More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2389 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2389  putative partition-related protein  100 
 
 
217 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00467103 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2197  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  89.76 
 
 
221 aa  388  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.139506 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2655  putative partition-related protein  89.27 
 
 
221 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.634269 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2777  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  78.04 
 
 
220 aa  337  7e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.84936 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1239  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  67.96 
 
 
205 aa  290  1e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1008  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  67.46 
 
 
212 aa  284  5.999999999999999e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1675  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  67.8 
 
 
205 aa  283  1.0000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3490  ParA family ATPase  66.51 
 
 
212 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2491  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  65.69 
 
 
219 aa  274  9e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.926396  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5775  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  65.69 
 
 
222 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.381268 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2359  cobyrinic acid ac-diamide synthase  65.69 
 
 
219 aa  272  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.723291  normal  0.455428 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2199  cobyrinic acid ac-diamide synthase  65.85 
 
 
234 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.685518 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2866  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  63.9 
 
 
206 aa  272  3e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3543  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  63.9 
 
 
206 aa  272  3e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.110983  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1833  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  65.2 
 
 
219 aa  272  3e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.510804  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2449  cobyrinic acid ac-diamide synthase  65.2 
 
 
219 aa  272  3e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0538918  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2444  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  65.2 
 
 
219 aa  272  3e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0850  cobyrinic acid ac-diamide synthase  65.69 
 
 
219 aa  271  4.0000000000000004e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.668174  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1202  ParA family protein  65.69 
 
 
331 aa  271  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0846  ParA family protein  66.18 
 
 
207 aa  271  7e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.89485  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1041  ParA family protein  65.69 
 
 
207 aa  270  9e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2973  ParA family protein  65.69 
 
 
207 aa  270  9e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.510642  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1626  ParA family protein  65.69 
 
 
207 aa  270  9e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00224937  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1047  CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain-containing protein  65.69 
 
 
207 aa  270  9e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.4276  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0699  ParA family protein  65.69 
 
 
207 aa  270  9e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.225956  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2314  ParA family protein  65.69 
 
 
207 aa  270  9e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0184356  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4398  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  63.59 
 
 
206 aa  269  2.9999999999999997e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.230089  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0550  putative partition-related protein  61.46 
 
 
208 aa  267  1e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.840811 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3914  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  60.19 
 
 
206 aa  256  2e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.639922 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1153  putative partition-related protein  58.33 
 
 
206 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1298  putative partition-related protein  51.57 
 
 
224 aa  217  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0150444 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0805  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  48.54 
 
 
206 aa  186  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.50757e-20  unclonable  0.0000000618537 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2068  putative partition-related protein  46.83 
 
 
210 aa  180  1e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2729  partition-related protein  48.06 
 
 
201 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.578011 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0009  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  38.31 
 
 
211 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.363565  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1875  ParA-like protein  38.54 
 
 
212 aa  131  6.999999999999999e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1550  putative partition-related protein  38.54 
 
 
212 aa  131  6.999999999999999e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00131235 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0189  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  36.24 
 
 
235 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3136  putative partition-related protein  39.51 
 
 
209 aa  129  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0178894  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3113  hypothetical protein  38.19 
 
 
208 aa  123  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0391  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.8 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000118454  unclonable  0.000000000458103 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0098  partition protein  33.33 
 
 
209 aa  105  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.10243  normal  0.0389744 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0377  cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.41 
 
 
213 aa  99.4  4e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.572043  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0431  partition protein  32.38 
 
 
213 aa  99  5e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03580  partition protein  32.37 
 
 
210 aa  99  6e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02473  hypothetical protein  26.89 
 
 
222 aa  78.6  0.00000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0205  putative partitioning protein ParA  21.18 
 
 
246 aa  70.5  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0014  ParaA family ATPase  32.49 
 
 
209 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.308628  n/a   
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2485  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.34 
 
 
211 aa  68.2  0.00000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.833437 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5826  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.91 
 
 
231 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493371  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6193  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.91 
 
 
231 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.220398 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7737  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.91 
 
 
231 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6670  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.78 
 
 
231 aa  67  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.734971 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5758  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.78 
 
 
231 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.713323  normal  0.732786 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0522  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.59 
 
 
212 aa  67  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6002  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.78 
 
 
231 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.743833 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6160  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.91 
 
 
231 aa  67  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.135361 
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4996  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30 
 
 
209 aa  65.1  0.0000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16647  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1451  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.88 
 
 
226 aa  64.3  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.861297 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3192  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.89 
 
 
212 aa  64.3  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.164704  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1536  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.67 
 
 
210 aa  63.5  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.116113  normal  0.228673 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5173  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.61 
 
 
232 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0876458  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1508  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.61 
 
 
232 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.11595  normal  0.281598 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2455  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.01 
 
 
226 aa  62.8  0.000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.251749 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4611  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.8 
 
 
224 aa  62.8  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.187425  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2868  cobyrinic acid ac-diamide synthase  36.09 
 
 
212 aa  62.4  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0223269 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1510  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.34 
 
 
226 aa  62.4  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4980  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.65 
 
 
209 aa  62.4  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.618219  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1986  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.59 
 
 
212 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.399731  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3014  cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.34 
 
 
217 aa  60.8  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2882  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  38.98 
 
 
226 aa  61.2  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3861  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.36 
 
 
214 aa  61.2  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3077  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.36 
 
 
217 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0457  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.67 
 
 
212 aa  59.3  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5043  hypothetical protein  34.75 
 
 
229 aa  59.3  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000269108  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1048  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.7 
 
 
219 aa  59.3  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0759  cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.77 
 
 
212 aa  58.5  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.634853 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6807  ATPase, ParA type  33.53 
 
 
225 aa  58.2  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.739325 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3524  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.33 
 
 
212 aa  57.8  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2220  ParA family partition protein  29.11 
 
 
250 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112998  normal  0.611855 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3818  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.59 
 
 
212 aa  57.4  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.772437  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3356  cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.25 
 
 
211 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.61 
 
 
217 aa  56.2  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0758055  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2336  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  35.77 
 
 
217 aa  56.6  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.759981  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1203  cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.61 
 
 
217 aa  56.2  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1018  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.41 
 
 
210 aa  56.2  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.026532  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7732  putative plasmid partition protein  33.08 
 
 
220 aa  55.8  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1255  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.33 
 
 
212 aa  56.2  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.139665 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2932  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30 
 
 
212 aa  55.8  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178089  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2621  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30 
 
 
212 aa  55.8  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2720  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30 
 
 
212 aa  55.5  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.757961  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3023  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30 
 
 
212 aa  55.5  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.110709 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2655  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.78 
 
 
212 aa  55.5  0.0000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.673188  normal  0.276632 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1264  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.65 
 
 
212 aa  55.5  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3840  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.33 
 
 
226 aa  55.5  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1486  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.67 
 
 
212 aa  55.5  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0687  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30 
 
 
212 aa  55.1  0.0000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1879  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.67 
 
 
212 aa  55.1  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3185  cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.94 
 
 
217 aa  54.7  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.352981  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3730  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.03 
 
 
212 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>