypothetical protein  34.26 
 
 
129 aa  56.2  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2271  hypothetical protein  32.11 
 
 
113 aa  55.5  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0577348  normal  0.719302 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0511  hypothetical protein  37.8 
 
 
193 aa  55.5  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7531  hypothetical protein  36.59 
 
 
198 aa  55.1  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2217  protein of unknown function DUF937  37.5 
 
 
146 aa  54.3  0.0000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2206  hypothetical protein  37.35 
 
 
140 aa  53.9  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101449  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0478  protein of unknown function DUF937  35.37 
 
 
186 aa  53.9  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.256572  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4857  hypothetical protein  33.05 
 
 
161 aa  53.5  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0246894 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7942  protein of unknown function DUF937  34.57 
 
 
157 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1137  hypothetical protein  37.35 
 
 
140 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.194298  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0031  hypothetical protein  37.35 
 
 
140 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.48544  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1866  hypothetical protein  37.35 
 
 
140 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5126  hypothetical protein  40.7 
 
 
132 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.20781 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2216  hypothetical protein  30.49 
 
 
163 aa  53.5  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1376  hypothetical protein  37.35 
 
 
140 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.40321  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2353  hypothetical protein  27.45 
 
 
145 aa  52.8  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.687777  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0181  protein of unknown function DUF937  34.57 
 
 
157 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.751703 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0305  protein of unknown function DUF937  34.07 
 
 
157 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1214  hypothetical protein  34.07 
 
 
157 aa  52  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.561487  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4227  hypothetical protein  39.29 
 
 
132 aa  51.2  0.000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3910  hypothetical protein  40.7 
 
 
132 aa  51.2  0.000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03525  hypothetical protein  40.7 
 
 
132 aa  51.2  0.000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.998118  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0005  hypothetical protein  40.7 
 
 
132 aa  51.2  0.000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1884  hypothetical protein  32.1 
 
 
163 aa  51.2  0.000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4207  hypothetical protein  40.7 
 
 
132 aa  51.2  0.000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.247018  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03581  hypothetical protein  40.7 
 
 
132 aa  51.2  0.000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0005  protein of unknown function DUF937  40.7 
 
 
132 aa  51.2  0.000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0562  hypothetical protein  35.37 
 
 
201 aa  50.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0601987  normal  0.0329184 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0555  hypothetical protein  35.37 
 
 
192 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0267  hypothetical protein  30.85 
 
 
206 aa  49.3  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.710301 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1734  hypothetical protein  40.85 
 
 
182 aa  48.5  0.00005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.513091  normal  0.154385 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0539  hypothetical protein  39.44 
 
 
229 aa  45.8  0.0004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00154515  unclonable  0.00000000103423 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2016  hypothetical protein  38.03 
 
 
238 aa  45.4  0.0005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.285029 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2273  hypothetical protein  36.78 
 
 
130 aa  45.1  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.136761  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5655  hypothetical protein  31.88 
 
 
158 aa  44.3  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2166  protein of unknown function DUF937  31.65 
 
 
146 aa  43.1  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1992  protein of unknown function DUF937  31.58 
 
 
146 aa  42.4  0.004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3880  hypothetical protein  33.33 
 
 
153 aa  42.4  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.806315  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>