38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2514 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2514  putative signal peptide protein  100 
 
 		 80 aa  158  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.126827  decreased coverage  0.0022772 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2377  putative signal peptide protein  65.56 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.493457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2782  conserved hypothetical signal peptide protein  67.78 
 
 		 90 aa  87.4  5e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2240  putative signal peptide protein  56.06 
 
 		 85 aa  75.9  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3571  hypothetical protein  46.91 
 
 		 90 aa  63.9  0.0000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5572  hypothetical protein  51.56 
 
 		 109 aa  61.6  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.168259  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4908  metal response CopQ/CzcJ/MmrQ/MmtQ/MmmQ-like protein  48.65 
 
 		 165 aa  61.2  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0346044  decreased coverage  0.0003809 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5594  hypothetical protein  48.65 
 
 		 165 aa  61.2  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.609914  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00831  putative signal peptide protein  44.9 
 
 		 114 aa  60.8  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3645  putative signal peptide protein  43.3 
 
 		 140 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4722  conserved hypothetical signal peptide protein  43.3 
 
 		 140 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0508689 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2121  hypothetical protein  41.89 
 
 		 83 aa  57  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.158666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4292  hypothetical protein  45.95 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4294  hypothetical protein  44.05 
 
 		 168 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00636245  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1291  putative signal peptide protein  54.55 
 
 		 128 aa  52  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.619064  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1797  hypothetical protein  51.22 
 
 		 83 aa  51.6  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.609794  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4538  putative signal peptide protein  49.09 
 
 		 120 aa  51.6  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.88188  hitchhiker  0.00966889 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4405  conserved hypothetical signal peptide protein  49.09 
 
 		 120 aa  51.6  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.811612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5975  heavy metal resistance protein CzcJ  53.7 
 
 		 92 aa  50.4  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00225387  normal  0.0705855 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1757  hypothetical protein  53.7 
 
 		 92 aa  50.4  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.683801  normal  0.501248 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1813  hypothetical protein  45.45 
 
 		 89 aa  50.4  0.000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.247427  normal  0.400735 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4328  hypothetical protein  42.47 
 
 		 196 aa  50.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.774388  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0177  hypothetical protein  37.96 
 
 		 153 aa  48.9  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.967448 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1183  putative signal peptide protein  58.54 
 
 		 112 aa  49.3  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000008419  normal  0.847266 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3414  hypothetical protein  40.54 
 
 		 106 aa  47.8  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.763694  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0183  hypothetical protein  69.77 
 
 		 153 aa  47.8  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284235  normal  0.888623 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0320  hypothetical protein  58 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5281  hypothetical protein  37.63 
 
 		 113 aa  45.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.200549 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4032  putative signal peptide protein  38.75 
 
 		 123 aa  45.4  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.57505  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3026  putative signal peptide protein  31.65 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1638  putative signal peptide protein  47.17 
 
 		 95 aa  44.7  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3454  hypothetical protein  42.37 
 
 		 115 aa  42.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3373  putative signal peptide protein  30.99 
 
 		 94 aa  42.7  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3297  hypothetical protein  44.64 
 
 		 117 aa  42  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.983279  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1797  hypothetical protein  61.11 
 
 		 105 aa  40.8  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00580661  normal  0.938112 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6121  Cu(II)/Cu(I) resistance protein  35.63 
 
 		 78 aa  40.4  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.422354  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5311  hypothetical protein  43.55 
 
 		 82 aa  40  0.01  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.411859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1699  hypothetical protein  43.55 
 
 		 82 aa  40  0.01  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>