240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1542 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1542  putative transmembrane protein  100 
 
 
421 aa  855    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0588394 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3458  hypothetical protein  65.66 
 
 
414 aa  552  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1682  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase class-II  66.32 
 
 
427 aa  525  1e-148  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34330  hypothetical protein  68.59 
 
 
411 aa  524  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00153013  normal  0.203445 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2918  hypothetical protein  68.06 
 
 
411 aa  522  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0799  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  55.99 
 
 
413 aa  462  1e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3588  hypothetical protein  58.82 
 
 
558 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5350  hypothetical protein  60.05 
 
 
396 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.723811  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0109  hypothetical protein  55.77 
 
 
417 aa  444  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0079  hypothetical protein  56.72 
 
 
417 aa  442  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0378  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  54.66 
 
 
421 aa  441  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0868  hypothetical protein  51.61 
 
 
539 aa  439  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.210326 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0053  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  56.38 
 
 
422 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000634616 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1514  hypothetical protein  59.02 
 
 
555 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.18624  normal  0.413087 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0069  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  56.12 
 
 
422 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000464578 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0072  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  58.29 
 
 
423 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.245934  hitchhiker  0.000000148909 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0069  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  56.12 
 
 
422 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0106574 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0889  hypothetical protein  56.67 
 
 
554 aa  434  1e-120  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2373  hypothetical protein  57.73 
 
 
556 aa  431  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000294292  hitchhiker  0.0000289236 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2173  pyridine nucleotide-disulfide family oxidoreductase  57.73 
 
 
556 aa  428  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0674  hypothetical protein  56.41 
 
 
551 aa  429  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0947  hypothetical protein  55.53 
 
 
554 aa  430  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6333  hypothetical protein  57.99 
 
 
556 aa  429  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1746  hypothetical protein  57.99 
 
 
556 aa  429  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529191  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2117  pyridine nucleotide-disulfide family oxidoreductase  57.73 
 
 
556 aa  428  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.584922  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00088  uncharacterized NAD(FAD)-dependent dehydrogenase  55.3 
 
 
557 aa  430  1e-119  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2303  hypothetical protein  57.73 
 
 
1496 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6238  hypothetical protein  57.73 
 
 
556 aa  425  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1670  hypothetical protein  57.99 
 
 
559 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1762  hypothetical protein  57.22 
 
 
556 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2006  putative oxidoreductase  53.75 
 
 
418 aa  423  1e-117  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.113232  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2281  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  57.22 
 
 
556 aa  422  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.547695  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3839  hypothetical protein  56.77 
 
 
567 aa  422  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.359472  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1667  hypothetical protein  57.47 
 
 
559 aa  422  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.358711  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5044  hypothetical protein  56.7 
 
 
555 aa  420  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1813  hypothetical protein  55.1 
 
 
554 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4148  protein of unknown function DUF442  56.54 
 
 
557 aa  414  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.895196 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1939  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  52.89 
 
 
425 aa  404  1e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.746538  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1860  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  52.06 
 
 
418 aa  402  1e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2576  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  48.99 
 
 
404 aa  392  1e-108  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.581088  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2352  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  48.21 
 
 
395 aa  370  1e-101  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.128946  normal  0.129463 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5690  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  49.62 
 
 
399 aa  365  1e-99  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5311  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  49.62 
 
 
399 aa  365  1e-99  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5400  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  49.62 
 
 
399 aa  365  1e-99  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2848  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  48.05 
 
 
422 aa  359  5e-98  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.815625  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4022  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  48.48 
 
 
400 aa  355  6.999999999999999e-97  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.438506  normal  0.372139 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0078  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  49.5 
 
 
401 aa  355  6.999999999999999e-97  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1961  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  48.76 
 
 
401 aa  355  1e-96  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0209751  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1831  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  48.48 
 
 
400 aa  354  1e-96  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.436589 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3630  sulfide quinone oxidoreductase-like protein  46.95 
 
 
421 aa  354  2e-96  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.217473  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2915  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  44.27 
 
 
399 aa  354  2e-96  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0986  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  47.21 
 
 
398 aa  352  7e-96  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2891  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  48.01 
 
 
401 aa  336  5.999999999999999e-91  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0284678  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0045  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  43.88 
 
 
396 aa  333  3e-90  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0381  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  44.78 
 
 
395 aa  325  8.000000000000001e-88  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0708248  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3758  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  42.48 
 
 
426 aa  324  2e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.379311 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3633  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  43.5 
 
 
396 aa  322  7e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.380399  normal  0.315982 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0077  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  39.85 
 
 
397 aa  316  5e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0075  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  39.85 
 
 
397 aa  316  5e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3237  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  45.32 
 
 
400 aa  314  1.9999999999999998e-84  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2712  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  43.01 
 
 
400 aa  307  3e-82  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.862127  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3042  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  43.83 
 
 
398 aa  305  1.0000000000000001e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3524  hypothetical protein  37.56 
 
 
399 aa  297  3e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2551  hypothetical protein  37.56 
 
 
399 aa  289  7e-77  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.30285e-28 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2337  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  37.06 
 
 
399 aa  289  8e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.135396  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2276  hypothetical protein  37.31 
 
 
399 aa  288  9e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1731  hypothetical protein  36.55 
 
 
399 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000598467 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2360  hypothetical protein  36.8 
 
 
399 aa  281  1e-74  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.204751  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2537  hypothetical protein  36.8 
 
 
399 aa  281  1e-74  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0495125  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3958  NAD(FAD)-dependent dehydrogenase-like protein  41.38 
 
 
372 aa  274  2.0000000000000002e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.203323 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08346  conserved hypothetical protein  36.12 
 
 
442 aa  252  9.000000000000001e-66  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01825  conserved hypothetical protein  36.13 
 
 
487 aa  247  2e-64  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.75293 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1298  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  33.87 
 
 
489 aa  241  2e-62  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.53579  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2318  hypothetical protein  35.95 
 
 
330 aa  233  5e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000211189  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2082  twin-arginine translocation pathway signal  32.87 
 
 
491 aa  231  1e-59  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK03140  Sulfide:quinone oxidoreductase, mitochondrial precursor, putative  36.46 
 
 
458 aa  217  2.9999999999999998e-55  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4694  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  34.64 
 
 
449 aa  217  2.9999999999999998e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.809961  normal  0.204675 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1034  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  36.36 
 
 
394 aa  216  9e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20580  NADH dehydrogenase, FAD-containing subunit  33.75 
 
 
401 aa  213  3.9999999999999995e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.990825  normal  0.761376 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1494  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  32.92 
 
 
456 aa  213  7e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.169709  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1051  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  33.17 
 
 
390 aa  210  4e-53  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3497  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  34.32 
 
 
396 aa  208  1e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.33632 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2526  putative sulfide quinone-rductase  34.45 
 
 
433 aa  206  9e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.149353 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1665  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  32.18 
 
 
461 aa  196  5.000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0344  sulfide-quinone reductase  33.42 
 
 
403 aa  194  2e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0355  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  33.42 
 
 
403 aa  194  2e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.198305  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0365  sulfide-quinone reductase  33.42 
 
 
403 aa  194  2e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4021  hypothetical protein  32.35 
 
 
450 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0928  twin-arginine translocation pathway signal  34.46 
 
 
436 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2380  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  34.39 
 
 
438 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2307  twin-arginine translocation pathway signal  29.97 
 
 
451 aa  169  7e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00993475  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1610  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  28.89 
 
 
413 aa  159  7e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4614  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  28.96 
 
 
413 aa  159  1e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.400111 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0069  sulfide dehydrogenase, flavoprotein subunit, putative  28.36 
 
 
408 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0350  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  28.22 
 
 
411 aa  154  4e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0223  oxidoreductase, putative  25.67 
 
 
413 aa  147  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1884  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  27.94 
 
 
408 aa  147  4.0000000000000006e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1554  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  25.78 
 
 
408 aa  146  6e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.138705 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1203  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  25.92 
 
 
413 aa  146  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.223151  normal  0.0279723 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0624  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  24.45 
 
 
413 aa  145  1e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0441404 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>