74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1931 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1931  putative phage-related protein (hydrolase)  100 
 
 		 268 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  0.910807 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0199  peptidoglycan binding domain-containing protein  62.26 
 
 		 266 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  0.116846 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4844  peptidoglycan binding domain-containing protein  62.65 
 
 		 266 aa  277  1e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.38175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1343  hypothetical protein  60 
 
 		 250 aa  251  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37540  PG-binding-1 domain-containing protein  53.14 
 
 		 276 aa  250  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.111379  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2908  peptidoglycan binding domain-containing protein  49.03 
 
 		 273 aa  237  1e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0270551  normal  0.498444 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3197  putative phage-related protein (hydrolase)  44.66 
 
 		 267 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000132764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2969  peptidoglycan binding domain-containing protein  39.71 
 
 		 274 aa  179  4e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1872  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  42.28 
 
 		 268 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.322765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2350  hypothetical protein  41.49 
 
 		 280 aa  144  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.889087  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2250  Lytic transglycosylase catalytic  38.91 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0588  hypothetical protein  36.13 
 
 		 188 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.255449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1197  DNA-directed RNA polymerase beta' chain  38.37 
 
 		 946 aa  112  8.000000000000001e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0957323  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0578  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  31.34 
 
 		 283 aa  102  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0181563  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3855  hypothetical protein  38.42 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1931  hypothetical protein  32.16 
 
 		 457 aa  92.4  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4510  peptidoglycan binding domain-containing protein  38.04 
 
 		 398 aa  91.3  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.678924 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6577  hypothetical protein  34.04 
 
 		 404 aa  91.3  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2734  peptidoglycan binding domain-containing protein  36.87 
 
 		 300 aa  88.2  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.230692  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1239  hypothetical protein  35.45 
 
 		 258 aa  85.5  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4256  hypothetical protein  33.16 
 
 		 203 aa  85.9  7e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04252  LysM domain protein  28.14 
 
 		 424 aa  84.3  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0080  hypothetical protein  34.46 
 
 		 203 aa  80.5  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6107  hypothetical protein  30.8 
 
 		 450 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.724115 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0267  peptidoglycan binding domain-containing protein  33.73 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.252847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4199  SH3, type 3  28.38 
 
 		 459 aa  64.3  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.690204  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0085  peptidoglycan binding domain-containing protein  48.39 
 
 		 143 aa  52.8  0.000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5099  cell wall hydrolase/autolysin  36.5 
 
 		 387 aa  50.8  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000380245 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0730  peptidoglycan binding domain-containing protein  46.77 
 
 		 1089 aa  50.8  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1440  SpoIID/LytB domain-containing protein  43.55 
 
 		 762 aa  48.1  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4980  peptidoglycan binding domain-containing protein  46.03 
 
 		 128 aa  47.8  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4581  cell wall hydrolase/autolysin  41.98 
 
 		 392 aa  47.8  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00170729 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1960  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.19 
 
 		 360 aa  47.8  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1831  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  46.55 
 
 		 323 aa  47.8  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2934  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  47.06 
 
 		 391 aa  47.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1970  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  42.86 
 
 		 160 aa  47  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.607803 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1435  peptidoglycan binding domain-containing protein  33.75 
 
 		 363 aa  47  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3546  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  46.48 
 
 		 255 aa  47  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.457198 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30050  putative peptidoglycan-binding domain-containing protein  36.78 
 
 		 246 aa  46.6  0.0005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0031896  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3497  peptidoglycan-binding domain 1 protein  43.33 
 
 		 182 aa  46.2  0.0005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0968  stage II sporulation D domain-containing protein  38.55 
 
 		 462 aa  46.6  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00176967  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2284  peptidoglycan binding domain-containing protein  40 
 
 		 198 aa  45.8  0.0007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.586079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0896  Peptidase M23  46.88 
 
 		 352 aa  45.8  0.0007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.713971 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2153  peptidoglycan binding domain-containing protein  32.91 
 
 		 319 aa  45.4  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000738312  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1443  Zinc D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  33.65 
 
 		 242 aa  45.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2786  peptidoglycan binding domain-containing protein  34.21 
 
 		 587 aa  45.4  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1953  cell wall hydrolase, SleB  43.06 
 
 		 234 aa  45.4  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6248  NLP/P60 protein  42.42 
 
 		 285 aa  45.4  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0809629  normal  0.153407 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26310  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  40.91 
 
 		 372 aa  45.4  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7088  cell wall hydrolase/autolysin  44.83 
 
 		 379 aa  44.3  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4855  cell wall hydrolase/autolysin  35.29 
 
 		 396 aa  44.7  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0330  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  47.62 
 
 		 792 aa  44.7  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11630  metalloendopeptidase-like membrane protein  44.26 
 
 		 323 aa  44.3  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4087  peptidoglycan-binding domain 1 protein  44.44 
 
 		 249 aa  44.7  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4330  peptidoglycan binding domain-containing protein  47.76 
 
 		 485 aa  44.3  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1537  general secretion pathway protein-related protein  45.95 
 
 		 540 aa  44.3  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.259719  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3195  cell wall hydrolase, SleB  42.37 
 
 		 234 aa  44.3  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0756  hypothetical protein  40.85 
 
 		 204 aa  43.5  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.444213  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0960  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.65 
 
 		 575 aa  43.9  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.538106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1246  peptidoglycan binding domain-containing protein  32.99 
 
 		 508 aa  43.9  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4849  spore cortex-lytic enzyme  43.75 
 
 		 228 aa  43.9  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1188  peptidoglycan binding domain-containing protein  43.75 
 
 		 321 aa  43.9  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1583  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  47.17 
 
 		 360 aa  43.5  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.474827  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2683  NLP/P60 protein  35 
 
 		 232 aa  43.1  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.65308e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2464  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  44.44 
 
 		 201 aa  43.1  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000202368  normal  0.0272444 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09540  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  39.73 
 
 		 280 aa  42.7  0.006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.623217  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1663  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  39.06 
 
 		 283 aa  42.7  0.006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0879  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  43.33 
 
 		 250 aa  42.7  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1042  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  44.44 
 
 		 283 aa  42.7  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1560  spore cortex-lytic enzyme  45.9 
 
 		 225 aa  42.4  0.008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2774  hypothetical protein  40.74 
 
 		 546 aa  42  0.01  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.299675  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1416  peptidoglycan binding domain-containing protein  40.74 
 
 		 546 aa  42  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.648865 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1897  spore cortex-lytic enzyme SleB  39.68 
 
 		 247 aa  42  0.01  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0572878  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2410  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  45.31 
 
 		 247 aa  42  0.01  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>