222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1254 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1254  hypothetical protein  100 
 
 		 324 aa  647    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.757696  normal  0.605 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1174  fatty acid hydroxylase  90.12 
 
 		 324 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1082  fatty acid hydroxylase  89.81 
 
 		 324 aa  578  1e-164  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2066  hypothetical protein  68.63 
 
 		 331 aa  457  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2062  transmembrane protein  68.85 
 
 		 324 aa  438  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1629  fatty acid hydroxylase  56.62 
 
 		 324 aa  377  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0812703  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1439  hypothetical protein  55.52 
 
 		 328 aa  366  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1804  hypothetical protein  53.56 
 
 		 320 aa  358  5e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000255396 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2783  hypothetical protein  53.54 
 
 		 321 aa  350  3e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292274 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5005  fatty acid hydroxylase  54.46 
 
 		 326 aa  348  9e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2079  hypothetical protein  55.83 
 
 		 324 aa  340  2e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.768511  normal  0.410732 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3157  hypothetical protein  54.41 
 
 		 331 aa  334  1e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1106  fatty acid hydroxylase  56.31 
 
 		 332 aa  327  1.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1186  hypothetical protein  55.69 
 
 		 332 aa  325  8.000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.502028 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2619  fatty acid hydroxylase  52.2 
 
 		 332 aa  324  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.010312  normal  0.695137 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1258  putative transmembrane protein  49.53 
 
 		 323 aa  323  2e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.205212  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1840  hypothetical protein  50.16 
 
 		 329 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.194533  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1118  fatty acid hydroxylase  49.68 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.325858  normal  0.912027 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5924  sterol desaturase-like  49.68 
 
 		 324 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2153  sterol desaturase-like protein  49.68 
 
 		 324 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135202  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1485  fatty acid hydroxylase  50.76 
 
 		 327 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2171  fatty acid hydroxylase  49.68 
 
 		 324 aa  309  4e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.689731 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5462  sterol desaturase-like  49.68 
 
 		 324 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1517  hypothetical protein  51.57 
 
 		 332 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.012017  normal  0.130505 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2774  hypothetical protein  49.2 
 
 		 329 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2639  hypothetical protein  49.2 
 
 		 329 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173058  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2695  hypothetical protein  49.2 
 
 		 329 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.231759  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2063  fatty acid hydroxylase  49.04 
 
 		 324 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.589022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2190  sterol desaturase-like protein  49.04 
 
 		 324 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2257  hypothetical protein  48.87 
 
 		 329 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.648004  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3063  hypothetical protein  48.87 
 
 		 329 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00223094  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1528  hypothetical protein  48.87 
 
 		 329 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0526335  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0075  fatty acid hydroxylase  38.46 
 
 		 324 aa  224  2e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00145627 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2845  sterol desaturase-like protein  38.49 
 
 		 308 aa  205  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0001  hypothetical protein  35.88 
 
 		 297 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.840453 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2296  fatty acid hydroxylase  38.59 
 
 		 374 aa  172  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152596 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11823  probable transmembrane protein  26.21 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1644  fatty acid hydroxylase  39.86 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0347  fatty acid hydroxylase  28.19 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7012  fatty acid hydroxylase  29.86 
 
 		 321 aa  75.9  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0647  fatty acid hydroxylase  23.68 
 
 		 373 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4620  fatty acid hydroxylase  29.69 
 
 		 288 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0651  putative transmembrane protein  24.01 
 
 		 373 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3738  putative transmembrane protein  24.01 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0624  putative transmembrane protein  24.01 
 
 		 374 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03346  sterol desaturase protein  30.46 
 
 		 270 aa  73.2  0.000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4507  fatty acid hydroxylase  26.52 
 
 		 373 aa  71.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.342952 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1983  fatty acid hydroxylase  29 
 
 		 272 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6885  fatty acid hydroxylase  29.24 
 
 		 413 aa  70.1  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02255  hypothetical protein  22.84 
 
 		 281 aa  69.7  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3618  hypothetical protein  26.8 
 
 		 274 aa  68.6  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.246292  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0697  hypothetical protein  33.56 
 
 		 321 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.937871 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02945  sterol desaturase-related protein  29.11 
 
 		 267 aa  68.9  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4626  fatty acid hydroxylase  26.3 
 
 		 401 aa  67.8  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0758609  hitchhiker  0.00836397 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4494  fatty acid hydroxylase  26.3 
 
 		 401 aa  67.8  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.007915  normal  0.118809 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3261  hypothetical protein  25.1 
 
 		 264 aa  67  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0633506  hitchhiker  0.0000000000915879 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3269  fatty acid hydroxylase  32.89 
 
 		 320 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01793  putative C-5 sterol desaturase  28.26 
 
 		 265 aa  66.6  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.14977  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2774  putative transmembrane protein  29.22 
 
 		 376 aa  67  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.923206  normal  0.994499 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2704  sterol desaturase  24.53 
 
 		 386 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06161  C-5 sterol desaturase  28.64 
 
 		 271 aa  66.2  0.0000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7026  hypothetical protein  27.51 
 
 		 275 aa  65.9  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0170073  normal  0.638792 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5951  sterol desaturase-like  32.89 
 
 		 304 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2023  sterol desaturase-like protein  31.21 
 
 		 322 aa  65.9  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.188564 
 
 
-
 
NC_003296  RS01698  hypothetical protein  26.39 
 
 		 385 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0386662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3509  sterol desaturase-like protein  27.91 
 
 		 426 aa  64.7  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.804962  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1008  sterol desaturase family protein  31.54 
 
 		 305 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3910  fatty acid hydroxylase  25.95 
 
 		 256 aa  64.7  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0633105  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0678  fatty acid hydroxylase  27.98 
 
 		 304 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.409553  normal  0.565503 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3994  fatty acid hydroxylase  27.5 
 
 		 256 aa  65.1  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000572359 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0842  sterol desaturase family protein  31.54 
 
 		 305 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.511589  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0847  sterol desaturase family protein  31.54 
 
 		 305 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03450  hypothetical protein  30.85 
 
 		 274 aa  65.1  0.000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.041637  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000349  sterol desaturase family protein  29.88 
 
 		 285 aa  64.3  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0671  sterol desaturase family protein  32.21 
 
 		 303 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1140  hypothetical protein  26.6 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.132577  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2304  fatty acid hydroxylase  31.01 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1012  hypothetical protein  32.84 
 
 		 337 aa  63.2  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4648  sterol desaturase-like protein  28.51 
 
 		 356 aa  63.5  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3537  fatty acid hydroxylase  25.7 
 
 		 376 aa  62.8  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.351469  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2318  hypothetical protein  29.63 
 
 		 284 aa  62.8  0.000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2009  sterol desaturase-like  32.21 
 
 		 304 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2620  sterol desaturase-like protein  32.21 
 
 		 304 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2098  sterol desaturase  27.57 
 
 		 374 aa  62.4  0.000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.520582  normal  0.627756 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1810  sterol desaturase-related protein  29.45 
 
 		 386 aa  62  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0163387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2540  fatty acid hydroxylase  31.54 
 
 		 304 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371452  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0617  fatty acid hydroxylase  28 
 
 		 284 aa  62.4  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5310  fatty acid hydroxylase  23.23 
 
 		 293 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000145361  normal  0.160912 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2649  fatty acid hydroxylase  31.54 
 
 		 304 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4137  fatty acid hydroxylase  29.01 
 
 		 374 aa  61.2  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3919  hypothetical protein  26.14 
 
 		 273 aa  60.8  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0425418  normal  0.393251 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0427  sterol desaturase-like protein  25.15 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.27499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2667  sterol desaturase-like protein  30.87 
 
 		 304 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3717  sterol desaturase family protein  31.37 
 
 		 288 aa  60.8  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0600  sterol desaturase family protein  31.47 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2434  hypothetical protein  31.47 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6645  fatty acid hydroxylase  28.72 
 
 		 305 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00730628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2963  putative sterol desaturase  28.38 
 
 		 270 aa  60.1  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3109  sterol desaturase family protein  28.98 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1960  sterol desaturase-related protein  26.47 
 
 		 283 aa  60.5  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.342543  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>