More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2069 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2069  30S ribosomal protein S15  100 
 
 
89 aa  182  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.614484  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0956  30S ribosomal protein S15  91.01 
 
 
89 aa  171  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0921  30S ribosomal protein S15  83.15 
 
 
89 aa  159  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2278  30S ribosomal protein S15  86.52 
 
 
89 aa  156  7e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0135045  normal  0.085969 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5582  30S ribosomal protein S15  86.52 
 
 
89 aa  156  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.171961  normal  0.430005 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2171  30S ribosomal protein S15  86.52 
 
 
89 aa  156  7e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.191878  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1642  30S ribosomal protein S15  86.52 
 
 
89 aa  156  7e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.655154  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1023  30S ribosomal protein S15  86.52 
 
 
89 aa  156  7e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.672022 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2292  30S ribosomal protein S15  86.52 
 
 
89 aa  156  7e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0792803  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2254  30S ribosomal protein S15  86.52 
 
 
89 aa  156  7e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0743  30S ribosomal protein S15  85.39 
 
 
89 aa  156  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.660742  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1835  30S ribosomal protein S15  85.39 
 
 
89 aa  156  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1124  30S ribosomal protein S15  85.39 
 
 
89 aa  156  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1429  30S ribosomal protein S15  85.39 
 
 
89 aa  156  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1055  30S ribosomal protein S15  85.39 
 
 
89 aa  156  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00453834  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0407  30S ribosomal protein S15  85.39 
 
 
89 aa  156  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1284  30S ribosomal protein S15  85.39 
 
 
89 aa  156  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.942726  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1292  30S ribosomal protein S15  85.39 
 
 
89 aa  156  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.608351  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2014  ribosomal protein S15  84.27 
 
 
89 aa  154  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0275051  normal  0.303203 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2220  30S ribosomal protein S15  82.02 
 
 
89 aa  151  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1897  30S ribosomal protein S15  82.02 
 
 
89 aa  151  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.320723  normal  0.937445 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1056  30S ribosomal protein S15  82.02 
 
 
89 aa  149  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1398  SSU ribosomal protein S15P  77.53 
 
 
89 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.129269  normal  0.843644 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1338  30S ribosomal protein S15  80 
 
 
90 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0211534  normal  0.0449315 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3219  30S ribosomal protein S15  80 
 
 
90 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.962482 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0816  30S ribosomal protein S15  78.65 
 
 
89 aa  143  9e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2818  30S ribosomal protein S15  78.16 
 
 
88 aa  139  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.219702 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5185  30S ribosomal protein S15  78.16 
 
 
88 aa  138  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1496  ribosomal protein S15  75.86 
 
 
87 aa  138  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00211437 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0867  30S ribosomal protein S15  78.16 
 
 
88 aa  138  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.350166  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3515  30S ribosomal protein S15  78.65 
 
 
88 aa  138  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0952  30S ribosomal protein S15  78.16 
 
 
88 aa  138  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000371083 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1258  30S ribosomal protein S15  77.01 
 
 
88 aa  137  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.142171 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3261  30S ribosomal protein S15  79.27 
 
 
88 aa  135  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2554  30S ribosomal protein S15  68.54 
 
 
89 aa  129  9e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.382305  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0694  SSU ribosomal protein S15P  67.42 
 
 
89 aa  128  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.108476  normal  0.216291 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1488  30S ribosomal protein S15  73.56 
 
 
88 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0790989  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1695  30S ribosomal protein S15  68.54 
 
 
89 aa  127  4.0000000000000003e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000686217  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2449  SSU ribosomal protein S15P  66.29 
 
 
89 aa  125  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0751959  normal  0.780373 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0070  SSU ribosomal protein S15P  66.29 
 
 
89 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000286421  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1419  30S ribosomal protein S15  71.26 
 
 
88 aa  125  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.22503  normal  0.956384 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3934  30S ribosomal protein S15  67.42 
 
 
89 aa  124  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.281192  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3593  30S ribosomal protein S15  67.42 
 
 
89 aa  122  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.113046  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2483  30S ribosomal protein S15  66.29 
 
 
89 aa  122  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.629413  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3727  30S ribosomal protein S15  67.42 
 
 
89 aa  122  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0997242  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3996  30S ribosomal protein S15  67.42 
 
 
89 aa  122  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.842941  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1590  30S ribosomal protein S15  66.29 
 
 
88 aa  122  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.18687e-19  normal  0.0361736 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3602  30S ribosomal protein S15  65.17 
 
 
89 aa  122  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0288609 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0492  30S ribosomal protein S15  66.29 
 
 
89 aa  122  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.156818  normal  0.162774 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1464  ribosomal protein S15  66.29 
 
 
89 aa  122  2e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2812  30S ribosomal protein S15  70.24 
 
 
86 aa  121  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.789885  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0588  30S ribosomal protein S15  66.29 
 
 
89 aa  121  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.258599  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01306  30S ribosomal protein S15  70.24 
 
 
86 aa  121  3e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.154774  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3462  30S ribosomal protein S15  65.17 
 
 
89 aa  121  4e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3343  30S ribosomal protein S15  65.17 
 
 
89 aa  120  5e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.644233  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4915  30S ribosomal protein S15  64.04 
 
 
89 aa  120  6e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.484289  normal  0.692598 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0269  30S ribosomal protein S15  64.04 
 
 
89 aa  120  6e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0214678 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3584  ribosomal protein S15  64.04 
 
 
89 aa  120  7e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.890304  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2896  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 
89 aa  120  8e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3049  SSU ribosomal protein S15P  64.04 
 
 
89 aa  120  9e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1310  ribosomal protein S15  64.04 
 
 
89 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0811  30S ribosomal protein S15  65.17 
 
 
89 aa  119  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.126054  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0728  ribosomal protein S15  62.92 
 
 
89 aa  118  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.165942  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2831  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 
89 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.926546  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4508  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 
89 aa  118  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.264804 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1746  30S ribosomal protein S15  61.8 
 
 
89 aa  118  3e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0497945  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1029  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 
89 aa  118  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.553716  hitchhiker  0.000000919084 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1094  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 
89 aa  118  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0213931 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1033  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 
89 aa  118  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.236683  hitchhiker  0.0000205834 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1994  30S ribosomal protein S15  65.06 
 
 
88 aa  117  3.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0200554  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1257  ribosomal protein S15  64.04 
 
 
89 aa  117  3.9999999999999996e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0289  30S ribosomal protein S15  64.04 
 
 
89 aa  117  4.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.043506 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1207  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 
89 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3809  SSU ribosomal protein S15P  64.04 
 
 
89 aa  117  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.017638 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1560  30S ribosomal protein S15  62.07 
 
 
88 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.2194e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1945  30S ribosomal protein S15  65.17 
 
 
89 aa  117  4.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0262342 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3345  ribosomal protein S15  60.67 
 
 
89 aa  117  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.157077  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4028  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 
89 aa  117  6e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776688  normal  0.268185 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4397  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 
89 aa  117  6e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.854765  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002612  SSU ribosomal protein S15p (S13e)  64.04 
 
 
89 aa  117  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0964  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 
89 aa  117  6e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0254424  normal  0.0332501 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2206  30S ribosomal protein S15  61.8 
 
 
89 aa  117  7e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.442595  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0073  30S ribosomal protein S15  59.77 
 
 
88 aa  117  7e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1905  30S ribosomal protein S15  63.22 
 
 
88 aa  116  7.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0542  30S ribosomal protein S15  66.29 
 
 
89 aa  116  7.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.243245  normal  0.231043 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0206  30S ribosomal protein S15  67.86 
 
 
86 aa  116  9e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3723  SSU ribosomal protein S15P  62.92 
 
 
89 aa  116  9e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0540  ribosomal protein S15  62.92 
 
 
89 aa  116  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1592  30S ribosomal protein S15  65.17 
 
 
88 aa  115  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00000646106  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3649  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 
89 aa  116  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3606  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 
89 aa  116  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3461  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 
89 aa  116  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.22404 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02983  hypothetical protein  62.92 
 
 
89 aa  116  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3357  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 
89 aa  116  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0079  30S ribosomal protein S15  59.77 
 
 
88 aa  116  9.999999999999999e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0163  30S ribosomal protein S15  59.77 
 
 
88 aa  115  9.999999999999999e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0916  30S ribosomal protein S15  62.5 
 
 
89 aa  115  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.275461  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0177  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 
89 aa  116  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1145  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 
89 aa  115  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.150061  normal  0.144917 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1099  30S ribosomal protein S15  62.5 
 
 
89 aa  115  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>