112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2329 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2329  hypothetical protein  100 
 
 
193 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.271019 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1618  flavodoxin-like fold domain-containing protein  53.09 
 
 
199 aa  224  9e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000000595904  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0208  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  54.64 
 
 
202 aa  220  8e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06337  modulator of drug activity B  48.97 
 
 
194 aa  204  5e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0251  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  47.42 
 
 
202 aa  196  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0928314  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2140  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  45.83 
 
 
194 aa  182  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4656  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  46.84 
 
 
196 aa  171  5e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.851348 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4523  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  46.32 
 
 
196 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.7125 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0775  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  45.36 
 
 
196 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0718  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  44.85 
 
 
196 aa  167  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.745565  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2636  modulator of drug activity B  44.74 
 
 
196 aa  167  7e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0580  putative NADH-quinone reductase mdaB  45.03 
 
 
194 aa  167  9e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0277  putative NADH-quinone reductase mdaB  45.03 
 
 
194 aa  167  9e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4661  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  45.79 
 
 
223 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145163  normal  0.983259 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30740  putative NADPH specific quinone oxidoreductase  44.21 
 
 
196 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000815222 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0661  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  44.5 
 
 
194 aa  164  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.173692  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3168  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  43.81 
 
 
195 aa  164  9e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.285135  normal  0.109355 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1179  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  43.81 
 
 
194 aa  162  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2801  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  45.31 
 
 
194 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.151612  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4260  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  45.88 
 
 
193 aa  160  8.000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000297924 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0330  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  42.27 
 
 
193 aa  159  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0322  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  43.3 
 
 
193 aa  159  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46260  quinone NAD(P)H:oxidoreductase MdaB  44.27 
 
 
194 aa  158  4e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3612  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  43.3 
 
 
193 aa  157  7e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3770  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  43.81 
 
 
193 aa  156  1e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02900  NADPH quinone reductase  43.3 
 
 
193 aa  151  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02850  hypothetical protein  43.3 
 
 
193 aa  151  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0672  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  43.3 
 
 
193 aa  150  8e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3206  modulator of drug activity B  43.3 
 
 
193 aa  150  8e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3492  modulator of drug activity B  43.3 
 
 
193 aa  150  8e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0669  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  43.3 
 
 
193 aa  150  8e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0139266 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3316  modulator of drug activity B  43.3 
 
 
193 aa  150  8e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.101813 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3461  modulator of drug activity B  43.3 
 
 
193 aa  150  8e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4336  modulator of drug activity B  43.3 
 
 
193 aa  150  8e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1626  modulator of drug activity B  41.67 
 
 
193 aa  147  7e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.165917  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3436  NADPH-specific quinone oxidoreductase  41.24 
 
 
193 aa  145  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.536872  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3364  NADPH-specific quinone oxidoreductase  41.24 
 
 
193 aa  145  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3360  NADPH-specific quinone oxidoreductase  41.24 
 
 
193 aa  145  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.456497  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3531  NADPH-specific quinone oxidoreductase  41.24 
 
 
193 aa  145  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3431  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  42.27 
 
 
193 aa  145  4.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3429  NADPH specific quinone oxidoreductase  41.24 
 
 
193 aa  144  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0340  putative modulator of drug activity MdaB  39.69 
 
 
193 aa  143  2e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.796668  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1903  flavodoxin-like fold domain-containing protein  40.21 
 
 
192 aa  142  3e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1716  flavodoxin-like fold domain-containing protein  40.21 
 
 
192 aa  141  8e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1530  flavodoxin-like fold domain-containing protein  40.21 
 
 
192 aa  140  9e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1794  MdaB  40.72 
 
 
193 aa  140  9.999999999999999e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000827251  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1071  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  37.24 
 
 
197 aa  130  9e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000325266  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6756  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  37.44 
 
 
199 aa  128  4.0000000000000003e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0798  quinone family NAD(P)H dehydrogenase  35.79 
 
 
182 aa  117  7e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.769808  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0747  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  35.79 
 
 
182 aa  117  7e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000914606  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0742  NAD(P)H dehydrogenase (quinone); modulator of drug activity B  35.79 
 
 
182 aa  117  7e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.879468  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0838  quinone family NAD(P)H dehydrogenase  35.79 
 
 
182 aa  117  7e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.727783  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1023  NAD(P)H dehydrogenase, quinone family  35.79 
 
 
182 aa  117  7e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0933  NAD(P)H dehydrogenase, quinone family  35.79 
 
 
182 aa  117  7e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.13003e-28 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0931  quinone family NAD(P)H dehydrogenase  36.84 
 
 
182 aa  117  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4617  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  38.64 
 
 
201 aa  116  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0982583  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0750  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  36.84 
 
 
182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1170  NAD(P)H dehydrogenase  38.89 
 
 
181 aa  115  3.9999999999999997e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0893  NAD(P)H dehydrogenase, quinone family  36.32 
 
 
182 aa  115  5e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4441  NAD(P)H dehydrogenase, quinone family  37.22 
 
 
182 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.488638  normal  0.283336 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1470  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  34.36 
 
 
207 aa  105  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0965869 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3208  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  34.43 
 
 
272 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.485932 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4164  quinone reductase  32.28 
 
 
259 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.477196  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0147  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  27.12 
 
 
249 aa  52.8  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.280917  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3569  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  33.85 
 
 
270 aa  51.2  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.583653  normal  0.178217 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2283  Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone)  27.86 
 
 
263 aa  50.4  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1711  Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone)  34.31 
 
 
263 aa  50.1  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35820  Oxidoreductase  27.44 
 
 
266 aa  50.4  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2561  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  33.08 
 
 
259 aa  49.7  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1125  ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone)  30.2 
 
 
200 aa  49.3  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2859  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  28.67 
 
 
290 aa  48.9  0.00005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.224084 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4131  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  31.11 
 
 
259 aa  48.5  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0823  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  32.31 
 
 
266 aa  48.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1407  ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone)  35.11 
 
 
265 aa  47.8  0.00009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.458712 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1300  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  32.98 
 
 
180 aa  47.4  0.0001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.518586  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19550  putative NADPH-quinone reductase (modulator of drug activity B)  29.66 
 
 
265 aa  47  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.154769  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3377  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  27.12 
 
 
219 aa  46.6  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2353  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  26.29 
 
 
244 aa  46.6  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.216649  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18170  putative NADPH-quinone reductase (modulator of drug activity B)  29.31 
 
 
183 aa  46.2  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.698697  normal  0.941505 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1362  ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone)  33.86 
 
 
259 aa  46.6  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0148022  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1713  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  31.79 
 
 
268 aa  45.8  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3978  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  28.48 
 
 
259 aa  45.8  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00187399  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0969  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  30.69 
 
 
184 aa  45.4  0.0005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.416536  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6111  NAD(P)H dehydrogenase quinone family protein  32.03 
 
 
262 aa  45.1  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.509038 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3903  Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone)  30.23 
 
 
258 aa  45.1  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.96153 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4017  Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone)  30.23 
 
 
258 aa  45.1  0.0006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.117199  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1641  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  34.31 
 
 
184 aa  44.7  0.0008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4021  Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone)  30 
 
 
261 aa  44.7  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0199607  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4963  ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone)  27.61 
 
 
259 aa  44.3  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5496  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  26.95 
 
 
261 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.993327 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4047  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  30 
 
 
256 aa  43.5  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.984998  hitchhiker  0.00915897 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04777  NAD(P)H quinone oxidoreductase  31.96 
 
 
222 aa  43.9  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2460  ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone)  29.69 
 
 
258 aa  43.5  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0085  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  23.56 
 
 
197 aa  43.5  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3720  ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone)  28.26 
 
 
235 aa  42.7  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.405823  normal  0.727928 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1088  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  33.85 
 
 
261 aa  42.7  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3609  glutathione-regulated potassium-efflux system ancillary protein KefF  26.67 
 
 
176 aa  42.4  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00764746 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0040  glutathione-regulated potassium-efflux system ancillary protein KefF  26.67 
 
 
176 aa  42.4  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1893  quinone family NAD(P)H dehydrogenase  28.68 
 
 
258 aa  42  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.58124  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0903  quinone family NAD(P)H dehydrogenase  28.68 
 
 
258 aa  42  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.354298  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>