127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2558 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2558  hypothetical protein  100 
 
 		 281 aa  566  1e-160  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.14895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2428  hypothetical protein  95.02 
 
 		 281 aa  545  1e-154  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2834  hypothetical protein  94.66 
 
 		 281 aa  544  1e-154  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0875238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2767  hypothetical protein  83.21 
 
 		 282 aa  484  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2906  hypothetical protein  81.79 
 
 		 282 aa  481  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.938112 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1758  hypothetical protein  57.19 
 
 		 280 aa  343  2e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.542914  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0761  hypothetical protein  61.01 
 
 		 280 aa  342  4e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3201  hypothetical protein  61.01 
 
 		 280 aa  342  4e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0130133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0533  hypothetical protein  60.43 
 
 		 283 aa  335  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5881  hypothetical protein  60.81 
 
 		 280 aa  332  3e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.624652  normal  0.456824 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2598  hypothetical protein  61.54 
 
 		 280 aa  325  6e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2468  hypothetical protein  61.17 
 
 		 284 aa  323  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00867567 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1937  hypothetical protein  61.17 
 
 		 280 aa  322  3e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0658551  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2549  hypothetical protein  61.17 
 
 		 280 aa  322  3e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.934561  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0747  hypothetical protein  61.17 
 
 		 280 aa  323  3e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.583133  normal  0.492979 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2573  hypothetical protein  61.17 
 
 		 280 aa  322  3e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.590374 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0737  hypothetical protein  59.93 
 
 		 280 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1078  hypothetical protein  58.82 
 
 		 280 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107032  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0922  hypothetical protein  58.82 
 
 		 280 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.425881  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0925  hypothetical protein  58.82 
 
 		 280 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.872313  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0679  transcriptional regulator  58.82 
 
 		 280 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2514  hypothetical protein  58.82 
 
 		 280 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0128  hypothetical protein  58.82 
 
 		 280 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3003  hypothetical protein  53.11 
 
 		 283 aa  296  2e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3568  hypothetical protein  52.96 
 
 		 282 aa  295  5e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.747718 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1169  hypothetical protein  53.53 
 
 		 283 aa  295  8e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.617808  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1456  transglutaminase domain protein  52.38 
 
 		 283 aa  289  3e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3024  hypothetical protein  52.92 
 
 		 289 aa  288  8e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1775  hypothetical protein  51.85 
 
 		 283 aa  286  2e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2183  hypothetical protein  50.92 
 
 		 281 aa  268  5e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502228 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2526  hypothetical protein  49.44 
 
 		 283 aa  267  1e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.846479  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2998  hypothetical protein  51.84 
 
 		 282 aa  265  5.999999999999999e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.398739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2425  hypothetical protein  51.1 
 
 		 282 aa  261  8e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1473  hypothetical protein  56.52 
 
 		 218 aa  252  6e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.797183 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0671  hypothetical protein  43.64 
 
 		 290 aa  225  8e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0834  hypothetical protein  39.39 
 
 		 281 aa  189  4e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0745  TPR repeat-containing protein  39.77 
 
 		 281 aa  189  5.999999999999999e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02386  tetratricopeptide repeat domain protein  38.97 
 
 		 293 aa  185  8e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2624  hypothetical protein  36.02 
 
 		 271 aa  174  9.999999999999999e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000153014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3285  hypothetical protein  39.75 
 
 		 281 aa  170  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.646924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1339  hypothetical protein  33.45 
 
 		 284 aa  165  1.0000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3633  hypothetical protein  32.84 
 
 		 265 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2745  hypothetical protein  40.23 
 
 		 282 aa  157  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.51321  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2475  hypothetical protein  32.47 
 
 		 265 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2894  hypothetical protein  29.66 
 
 		 266 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2651  hypothetical protein  40.23 
 
 		 283 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.702443  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4192  hypothetical protein  37.79 
 
 		 278 aa  139  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00269295 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0042  hypothetical protein  35.94 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00533467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1368  hypothetical protein  31.91 
 
 		 272 aa  138  1e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.880811 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1215  hypothetical protein  39.63 
 
 		 284 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00122571  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5388  hypothetical protein  38.89 
 
 		 245 aa  132  3.9999999999999996e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.666876  normal  0.357549 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0503  hypothetical protein  32.88 
 
 		 274 aa  131  2.0000000000000002e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.794885  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004200  protein SirB1  27.7 
 
 		 269 aa  127  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2554  hypothetical protein  37.55 
 
 		 276 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.11238  normal  0.887248 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01253  hypothetical protein  27.74 
 
 		 269 aa  126  4.0000000000000003e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1753  hypothetical protein  29.32 
 
 		 270 aa  115  6.9999999999999995e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000302338  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2055  hypothetical protein  33.05 
 
 		 279 aa  111  1.0000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2075  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 269 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.826481  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01189  predicted transcriptional regulator  32.02 
 
 		 269 aa  106  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.506875  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2433  sirB1 protein  32.02 
 
 		 269 aa  106  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00804318  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01199  hypothetical protein  32.02 
 
 		 269 aa  106  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.498926  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1695  putative transcriptional regulator  32.02 
 
 		 269 aa  106  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0244126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1319  putative transcriptional regulator  32.02 
 
 		 269 aa  106  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000562395  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1362  putative transcriptional regulator  32.02 
 
 		 269 aa  106  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00721974  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2412  putative transcriptional regulator  32.02 
 
 		 269 aa  106  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.402469  hitchhiker  0.0000254452 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1928  putative transcriptional regulator  32.02 
 
 		 269 aa  106  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0634354  normal  0.0610741 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1378  putative transcriptional regulator  32.02 
 
 		 269 aa  106  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0629002  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0793  protein SirB1  26.22 
 
 		 269 aa  104  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.293934  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2111  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 269 aa  103  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.201208  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1858  putative transcriptional regulator  27.97 
 
 		 269 aa  103  4e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.155221  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2404  putative transcriptional regulator  31.28 
 
 		 269 aa  102  6e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_6509  predicted protein  29.68 
 
 		 216 aa  102  7e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.236184  normal  0.418162 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1610  hypothetical protein  30.27 
 
 		 281 aa  99.8  5e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.119985  normal  0.579551 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2063  putative transcriptional regulator  32.99 
 
 		 269 aa  99.8  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000599802  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2457  putative transcriptional regulator  32.99 
 
 		 269 aa  99.8  5e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.507867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2176  putative transcriptional regulator  32.99 
 
 		 269 aa  99.8  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.064164  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1993  putative transcriptional regulator  30.05 
 
 		 269 aa  98.2  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.236117  hitchhiker  0.00468418 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1550  putative transcriptional regulator  29.57 
 
 		 269 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.15312 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1366  putative transcriptional regulator  29.57 
 
 		 269 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0144221  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1904  putative transcriptional regulator  29.57 
 
 		 269 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  normal  0.448983 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1968  putative transcriptional regulator  29.57 
 
 		 269 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.213248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1910  putative transcriptional regulator  29.13 
 
 		 269 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4618  hypothetical protein  28.73 
 
 		 268 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4478  hypothetical protein  28.73 
 
 		 268 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.242324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2334  putative transcriptional regulator  27.87 
 
 		 269 aa  94  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2893  hypothetical protein  29 
 
 		 282 aa  94.4  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.10688 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4602  hypothetical protein  26.02 
 
 		 268 aa  92  9e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0701  hypothetical protein  30.61 
 
 		 262 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3542  hypothetical protein  30.61 
 
 		 262 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000309634 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3610  hypothetical protein  30.61 
 
 		 262 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0588613  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3733  hypothetical protein  30.61 
 
 		 262 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0947  hypothetical protein  26.27 
 
 		 264 aa  89.7  4e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2563  hypothetical protein  28.69 
 
 		 262 aa  89  7e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.610667  normal  0.186741 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5838  hypothetical protein  29.22 
 
 		 291 aa  89  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.794515 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0923  hypothetical protein  26.86 
 
 		 260 aa  88.6  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00500148  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3165  hypothetical protein  28.4 
 
 		 262 aa  88.2  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0801  hypothetical protein  28.4 
 
 		 262 aa  88.2  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.871928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0773  hypothetical protein  28.4 
 
 		 262 aa  88.6  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2559  hypothetical protein  29.91 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.026679  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19860  hypothetical protein  29.89 
 
 		 270 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0730355  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>