169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2383 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2383  putative signal peptide protein  100 
 
 
1299 aa  2540    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00682258 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0706  hypothetical protein  43.14 
 
 
1372 aa  947    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0672  hypothetical protein  49.35 
 
 
1401 aa  1181    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2443  hypothetical protein  43.78 
 
 
1347 aa  940    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.295453  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1207  hypothetical protein  43.22 
 
 
1372 aa  951    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.420256  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5769  hypothetical protein  43.62 
 
 
1360 aa  951    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0973726  normal  0.232191 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1014  protein of unknown function DUF490  45.34 
 
 
1443 aa  689    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.954334  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0852  hypothetical protein  43 
 
 
1375 aa  953    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2596  protein of unknown function DUF490  83.54 
 
 
1304 aa  2130    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.346321 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3484  hypothetical protein  45.2 
 
 
1435 aa  687    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00155309  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2192  protein of unknown function DUF490  82.54 
 
 
1304 aa  2113    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.247605 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2771  hypothetical protein  47.99 
 
 
1392 aa  1149    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.105544  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2353  hypothetical protein  43.69 
 
 
1360 aa  965    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.732619  normal  0.322584 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1827  hypothetical protein  43.86 
 
 
1347 aa  941    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2485  hypothetical protein  42.59 
 
 
1358 aa  945    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2438  hypothetical protein  43.78 
 
 
1347 aa  940    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2307  hypothetical protein  43.14 
 
 
1372 aa  949    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2979  hypothetical protein  43.14 
 
 
1372 aa  949    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1048  hypothetical protein  42.91 
 
 
1372 aa  942    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.130543  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1054  hypothetical protein  43.14 
 
 
1372 aa  948    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.985451  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1620  hypothetical protein  43.14 
 
 
1372 aa  949    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2193  hypothetical protein  41.73 
 
 
1448 aa  775    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.805579  normal  0.538976 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0856  hypothetical protein  44.59 
 
 
1346 aa  974    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.336201  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0834  putative signal peptide protein  31.62 
 
 
1243 aa  443  9.999999999999999e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0654835  normal  0.24318 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1031  protein of unknown function DUF490  30.78 
 
 
1426 aa  402  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1796  hypothetical protein  26.77 
 
 
1332 aa  364  6e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1821  hypothetical protein  29.98 
 
 
1056 aa  328  5e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4471  protein of unknown function DUF490  30.72 
 
 
1359 aa  237  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0461  hypothetical protein  28.31 
 
 
1218 aa  228  5.0000000000000005e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0856  hypothetical protein  30.65 
 
 
1346 aa  220  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.394645  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1217  hypothetical protein  30.74 
 
 
1361 aa  214  7e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2361  hypothetical protein  31.45 
 
 
1453 aa  214  7e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284497  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3956  hypothetical protein  31.05 
 
 
1473 aa  212  3e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.743785 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3162  hypothetical protein  33.72 
 
 
1453 aa  210  2e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.124572 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2884  protein of unknown function DUF490  28.89 
 
 
1378 aa  202  3e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.358808  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1657  hypothetical protein  26.71 
 
 
1443 aa  202  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3561  hypothetical protein  28.98 
 
 
1380 aa  202  5e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.681268 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1593  hypothetical protein  32.51 
 
 
1292 aa  201  7.999999999999999e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28850  hypothetical protein  25.18 
 
 
1232 aa  169  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0295  protein of unknown function DUF490  25.05 
 
 
1382 aa  152  4e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.749583  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0187  hypothetical protein  30.02 
 
 
1308 aa  152  5e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0447  hypothetical protein  26.21 
 
 
1352 aa  152  6e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2695  hypothetical protein  24.61 
 
 
1221 aa  147  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2797  hypothetical protein  25.67 
 
 
1206 aa  142  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.149049 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2396  hypothetical protein  26.05 
 
 
1223 aa  142  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31690  hypothetical protein  24.58 
 
 
1221 aa  141  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2479  hypothetical protein  25.62 
 
 
1226 aa  139  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.502504 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2893  hypothetical protein  25.24 
 
 
1224 aa  137  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1750  protein of unknown function DUF490  24.8 
 
 
1025 aa  137  9.999999999999999e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2889  hypothetical protein  25.69 
 
 
1224 aa  134  9e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.224565  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0371  hypothetical protein  26.19 
 
 
1262 aa  133  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3265  hypothetical protein  27.06 
 
 
1325 aa  130  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2750  hypothetical protein  25.59 
 
 
1229 aa  129  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.478411  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3646  hypothetical protein  24.97 
 
 
1224 aa  128  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0441929 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3175  protein of unknown function DUF490  27.94 
 
 
1485 aa  124  8e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3980  protein of unknown function DUF490  23.82 
 
 
1285 aa  124  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.556026 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0505  hypothetical protein  24.03 
 
 
1273 aa  119  3e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03725  pathogenicity protein  24.41 
 
 
1285 aa  119  5e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0569  pathogenicity protein  23.91 
 
 
1273 aa  115  7.000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1088  protein of unknown function DUF490  26.2 
 
 
1485 aa  114  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000343401 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2809  hypothetical protein  27 
 
 
1377 aa  114  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1896  hypothetical protein  25.48 
 
 
1305 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.705923  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2011  hypothetical protein  25.03 
 
 
1255 aa  111  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.592581  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0534  hypothetical protein  27.96 
 
 
1283 aa  106  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0817453  normal  0.113617 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1935  hypothetical protein  25.72 
 
 
1344 aa  105  6e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.883664  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2391  protein of unknown function DUF490  25.72 
 
 
1344 aa  105  7e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0970282  normal  0.146937 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1928  hypothetical protein  26.2 
 
 
1344 aa  104  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.764751  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2889  protein of unknown function DUF490  28.47 
 
 
1441 aa  103  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.913216 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1902  hypothetical protein  25.72 
 
 
1341 aa  103  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2433  hypothetical protein  27.87 
 
 
1226 aa  103  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.751068 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0399  hypothetical protein  23.46 
 
 
1258 aa  103  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2173  hypothetical protein  23.8 
 
 
1299 aa  101  7e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0467553 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1864  hypothetical protein  26.3 
 
 
1319 aa  101  8e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2113  hypothetical protein  28.1 
 
 
1385 aa  100  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1968  hypothetical protein  30.43 
 
 
1174 aa  100  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2511  hypothetical protein  26.45 
 
 
1319 aa  99.8  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0732118  normal  0.936586 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2993  protein of unknown function DUF490  28.47 
 
 
1463 aa  99.4  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.407315 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2766  hypothetical protein  28.47 
 
 
1463 aa  99  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.70976  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1625  protein of unknown function DUF490  25.87 
 
 
1184 aa  98.6  6e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000031551 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1957  hypothetical protein  25.87 
 
 
1184 aa  98.6  6e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2142  hypothetical protein  25.04 
 
 
1398 aa  98.6  7e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.048277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1893  hypothetical protein  27.16 
 
 
1449 aa  98.6  8e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0229632 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2532  hypothetical protein  25.24 
 
 
1310 aa  97.4  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1443  hypothetical protein  21.17 
 
 
1304 aa  98.2  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1835  hypothetical protein  25.73 
 
 
1402 aa  96.7  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.242519 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2388  hypothetical protein  28.78 
 
 
1451 aa  97.4  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.130143  normal  0.0161246 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0823  protein of unknown function DUF490  26.59 
 
 
1249 aa  96.3  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.11987  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6778  protein of unknown function DUF490  28.95 
 
 
1530 aa  94.4  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0789  protein of unknown function DUF490  23.65 
 
 
1246 aa  92  6e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04092  hypothetical protein  22.18 
 
 
1259 aa  92  7e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0371692  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4791  hypothetical protein  22.39 
 
 
1259 aa  92  7e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5739  hypothetical protein  22.18 
 
 
1259 aa  91.7  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4475  hypothetical protein  22.2 
 
 
1259 aa  91.7  9e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0340  hypothetical protein  23.94 
 
 
1174 aa  90.9  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3786  hypothetical protein  22.09 
 
 
1259 aa  91.3  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.88855  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3963  hypothetical protein  22.84 
 
 
1305 aa  90.9  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04056  hypothetical protein  22.44 
 
 
857 aa  90.5  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0496889  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3769  hypothetical protein  22.72 
 
 
1291 aa  90.1  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1606  hypothetical protein  25.59 
 
 
1773 aa  90.5  2e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0503817  hitchhiker  0.0000303134 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3624  hypothetical protein  22.84 
 
 
1312 aa  90.9  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>