57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2585 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2585  hypothetical protein  100 
 
 
158 aa  315  1e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2003  CopG/DNA-binding domain-containing protein  91.77 
 
 
158 aa  282  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.31572  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3507  CopG domain protein DNA-binding domain protein  90.51 
 
 
154 aa  279  9e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.709312  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2349  CopG/DNA-binding domain-containing protein  91.14 
 
 
158 aa  279  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.61469 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2700  CopG/DNA-binding domain-containing protein  89.87 
 
 
154 aa  278  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0802362  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1281  CopG/DNA-binding domain-containing protein  91.14 
 
 
154 aa  278  2e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0725  CopG/DNA-binding domain-containing protein  87.97 
 
 
158 aa  271  2.0000000000000002e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.946674  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1340  CopG-like DNA-binding  86.08 
 
 
154 aa  267  4e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126057  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1549  CopG-like DNA-binding  86.08 
 
 
154 aa  267  4e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0162848  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3707  CopG/DNA-binding domain-containing protein  85.99 
 
 
154 aa  265  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35730  hypothetical protein  90.41 
 
 
154 aa  264  4e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2912  CopG/DNA-binding domain-containing protein  86.08 
 
 
148 aa  262  1e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2644  CopG domain protein DNA-binding domain protein  85.35 
 
 
154 aa  260  6e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.862924 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0439  CopG/DNA-binding domain-containing protein  87.34 
 
 
154 aa  259  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1894  CopG domain protein DNA-binding domain protein  86.3 
 
 
154 aa  253  7e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30950  hypothetical protein  86.3 
 
 
154 aa  252  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000217049  unclonable  2.16388e-22 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4194  CopG/DNA-binding domain-containing protein  79.74 
 
 
150 aa  242  1.9999999999999999e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0811  helix-turn-helix protein, CopG  45.75 
 
 
156 aa  141  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0514  helix-turn-helix protein, CopG  49.62 
 
 
140 aa  138  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.139241  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3189  hypothetical protein  51.16 
 
 
173 aa  133  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3902  hypothetical protein  46.88 
 
 
146 aa  122  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1494  CopG family protein  47.29 
 
 
144 aa  121  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00276069  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2326  CopG-like DNA-binding  41.67 
 
 
145 aa  119  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.17892  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3357  hypothetical protein  42.34 
 
 
145 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.800437  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7439  hypothetical protein  45.67 
 
 
145 aa  117  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3690  hypothetical protein  43.61 
 
 
139 aa  117  9e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3005  CopG/DNA-binding domain-containing protein  40.91 
 
 
145 aa  115  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.78909  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0700  hypothetical protein  47.01 
 
 
145 aa  114  5e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3194  hypothetical protein  45.26 
 
 
149 aa  113  7.999999999999999e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.14235  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3547  CopG-like DNA-binding  42.11 
 
 
154 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.715677 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7740  hypothetical protein  45.74 
 
 
144 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.589979 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0590  hypothetical protein  48.03 
 
 
142 aa  109  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2819  hypothetical protein  49.61 
 
 
143 aa  108  4.0000000000000004e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3826  hypothetical protein  46.56 
 
 
144 aa  107  7.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0967  hypothetical protein  50.38 
 
 
143 aa  107  8.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0750  hypothetical protein  44.96 
 
 
144 aa  105  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.751711  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3850  helix-turn-helix protein, CopG  38.46 
 
 
142 aa  106  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00136711  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1732  hypothetical protein  47.71 
 
 
141 aa  105  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2026  CopG/DNA-binding domain-containing protein  47.9 
 
 
136 aa  105  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1195  hypothetical protein  40.62 
 
 
149 aa  105  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.423858  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3540  hypothetical protein  40.62 
 
 
149 aa  105  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0143  hypothetical protein  45.31 
 
 
136 aa  104  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.802001  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2877  hypothetical protein  48.31 
 
 
143 aa  104  6e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.230975 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3085  hypothetical protein  43.07 
 
 
150 aa  102  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.835522  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1680  helix-turn-helix protein, CopG  45.6 
 
 
149 aa  100  9e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.522229  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1505  hypothetical protein  41.46 
 
 
142 aa  97.8  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.738458 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1022  hypothetical protein  44.83 
 
 
144 aa  96.7  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1834  CopG/DNA-binding domain-containing protein  44.54 
 
 
139 aa  95.5  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4006  hypothetical protein  46.46 
 
 
144 aa  94.7  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2617  hypothetical protein  40.32 
 
 
150 aa  84.3  6e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2257  hypothetical protein  39.06 
 
 
138 aa  83.6  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.338715  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0319  hypothetical protein  38.66 
 
 
127 aa  79.3  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0127184  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1066  putative regulator protein  34.11 
 
 
144 aa  74.3  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638052  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0687  hypothetical protein  24.14 
 
 
142 aa  57  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1496  hypothetical protein  34.13 
 
 
461 aa  54.3  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.000950555  normal  0.877787 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2345  hypothetical protein  25 
 
 
157 aa  53.5  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1640  hypothetical protein  25.71 
 
 
157 aa  40.4  0.01  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>