69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2122 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2122  hypothetical protein  100 
 
 		 104 aa  208  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521605  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  97.78 
 
 		 351 aa  174  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  80 
 
 		 352 aa  152  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  80 
 
 		 352 aa  152  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  80 
 
 		 356 aa  150  7e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  80 
 
 		 356 aa  150  7e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0534  putative outer membrane porin protein precursor  57.3 
 
 		 387 aa  103  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0511105  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0343  outer membrane porin  57.3 
 
 		 358 aa  103  6e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0355  outer membrane porin  57.3 
 
 		 358 aa  103  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.17583  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  55.06 
 
 		 358 aa  100  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0305  outer membrane porin  55.06 
 
 		 358 aa  99.4  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2968  porin  52.81 
 
 		 358 aa  97.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2354  porin  52.81 
 
 		 358 aa  97.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296881  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2988  porin  52.81 
 
 		 358 aa  97.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  52.81 
 
 		 358 aa  97.4  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3015  porin  52.81 
 
 		 358 aa  97.4  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2878  porin  52.81 
 
 		 358 aa  97.4  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.636826 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2439  porin  58.54 
 
 		 359 aa  91.3  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0154  porin  53.93 
 
 		 367 aa  90.9  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167447  normal  0.122543 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0880  porin  50.53 
 
 		 361 aa  90.5  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0359628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0429  porin Gram-negative type  55.26 
 
 		 361 aa  88.2  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.568653 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4279  OmpC family outer membrane porin  55.26 
 
 		 361 aa  86.7  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1469  outer membrane protein (porin)-like  48.31 
 
 		 360 aa  85.9  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00910235  normal  0.207544 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5908  porin  53.85 
 
 		 357 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359102  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5685  porin  53.85 
 
 		 357 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.523942  normal  0.0446871 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3020  outer membrane protein (porin)  43.33 
 
 		 365 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.377594 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2452  porin Gram-negative type  45.26 
 
 		 340 aa  78.6  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0804  OmpC family outer membrane porin  50 
 
 		 363 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.554989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  50.67 
 
 		 344 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  50.67 
 
 		 344 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1795  porin  48 
 
 		 362 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1125  porin  36.46 
 
 		 341 aa  64.3  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  42.67 
 
 		 344 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6742  porin  46.75 
 
 		 357 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2920  porin  42.68 
 
 		 342 aa  56.2  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.281008 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1564  porin  44.16 
 
 		 357 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247151  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6266  porin  44.16 
 
 		 357 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1479  porin Gram-negative type  40.96 
 
 		 341 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4931  porin  41.56 
 
 		 357 aa  51.2  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3229  porin  41.56 
 
 		 357 aa  51.2  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.484687 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  53.85 
 
 		 370 aa  50.4  0.000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7659  outer membrane protein (porin)  39.56 
 
 		 340 aa  48.5  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.24829  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5961  porin Gram-negative type  40.28 
 
 		 426 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116317  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  39.39 
 
 		 352 aa  45.8  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1085  porin Gram-negative type  47.76 
 
 		 381 aa  45.4  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.923155  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1088  porin  43.94 
 
 		 414 aa  44.7  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3680  porin  42.62 
 
 		 366 aa  44.3  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.218397  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1378  porin  45.61 
 
 		 354 aa  44.3  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0478872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0610  porin Gram-negative type  39.24 
 
 		 400 aa  43.5  0.0009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6734  outer membrane protein (porin)  62.5 
 
 		 394 aa  43.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0780973  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5927  porin  43.04 
 
 		 431 aa  42.7  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0745  outer membrane porin  64.71 
 
 		 430 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.812329  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1698  putative outer membrane porin  64.71 
 
 		 384 aa  43.5  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0554  putative outer membrane porin  64.71 
 
 		 384 aa  43.5  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.830781  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2277  outer membrane porin  64.71 
 
 		 384 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2416  outer membrane porin  64.71 
 
 		 430 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163493  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1882  putative outer membrane porin  64.71 
 
 		 384 aa  43.5  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.400971  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1674  putative outer membrane porin  64.71 
 
 		 411 aa  43.5  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264148  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  39.13 
 
 		 387 aa  42.7  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  35.94 
 
 		 362 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4594  porin  47.83 
 
 		 376 aa  42  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.561867 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0966  porin  42.86 
 
 		 355 aa  42  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3158  porin  44.26 
 
 		 368 aa  41.6  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  34.48 
 
 		 369 aa  41.6  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5627  porin  34.25 
 
 		 372 aa  41.2  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0464814  normal  0.0831491 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4252  porin  42.86 
 
 		 385 aa  41.2  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.73857  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  47.92 
 
 		 349 aa  40.8  0.006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  39.68 
 
 		 339 aa  40  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0171  porin  33.67 
 
 		 332 aa  40  0.01  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>