More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1423 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1423  putative transmembrane protein  100 
 
 
308 aa  622  1e-177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.169777  decreased coverage  0.00134863 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1364  band 7 protein  97.09 
 
 
309 aa  587  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.216615  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1300  band 7 protein  95.78 
 
 
308 aa  586  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1455  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  87.5 
 
 
312 aa  544  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.362022 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1902  band 7 protein  83.22 
 
 
311 aa  526  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2033  band 7 protein  83.22 
 
 
311 aa  526  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.295777  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1862  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  88.2 
 
 
309 aa  523  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1533  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  84 
 
 
315 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.32562  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2559  membrane protein GNA1220  84 
 
 
315 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2468  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  84 
 
 
315 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3279  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  84 
 
 
315 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.571401  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2413  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  84 
 
 
315 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.764976  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1304  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  84 
 
 
315 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.26064  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2033  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  84 
 
 
315 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.30035  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2048  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  84.28 
 
 
315 aa  513  1e-144  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.010338  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1276  band 7 protein  83.67 
 
 
317 aa  512  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.887258 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1701  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  80.95 
 
 
310 aa  511  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.564295  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2436  band 7 protein  80.27 
 
 
310 aa  510  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0177964  normal  0.0711842 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5310  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  83.33 
 
 
311 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0621487  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6077  band 7 protein  82.65 
 
 
311 aa  501  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2020  band 7 protein  82.65 
 
 
311 aa  501  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490591  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2000  band 7 protein  82.65 
 
 
311 aa  501  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.882585  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1319  band 7 protein  83.04 
 
 
310 aa  489  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.184224  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2413  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  72 
 
 
303 aa  454  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132668  normal  0.549514 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2124  band 7 protein  70 
 
 
303 aa  448  1e-125  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.10084  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2022  band 7 protein  72 
 
 
303 aa  448  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3259  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  71.19 
 
 
304 aa  442  1e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.849925  normal  0.405383 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2962  band 7 protein  72.44 
 
 
305 aa  435  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.455932  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3500  band 7 protein  72.08 
 
 
306 aa  431  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.674011  normal  0.0455255 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2254  band 7 protein  71 
 
 
304 aa  427  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2764  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  71 
 
 
304 aa  427  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.146948  normal  0.716722 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1927  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  71.1 
 
 
305 aa  424  1e-117  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0105311 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1884  band 7 protein  70.17 
 
 
305 aa  419  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0366362 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2736  band 7 protein  72.57 
 
 
309 aa  412  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.284642  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3004  band 7 protein  55.94 
 
 
303 aa  355  7.999999999999999e-97  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2834  SPFH/Band 7 domain protein  55.32 
 
 
312 aa  352  4e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2456  band 7 protein  55.32 
 
 
312 aa  352  4e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0666686  normal  0.94983 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1188  band 7 protein  52.63 
 
 
310 aa  339  2.9999999999999998e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.283944  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0935  band 7 protein  53.93 
 
 
333 aa  336  2.9999999999999997e-91  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.21928 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0881  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  54.84 
 
 
336 aa  330  2e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0216067  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0929  band 7 protein  53.76 
 
 
336 aa  323  2e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0932  band 7 protein  53.76 
 
 
336 aa  323  2e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.114642  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1055  band 7 protein  52.76 
 
 
312 aa  308  5.9999999999999995e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0051  band 7 protein  51.84 
 
 
317 aa  303  2.0000000000000002e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3533  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  48.68 
 
 
316 aa  301  1e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_77854  stomatin family protein  49.64 
 
 
367 aa  299  4e-80  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0705  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  48.43 
 
 
309 aa  292  5e-78  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00195694  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1845  band 7 protein  48.23 
 
 
312 aa  292  5e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.752422  normal  0.0149368 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3070  band 7 protein  46.15 
 
 
315 aa  291  9e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.358492  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3399  band 7 protein  47.74 
 
 
312 aa  290  2e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1878  band 7 protein  50.71 
 
 
311 aa  289  4e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.292524  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0547  band 7 protein  44.93 
 
 
314 aa  287  1e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0101124  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3386  band 7 protein  44.9 
 
 
311 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0131502  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4128  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  45.64 
 
 
311 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0416  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  48.69 
 
 
310 aa  285  5e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00860785  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3676  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  45.3 
 
 
310 aa  285  5.999999999999999e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.294698  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3501  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  45.3 
 
 
310 aa  285  7e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.136246  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0451  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  45.3 
 
 
310 aa  285  7e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.024387  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0471  band 7 protein  44.95 
 
 
312 aa  285  8e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0492  band 7 protein  44.95 
 
 
312 aa  285  8e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0495  band 7 protein  44.95 
 
 
312 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0687258  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3848  band 7 protein  44.95 
 
 
312 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.194904  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4505  band 7 protein  46.26 
 
 
310 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0455266  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0704  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  50.18 
 
 
305 aa  276  2e-73  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0473975  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0464  band 7 protein  44.9 
 
 
312 aa  276  4e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0465  band 7 protein  44.9 
 
 
311 aa  275  6e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.163647  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01287  stomatin family protein (AFU_orthologue; AFUA_1G09780)  50.71 
 
 
427 aa  271  7e-72  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.348085 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0198  band 7 protein  48.93 
 
 
318 aa  266  4e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3387  band 7 protein  42.38 
 
 
308 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000435032  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4506  band 7 protein  42 
 
 
310 aa  264  2e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.145449  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0464  band 7 protein  41.33 
 
 
315 aa  261  1e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000987812  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0463  band 7 protein  43.84 
 
 
309 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3849  band 7 protein  40.54 
 
 
311 aa  258  9e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.11304  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0491  band 7 protein  40.54 
 
 
311 aa  258  9e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000139691  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0470  band 7 protein  40.54 
 
 
311 aa  258  9e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000506406  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0494  band 7 protein  40.2 
 
 
311 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00223241  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0546  band 7 protein  40.82 
 
 
311 aa  256  3e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000115645  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3677  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  40.54 
 
 
311 aa  256  3e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00253892  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3400  band 7 protein  41.33 
 
 
309 aa  256  4e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4129  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  40.2 
 
 
311 aa  256  5e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3502  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  40.54 
 
 
311 aa  255  5e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000309206  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0450  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  40.54 
 
 
311 aa  256  5e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000868784  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3071  band 7 protein  41 
 
 
314 aa  255  8e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0976397  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0415  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  43.51 
 
 
304 aa  248  9e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00776532  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0609  band 7 protein  41.36 
 
 
305 aa  232  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4419  band 7 protein  43.45 
 
 
319 aa  232  7.000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2756  band 7 protein  38.87 
 
 
327 aa  232  8.000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0565  band 7 protein  41.02 
 
 
305 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0548  band 7 protein  41.02 
 
 
305 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0555  band 7 protein  41.02 
 
 
305 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.857194  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0550  band 7 protein  41.02 
 
 
305 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.531066  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00440  predicted protease, membrane anchored  41.02 
 
 
305 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3121  band 7 protein  41.02 
 
 
305 aa  229  4e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3127  band 7 protein  41.02 
 
 
305 aa  229  4e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000985996 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0593  SPFH domain/band 7 family protein  41.02 
 
 
305 aa  229  4e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.554445 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00445  hypothetical protein  41.02 
 
 
305 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0538  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  41.02 
 
 
305 aa  229  4e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0568  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  41.02 
 
 
305 aa  229  4e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0424  SPFH domain/band 7 family protein  41.02 
 
 
305 aa  229  6e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3075  band 7 protein  39.34 
 
 
319 aa  228  8e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0686773 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>