More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1559 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_1994  ribonuclease BN  83.05 
 
 
443 aa  684    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.20518  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1559  putative ribonuclease BN transmembrane protein  100 
 
 
441 aa  876    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1664  ribonuclease BN  83.81 
 
 
443 aa  689    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0666088  hitchhiker  0.00703858 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1131  tRNA-processing RNAse BN  68.12 
 
 
447 aa  582  1.0000000000000001e-165  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0120336  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1250  tRNA-processing RNAse BN  68.55 
 
 
444 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2773  ribonuclease BN  47.16 
 
 
437 aa  364  2e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4601  ribonuclease BN  46.4 
 
 
443 aa  358  9e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1354  ribonuclease BN  46.4 
 
 
436 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.875268  normal  0.303489 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1434  ribonuclease BN  46.87 
 
 
442 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.50654  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1456  putative ribonuclease BN  47.31 
 
 
442 aa  344  1e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0974  ribonuclease BN, putative  47.31 
 
 
442 aa  344  2e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315544  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1377  ribonuclease BN  46.47 
 
 
443 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.763301  normal  0.704772 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1337  putative ribonuclease BN  46.47 
 
 
443 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1793  ribonuclease BN  46.12 
 
 
442 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1575  ribonuclease BN  45.43 
 
 
439 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2618  YihY family protein  45.58 
 
 
437 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0942  ribonuclease BN  44.88 
 
 
437 aa  326  6e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1862  ribonuclease BN  44.88 
 
 
437 aa  326  6e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.618695  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1685  tRNA-processing ribonuclease BN  44.88 
 
 
437 aa  326  6e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.417952  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1475  ribonuclease BN  44.88 
 
 
437 aa  326  6e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1707  tRNA-processing ribonuclease BN  44.65 
 
 
437 aa  325  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0406  ribonuclease BN  44.88 
 
 
436 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0756  tRNA-processing ribonuclease BN  44.88 
 
 
436 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.902171  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1519  ribonuclease BN  44.02 
 
 
424 aa  290  3e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.105357 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2769  putative ribonuclease BN  44.63 
 
 
404 aa  283  3.0000000000000004e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0433853 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1422  putative ribonuclease BN transmembrane protein  43.6 
 
 
416 aa  276  6e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00924301 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3782  putative ribonuclease BN  42.46 
 
 
417 aa  275  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.747411  normal  0.886826 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4966  ribonuclease BN  43.45 
 
 
448 aa  268  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1200  putative ribonuclease BN  42.05 
 
 
429 aa  263  4e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.530131  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1119  ribonuclease BN  41.78 
 
 
429 aa  262  1e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695932  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1830  ribonuclease BN, putative  42.23 
 
 
404 aa  258  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0291213 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0452  ribonuclease BN, putative  40.74 
 
 
426 aa  253  6e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1670  ribonuclease BN  40.53 
 
 
403 aa  249  7e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.926786  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2991  ribonuclease BN, putative  41.12 
 
 
416 aa  236  6e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1454  putative ribonuclease BN  39.28 
 
 
446 aa  231  2e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0698  hypothetical protein  33.91 
 
 
412 aa  214  1.9999999999999998e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4878  ribonuclease BN  40.52 
 
 
296 aa  214  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000922798 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0680  hypothetical protein  33.66 
 
 
412 aa  212  9e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4618  ribonuclease BN  36.73 
 
 
336 aa  208  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.331921  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3909  ribonuclease BN  40.32 
 
 
340 aa  209  1e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0315  ribonuclease BN  39.68 
 
 
323 aa  208  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4238  ribonuclease BN  40 
 
 
290 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.89383  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4260  ribonuclease BN  40 
 
 
290 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0319  ribonuclease BN  39.68 
 
 
323 aa  208  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0320  ribonuclease BN  39.68 
 
 
323 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4305  ribonuclease BN  40 
 
 
290 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.269266  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0314  ribonuclease BN  39.68 
 
 
323 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.321317  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4416  ribonuclease BN  40 
 
 
290 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4351  ribonuclease BN  40 
 
 
290 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2988  tRNA-processing RNAse BN  36.6 
 
 
405 aa  207  3e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0115566 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03526  ribonuclease BN  40.68 
 
 
294 aa  206  6e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0234008  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4092  ribonuclease BN  39.77 
 
 
290 aa  206  8e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03771  ribonuclease BN  40.23 
 
 
290 aa  203  5e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.841593  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4100  ribonuclease BN  40.23 
 
 
290 aa  203  5e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5333  ribonuclease BN  40.23 
 
 
290 aa  203  5e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.247154 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4409  ribonuclease BN  40.23 
 
 
290 aa  203  5e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03720  hypothetical protein  40.23 
 
 
290 aa  203  5e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.664641  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4132  ribonuclease BN  40.23 
 
 
290 aa  203  5e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4364  ribonuclease BN  40.23 
 
 
290 aa  203  5e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4271  ribonuclease BN  40.23 
 
 
290 aa  203  5e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4111  ribonuclease BN  40.23 
 
 
290 aa  203  5e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.235548  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0302  ribonuclease BN  38.49 
 
 
298 aa  202  8e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.223678  hitchhiker  0.000000133239 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0030  ribonuclease BN  40.47 
 
 
294 aa  202  8e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36810  Ribonuclease BN-like protein  42.16 
 
 
408 aa  202  9e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0034  ribonuclease BN  40.47 
 
 
294 aa  202  9e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4186  ribonuclease BN  40.47 
 
 
294 aa  202  9e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4558  ribonuclease  34.99 
 
 
411 aa  201  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.176119  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0331  ribonuclease BN  39.29 
 
 
320 aa  201  3e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.533981  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4401  ribonuclease BN  38.49 
 
 
295 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3708  ribonuclease BN  38.49 
 
 
337 aa  200  5e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.153225 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0311  ribonuclease BN  38.49 
 
 
337 aa  199  6e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.415793 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0704  putative ribonuclease BN  34.84 
 
 
451 aa  199  7e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.71296  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3545  ribonuclease BN  37.3 
 
 
285 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.109526  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51960  ribonuclease  40.94 
 
 
411 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000384323 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0316  ribonuclease BN  38.1 
 
 
337 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.293845  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3404  ribonuclease BN  41.11 
 
 
303 aa  195  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0536  ribonuclease BN, putative  33.17 
 
 
525 aa  192  9e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.031655 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04555  ribonuclease BN/unknown domain fusion protein  34.9 
 
 
425 aa  192  1e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0716  ribonuclease BN/unknown domain fusion protein  35.93 
 
 
424 aa  191  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0603481  normal  0.710607 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0521  putative ribonuclease BN  37.81 
 
 
445 aa  191  2.9999999999999997e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.623769 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0979  putative ribonuclease BN  36.73 
 
 
282 aa  190  5e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0548  tRNA-processing RNAse BN  32.68 
 
 
525 aa  188  2e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0630  putative ribonuclease BN  34.62 
 
 
538 aa  185  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.883121 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0418  ribonuclease BN  38.46 
 
 
294 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3448  ribonuclease BN  37.55 
 
 
313 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.016816  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0609  ribonuclease BN  36.23 
 
 
303 aa  180  4.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0138634  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0693  ribonuclease BN  34.57 
 
 
288 aa  178  1e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3482  ribonuclease BN  34.17 
 
 
292 aa  178  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.384798 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2314  ribonuclease BN  35.69 
 
 
297 aa  177  3e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3954  ribonuclease BN  34.07 
 
 
300 aa  176  5e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001900  ribonuclease BN  34.6 
 
 
314 aa  173  5.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.886374  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00593  ribonuclease BN  35.74 
 
 
314 aa  169  9e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1895  ribonuclease BN, putative  37.32 
 
 
410 aa  166  5e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2938  ribonuclease BN  35.06 
 
 
310 aa  164  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0901  tRNA-processing RNAse BN  32.54 
 
 
433 aa  158  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.562692  decreased coverage  0.000000115397 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1471  ribonuclease BN  28.71 
 
 
422 aa  157  4e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.610738  normal  0.604096 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1013  ribonuclease BN  28.14 
 
 
427 aa  153  7e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.58276 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5884  ribonuclease BN  34.01 
 
 
499 aa  148  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0739  putative ribonuclease BN  34.15 
 
 
434 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0697  ribonuclease BN, putative  38.04 
 
 
429 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.47498  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>